悟道西方

2020年3月30-31日，NIH-HCA 2020联席会议通过在线会议形式顺利召开会议目的：通过将实验技术、数据管理和分析领域的重要研究人员召集在一起，就共享、标准、试点项目和跨联盟资源达成共识，为单细胞研究工作建立一个更强大的国际生态系统。![d-images.jianshu.io/upload_images/7071112-e2cc70b6a521060d?imageMogr2/auto-...

这篇文章上次发出后，有朋友留言说到底要测几个重复？其实也没有定论，有钱多多益善。只是需要知道重复少时，发现的差异基因会有不少假阴性，获得不了结果时，可尝试加测一些，可获得更稳定的结果。重复少时，抽样随机性大。如下图随机抽取2个生物重复获得的差异基因数目最多时是最少时的5倍以上；随机抽取3个生物重复获得的差异基因数目最多时是最少时的3倍左右。2016年英国邓迪大学的Geoffrey...

可重复性研究一直是学术发表希望实现的方式，更有助于判断研究结果的准确性和帮助后人以此为基础进行深入研究。计算分析类型的研究，是能够比较容易实现可重复性的 - 只要分享代码和数据就可以 （当然配置运行环境也需要一定的功底），如使用R markdown或Bookdown 或者 Jupyter notebook等，像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的NBT文章那样，把代码存放...

之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome（https://reactome.org/）， 那些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品，他的主要功能还是作为一个开源的通路数据库，为相关领域的研究者提供直观的可视化生物信息学工具。在一定程度上，可以替代收费的KEGG数据库，而且拓展出很多新的通路。目前该库覆盖了19个物种的通路研究，包括经典的代谢通路、信号转导、基因转录调控...

之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome，这些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品，他的主要功能还是作为一个开源的通路数据库，为相关领域的研究者提供直观的可视化生物信息学工具。目前该库覆盖了19个物种的通路研究，且更偏重生化反应，包括经典的中间代谢、信号转到、基因转录调控、细胞凋亡与疾病。数据库引用了100多个不同的在线生物信息学资源库，包括NCBI、Ensembl...

蛋白研究过程中，一般认为氨基酸的序列决定了蛋白的结构，结构决定功能（一般指蛋白的三维结构）。然而，近50年的研究中，有一种没有特定三维结构的蛋白不断被研究人员发现，由于这类蛋白无法折叠成稳定的三维结构而称为固有无序蛋白(intrinsically disordered regions，IDRs)。这类蛋白虽然缺乏稳定结构且高度可变，但是研究却发现他们在生物体内行驶着重要的生物学功能。图1 ...

生物信息的学习离不开Linux系统，不管自己写命令处理数据，还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能，可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中，多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的，相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷；另外，生信分析用到的工具大都只在Linux下运行，而Linux发行版众多，...

导读Trends in Cell Biology (Cell系列综述, 2018 IF: 18.564）于2018年6月1日在线发表了Steven Boeynaems（PhD Biomedical sciences, Stanford University School of Medicine, 一作兼通讯）撰写的关于蛋白质相位分离综述一文《Protein Phase Separati...

斯德哥尔摩时间10月1日11时30分（北京时间10月1日17时30分），2018年诺贝尔生理或医学奖揭晓。James P. Allison和Tasuku Honjo两人因在抑制免疫调节机制的研究中发现了新癌症疗法而获奖。James P. Allison是MD安德森免疫学主任，主要贡献是提出immune checkpoint概念和CLA-4抗体增强免疫抑制肿瘤；Tasuku Honjo发现T-...

EXCEL是常用的查看表格的工具，提供了很好的数据筛选、绘图等功能，不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件，让你 5 分钟从小白变大神。但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情，如基因名字的转换。比如gene symbols SEPT2 (Septin 2)、MARCH1 [Membrane-Associated Ring Finger (C3H...

ggplot2自从2007年推出以来，成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于ggplot2背后的哲学。这个软件包的灵感来源于Leland Wilkinson编写的《图形语法》一书，在此书中将graphs 分解成scales和layers，并将原始数据与表现形式分离开。具体使用可见下面简化示例和后面列出的往期绘图...

典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - 数据获取到标准化介绍了实验的设计、数据获取、数据标准化和注释，下面是如何利用Limma和线性模型鉴定差异基因，并进行GO富集分析。线性模型为了分析发炎和未发炎组织的差异表达，我们需要构建一个线性模型。线性模式是实验数据分析的常用方法，适用于几乎任何复杂的实验设计。后面我们专门出文介绍，推荐Mike Love和Michael Ir...

GEO是当今最大、最全的公共基因数据资源库，包括基因的表达、突变、修饰等信息，涵盖几乎所有的疾病，且单个实验检测样品数目较多，是我们分析、学习的很好资源。实验设计原始文章对14个溃疡性结肠炎病人 (Ulcerative colitis, UC)和15个克罗恩病病人 (Crohn’s disease, CD)的发炎组织和未发炎组织活检采样，用Affy芯片检测基因表达谱，研究发炎组织和未发炎组织的...

2019年3月8日发表在阿尔茨海默病杂志上的一项新研究发现，阿尔茨海默病（AD）的生物标记物淀粉样蛋白-β和tau蛋白在眼液中的含量降低与低认知评分显著相关。在波士顿医学中心的研究人员的带领下，该研究首次将眼睛中这些已知的AD标记蛋白与精神状态联系起来。研究结果表明，眼睛中的蛋白质可能是未来预测阿尔茨海默病的一种低成本高效手段。在症状出现之前诊断和开始AD治疗是控制疾病的关键，因为在出现症状时...

前几天，Nature上一篇comment再度引发关于p-value如何使用和解释的文章：Scientists rise up against statistical significance，800多名科学家联合声明拒绝使用基于p-value或置信区间或贝叶斯因子等的二分法将研究结果分为统计显著和统计不显著两个部分，而是应该把置信区间改为兼容性区间, 描述区间所有值的实际含义，尤其是其所代表的的效...

周末了，看一些违反直觉的小问题们。第一个问题：三人成虎，概率却不足十分之五？你打算去西雅图旅游，但不确定是否会下雨。你打电话给三个在西雅图居住但彼此不认识的朋友询问。你的每个朋友都有2/3的可能告诉你真实情况，也有1/3的可能他们会搞砸。询问后所有的朋友都告诉你会下雨。那么是不是第一反应西雅图会下雨呢？而实际西雅图下雨的概率有多大呢？是直接相信直觉还是计算下？ 首先确...

<br />科研的入门者作科研，总想着如何出文章。在那个阶段，出文章和拿奖学金、毕业、免试保送、申请出国直接挂钩。而熟门熟路以后，也被文章这个指标赶的慌。人们总是害怕自己的实验点子被别人做掉了，文章被别人抢先发表了，总是害怕自己的文章少。哪怕文章发得再多，都不断地被心魔拿着刀在追赶。记得，博导曾对我说，他不为了文章而文章，文章对他来说只是科研的副产品，科研搞好了，文章自然也出来了。为此，他不是心急火燎地一得到一些结果就报道，而是把问题研究透了，甚至等几篇文章上下左右都吻合了，才一起投出去。如此这

<br />完整版的 （转载）<br />美国副教授现身说法：如何改变“只收藏不阅读”的习惯<br />美国副教授现身说法：<br />看到“只收藏，不阅读”的讨论，恍如回到7年前在台大备考托福时，天天上网找资料的那段日子。我花了大功夫在各大网站上寻找有关托福考试的文章和各种资源，包括词汇复习，阅读训练，作文模板，备考策略啦，等等，想的出来的问题我都去搜，都去整理。收藏这些资料，对我来说是很有成就感的，因为我天生喜欢把东西分门别类。桌上的茶几，必须放在茶杯垫下，而且要放到桌子的一个角落上

<br /><br />感觉到了博士才知道这些似乎有点晚了，或者是有不少人也不会去读博，还是希望所有的硕士朋友看过能够从中有所收获。<br />1. 先看综述，后看论著看综述搞清概念，看论著掌握方法。<br />2. 早动手在师兄师姐离开之前学会关键技术。<br />3. 多数文章看摘要，少数文章看全文。掌握了一点查全文的技巧，往往会以搞到全文为乐，以至于没有时间看文章的内容，更不屑于看摘要。真正有用的全文并不多，过分追求全文是浪费，不可走极端。当然只看摘要也是不对的。<br />

学生如何提高专业英文阅读能力【 序：此文针对本科生和一、二年级的博士、硕士生，对高年级的博士生和博士后也应该有参考价值。该文的一些背景可以参考我此前关于提高英文写作能力的博文：http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=349932】从小到大，我感性思维多一些，不善于读书。85至89年在清华生物系读本科期间，从未读过任何一种英文专业期刊。我受到的与英文阅读相关的训练一共只有两个。一是我在1986年暑假期间选修的时任系主任的蒲慕明老师开设的《生物英语》系列讲

有时还是不得不把 LaTeX 写的文档转成 Word。一些可行的办法有：1、先用 TtH 或 LaTeX2HTML 之类的工具把 LaTeX 转成 HTML，再把 HTML 转成Word。2、先生成 PDF，再用 PDF2Word 转成Word。3、安装 TeX2Word ，用 Word 打开 LaTeX/TeX 文件，另存为 doc 文档。4、用 LaTeX2rtf 转。前 面两种方...

其实这篇文章最初是用英文写的（发布于我的英文博客，点击这里），但是考虑到很多读者比较懒，所以我还是在写一份中文版吧。其实最痛苦的事情莫过于先用英文写好了，再翻译为中文，比用中文写好再翻译成英文还累！各位如果感觉下文的中文表述有点奇怪，还请海涵，毕竟中英文思维是有差异的，我翻译过来中文也不是特别容易。对于每个在大学校园里的人来说，搜集管理参考文献并在自己的论文末尾生成一个漂亮的列表是一件不可避免的工作。但是很麻烦的是，不同的杂志对于参考文献有着不同的格式要求。通常的办法是找到文献，然后拷贝、粘帖、整理。实

<br />（1）一定要有毅力和认真的态度，无论对现在的学习还是将来的工作这点都是永恒不变的<br />（2）遇到困难不要害怕，一定要克服心理恐惧，<br />（3）不懂的地方一定要彻底搞明白，千万不能糊弄自己<br />（4）脸皮要厚，充分利用一切资源，其它教研室的老师，国内外专家，统统不放过，当然咨询之前自己一定要问题吃透，实在搞不定再找他们，人家也很忙的说。

<br />1.做实验是一个工程，是一次战役，要知道什么时候开始，什么时候结束。<br />2.实验开始前，要分析步骤，需要做好的准备工作要提前完成， 需要用到的设备、材料逐个检查是否可以正常使用。<br />3.规划好时间，无论成功还是失败，接下来的工作都不要与吃饭、睡觉发生冲突。<br />4.做好记录，时间，地点，任务，加样顺序，量，都记录好。

<br />1.巨大的使用效果和经济利益，给人类生活带来方便和变革。<br />2.开拓一个新的领域和方向。<br />3.总结、完善现有的研究内容，形成完美的体系。

<br />施一公：如何提高英文的科研写作能力<br /><br /><br />在国际学术期刊上发表科研论文，是科研工作者与同行交流、取得国际影响的必经之路。有些国内的科学家实验做得很漂亮，但常常苦恼于论文写作力不从心，成为国际交流的一大障碍。本文从笔者的亲身体验出发，给博士生、博士后以及年轻的PI（课题组长）提供一个借鉴。<br /><br />我大学时的同班同学都知道，那时我的英语不算好（英语四级考试仅为“良”），写作尤其糟糕。初到美国之时，对英文环境适应得很差，读一篇《生物化学杂志》（JBC）的

欢迎关注微信公众号生信宝典：http://mp.weixin.qq.com/s/Ld2dNcaWR-jIzolHw_tkHA 十一之前，出了一期画图专辑：好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章，包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠)，这些都是基于R代码或简便封装的R脚本，便于学习和使用。另外还

ISI每年出版JCR期刊引用报告 (Journal Citation Reports)。JCR对8000多种期刊(网络版) 之间的引用和被引用数据进行统计、运算，并针对每种期刊定义了影响因子 (IF: impact factor)等指数加以报道。这些期刊包括SCI收录的3800种核心期刊(光盘版)。 影响因子IF = (某刊前2年发表论文在该年的被引用次数) / (该刊前2年发...

差异基因鉴定基因表达标准化不同样品的测序量会有差异，最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM)，即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。这种计算方式的缺点是容易受到极高表达且在不同样品中存在差异表达的基因的影响；这些基因的打开或关闭会影响到细胞中总的分子数目，可能导致这些基因标准化之后就不存在表达差异了，而原本没有差异...

海哥，中国科学院遗传与发育生物学研究所，生物信息学博士。在生信宝典出品过多部“傻瓜式”教程。生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达 生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索 生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖...

三阴乳腺癌（TNBC）是乳腺癌的一种侵袭性亚型，常对化疗产生耐药性。而耐药性的产生到底是之前存在的稀有突变细胞受到选择还是新基因突变导致的，仍是一个谜团。为研究该问题，Charissa Kim等人利用混合细胞外显子测序以及单细胞DNA和RNA测序，对新辅助化疗（NAC）期间20名TNBC患者进行跟踪分析。深度外显子组测序结果显示10例病人化疗后原始突变消失，10例病人化疗后突变依然存在。对其中...

<br />很感谢小木虫网站，三年前，当我还没有一篇文章的时候，是这里让我起航，插上放飞的翅膀！现在讲讲我的一些科研感受，和同学们分享一下。<br />从清华本科毕业的时候，出于对科研的热爱和相信国内同样可以做出成绩的信念，选择了在本校读工学直博士，而今已经4个年头，再过一年就要毕业了。目前已发表的SCI源刊有10篇，影响因子大约30，此外有一些专利，刚被一个高水平的国际大会邀请作特邀报告。下面主要是对低年级同学们的建议，当然希望对科研能力已经较强的高年级同学也有些帮助吧。<br />1.        方