基于 python 的单细胞转录因子分析

最新推荐文章于 2025-10-17 10:39:14 发布

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#r语言 #bash #开发语言

本文详细介绍了如何使用pyscenic这款Python库进行单细胞转录因子分析，包括安装步骤、数据下载和关键命令，如构建表达矩阵、寻找转录因子结合位点和评估细胞调控。

基于 python 的单细胞转录因子分析

pyscenic

文章目录

基于 python 的单细胞转录因子分析
前言
Main

前言

流程极为简单，几乎没有任何难度

Main

Install pyscenic

！Attention, python version >=3.7

pip install pyscenic

Download reference datas

wget -c https://github.com/aertslab/pySCENIC/archive/refs/heads/master.zip
x master.zip
cd master
mv resources/* ../../
wget -c https://resources.aertslab.org/cistarget/motif2tf/motifs-v9-nr.hgnc-m0.001-o0.0.tbl

wget -c https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_sapiens/hg19/refseq_r45/tc_v1/gene_based/encode_20190621__ChIP_seq_transcription_factor.hg19-tss-centered-5kb.max.feather
wget -c https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_sapiens/hg19/refseq_r45/tc_v1/gene_based/encode_20190621__ChIP_seq_transcription_factor.hg19-500bp-upstream.max.feather
wget -c https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_sapiens/hg19/refseq_r45/tc_v1/gene_based/encode_20190621__ChIP_seq_transcription_fac