悟道西方

Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，本文列出自己学习其官方文档的几个点，对后面计算不同样品peak相似性的脚本做了下更新和调整，使用起来更为简单方便。内容摘要区域注释，如peak注释，peak分布分析，peak与调控元件交集等。区域合并，如求算多样品peak合集，或合并重叠区域区域互补，如得到非基因区利用比对结果对测序广度和深度评估多样品peak相似...

2020年3月30-31日，NIH-HCA 2020联席会议通过在线会议形式顺利召开会议目的：通过将实验技术、数据管理和分析领域的重要研究人员召集在一起，就共享、标准、试点项目和跨联盟资源达成共识，为单细胞研究工作建立一个更强大的国际生态系统。![d-images.jianshu.io/upload_images/7071112-e2cc70b6a521060d?imageMogr2/auto-...

由于新病例的迅速增加，2019年冠状病毒病（COVID-19）很快引起了全球关注。新型冠状病毒感染被认为是从动物传播的，到2020年1月，怀疑最初受感染的患者是通过人与人之间的传播感染了该病毒。截至2020年4月2日，全球报告了854,640例确诊的COVID-19和43,938例死亡人数。这些数字每天都会更新，而且预计还会进一步增加。据报道，冠状病毒是非分段的正义RNA病毒，主要在鸟类和哺乳动...

结直肠癌在全球范围内是发病率第三、致死人数第四的恶性肿瘤(Beattie et al., 2005 ; Carey, 2017; Church, 2016)。结直肠腺瘤是结直肠癌的癌前病变，根据组织学形态可以分为低级别腺瘤和高级别腺瘤，从低级别腺瘤到腺癌的序列发生需要10年以上时间。因此，深入解析低级别腺瘤向腺癌转化的分子机制对于结直肠癌的预防、早筛和治疗都有重要意义。家族性腺瘤性息肉病（Fam...

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。虽然具有single cell marker基因库，但在判断细胞亚型的时候有时并不是那么solid，有一些原则上比较特异的gene不知道为什么在cell marker上出现在不同的细胞上，比如S100A8,S...

可重复性研究一直是学术发表希望实现的方式，更有助于判断研究结果的准确性和帮助后人以此为基础进行深入研究。计算分析类型的研究，是能够比较容易实现可重复性的 - 只要分享代码和数据就可以 （当然配置运行环境也需要一定的功底），如使用R markdown或Bookdown 或者 Jupyter notebook等，像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的NBT文章那样，把代码存放...

EXCEL是常用的查看表格的工具，提供了很好的数据筛选、绘图等功能，不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件，让你 5 分钟从小白变大神。但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情，如基因名字的转换。比如gene symbols SEPT2 (Septin 2)、MARCH1 [Membrane-Associated Ring Finger (C3H...

title: “reshape2”author: “lld”date: “2018年11月1日”output: html_document一、reshape2 简介reshape2是由Hadley Wickham编写的R包，可以轻松地在宽格式（wide-format）和长格式（long-format）之间转换数据。reshape2R包主要有两个主要的功能：melt和castme...

典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - 数据获取到标准化介绍了实验的设计、数据获取、数据标准化和注释，下面是如何利用Limma和线性模型鉴定差异基因，并进行GO富集分析。线性模型为了分析发炎和未发炎组织的差异表达，我们需要构建一个线性模型。线性模式是实验数据分析的常用方法，适用于几乎任何复杂的实验设计。后面我们专门出文介绍，推荐Mike Love和Michael Ir...

2019年3月8日发表在阿尔茨海默病杂志上的一项新研究发现，阿尔茨海默病（AD）的生物标记物淀粉样蛋白-β和tau蛋白在眼液中的含量降低与低认知评分显著相关。在波士顿医学中心的研究人员的带领下，该研究首次将眼睛中这些已知的AD标记蛋白与精神状态联系起来。研究结果表明，眼睛中的蛋白质可能是未来预测阿尔茨海默病的一种低成本高效手段。在症状出现之前诊断和开始AD治疗是控制疾病的关键，因为在出现症状时...

自己的博客在Github上，访问不多。这篇文章竟然被别人发了出来，还是贴到优快云上，更方便检索吧。原文：<http://blog.genesino.com/2016/10/PCA/>This is generated by R knitr, please check https://github.com/Tong-Chen/notebook/blob/master/PC...

斯坦福大学Satija lab的 Seurat v3.1 guidline于近日更新啦！其中包括许多个性化的模块，其中我个人比较感兴趣的是Cell-Cycle Scoring and Regression模块,因为在条件干预的情况下，部分细胞处于非稳定状态下，如增殖类细胞出现由于细胞周期相关基因的不同导致细胞聚类发生一定的偏移。其实在许多已经发表的文献中，我们也可以看到由于细胞周期不同...

单细胞文献解读 · CNS：Cell 深度| 一套普遍适用于各类单细胞测序数据集的锚定整合方案Nature系列 | 整合单细胞转录组学和质谱流式确定类风湿性关节炎滑膜组织中的炎症细胞状态 | 详细解读Nature 首次对阿尔茨海默病进行单细胞转录组分析|详细解读Science：通过单细胞转录组测序揭示玉米减数分裂进程 | 很好的单细胞分析案例Abstrac...

斯德哥尔摩时间10月3日11时45分（北京时间10月3日17时45分），2018年诺贝尔化学奖揭晓。Frances H. Arnoid因研究酶的定向功能改造而分享一半奖金；George P. Smith 和Sir Gregory P. Winter****噬菌体展示技术基于的抗体改进而共享另一半奖金。从1901年至2018年的诺贝尔化学奖历年获奖数据概览见下图所示，绘制方法见：networ...

斯德哥尔摩时间10月1日11时30分（北京时间10月1日17时30分），2018年诺贝尔生理或医学奖揭晓。James P. Allison和Tasuku Honjo两人因在抑制免疫调节机制的研究中发现了新癌症疗法而获奖。James P. Allison是MD安德森免疫学主任，主要贡献是提出immune checkpoint概念和CLA-4抗体增强免疫抑制肿瘤；Tasuku Honjo发现T-...

<br />在一个充满阳光的午后，一只兔子从她的洞里出来享受好天气。天气好得让她失去警觉，一只狐狸尾随其后，抓住了她。<br /><br />    “我要把她当午餐吃掉！”狐狸说。“慢着！”兔子答道。“你应该至少等几天。”“喔？是吗？为什么我要等？”“嗯，我正在完成我的博士论文。”<br /><br />    “哈，那是个很蠢的理由。你的论文题目是什么？”<br /><br />    “我正在写‘兔子比狐狸与狼的优越性’。”<br /><br />    “你疯了吗？我应该现在

NO.1 方向比努力重要　　现在是讲究绩效的时代，公司、企业、政府，需要的是有能力且能与企业方向共同发展的人，而不是一味努力但却南辕北辙的人。自己适合哪些行业，哪些职业，有很多东西是先天决定的，只有充分地发掘自己的潜力，而不是总与自己的弱点对抗，一个人才能出人头地，就像现在很多企业招聘的时候，他们相信通过培训和教育可以让火鸡学会爬树，但是还是觉得选个松鼠方便一些。方向不对，再努力、再辛苦，你也很难成为你想成为的那种人。　　NO.3 能力比知识重要　　知识在一个人的构架里只

转：用人单位给计算机系学生的一封信作者：feique123 提交日期：2008-7-30 13:00:00 | 分类: | 访问量：69 　　　　今天上午又去招聘了，加上前面一段时间的招聘经验，有些话不吐不快。　　　　我们希望找到能干活的人，就是能编程序的人，但是我感觉现在刚毕业的人里面，包括名校的，能干活的人比例非常的低，大概不超过百分之一。　　　　很多人都说，没有参加过实际的项目，没有经验，希望能够在工作过程中学习等等，开始的时候我也这样认为，随着面试的

欢迎使用Markdown编辑器写博客本Markdown编辑器使用StackEdit修改而来，用它写博客，将会带来全新的体验哦：Markdown和扩展Markdown简洁的语法代码块高亮图片链接和图片上传LaTex数学公式UML序列图和流程图离线写博客导入导出Markdown文件丰富的快捷键快捷键加粗 Ctrl + B 斜体 Ctrl + I...

导读Trends in Cell Biology (Cell系列综述, 2018 IF: 18.564）于2018年6月1日在线发表了Steven Boeynaems（PhD Biomedical sciences, Stanford University School of Medicine, 一作兼通讯）撰写的关于蛋白质相位分离综述一文《Protein Phase Separati...

生物信息的学习离不开Linux系统，不管自己写命令处理数据，还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能，可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中，多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的，相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷；另外，生信分析用到的工具大都只在Linux下运行，而Linux发行版众多，...

蛋白研究过程中，一般认为氨基酸的序列决定了蛋白的结构，结构决定功能（一般指蛋白的三维结构）。然而，近50年的研究中，有一种没有特定三维结构的蛋白不断被研究人员发现，由于这类蛋白无法折叠成稳定的三维结构而称为固有无序蛋白(intrinsically disordered regions，IDRs)。这类蛋白虽然缺乏稳定结构且高度可变，但是研究却发现他们在生物体内行驶着重要的生物学功能。图1 ...

之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome，这些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品，他的主要功能还是作为一个开源的通路数据库，为相关领域的研究者提供直观的可视化生物信息学工具。目前该库覆盖了19个物种的通路研究，且更偏重生化反应，包括经典的中间代谢、信号转到、基因转录调控、细胞凋亡与疾病。数据库引用了100多个不同的在线生物信息学资源库，包括NCBI、Ensembl...

之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome（https://reactome.org/）， 那些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品，他的主要功能还是作为一个开源的通路数据库，为相关领域的研究者提供直观的可视化生物信息学工具。在一定程度上，可以替代收费的KEGG数据库，而且拓展出很多新的通路。目前该库覆盖了19个物种的通路研究，包括经典的代谢通路、信号转导、基因转录调控...