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来一场蛋白和小分子的风花雪月
分子对接(Molecular Docking)理论所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。分子对接的思想起源于Fisher E的”钥匙和锁模型”，主要强调的是空间形状的匹配。...原创 2020-04-17 20:08:21 · 1927 阅读 · 0 评论 -
一文掌握GSEA富集分析-最详细教程
之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，大略介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念。最近用自己数据实战分析时用到了该方法，故将一些之前遗漏的点补充整理出来分享给大家。从前文中我们了解到GSEA分析的目的是要判断S集基因（基于先验知识的基因注释信息）中的基因是随机分布还是聚集...原创 2019-04-26 17:02:46 · 64820 阅读 · 10 评论 -
12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化
ggplot2自从2007年推出以来，成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于ggplot2背后的哲学。这个软件包的灵感来源于Leland Wilkinson编写的《图形语法》一书，在此书中将graphs 分解成scales和layers，并将原始数据与表现形式分离开。具体使用可见下面简化示例和后面列出的往期绘图...原创 2018-12-07 10:11:44 · 3672 阅读 · 2 评论 -
R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
title: “reshape2”author: “lld”date: “2018年11月1日”output: html_document一、reshape2 简介reshape2是由Hadley Wickham编写的R包，可以轻松地在宽格式（wide-format）和长格式（long-format）之间转换数据。reshape2R包主要有两个主要的功能：melt和castme...原创 2018-12-07 09:29:14 · 17708 阅读 · 1 评论 -
Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及
EXCEL是常用的查看表格的工具，提供了很好的数据筛选、绘图等功能，不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件，让你 5 分钟从小白变大神。但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情，如基因名字的转换。比如gene symbols SEPT2 (Septin 2)、MARCH1 [Membrane-Associated Ring Finger (C3H...原创 2018-10-25 11:19:22 · 1147 阅读 · 0 评论 -
“不务正业”的化学奖又发给了生物
斯德哥尔摩时间10月3日11时45分（北京时间10月3日17时45分），2018年诺贝尔化学奖揭晓。Frances H. Arnoid因研究酶的定向功能改造而分享一半奖金；George P. Smith 和Sir Gregory P. Winter****噬菌体展示技术基于的抗体改进而共享另一半奖金。从1901年至2018年的诺贝尔化学奖历年获奖数据概览见下图所示，绘制方法见：networ...原创 2018-10-25 11:12:55 · 484 阅读 · 0 评论 -
Graphpad，经典绘图工具初学初探
大多数科研文章都离不开图表，尤其是图，熟悉一些绘图软件，并将图在文章和PPT中展示出来，是科研训练的重要内容。漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分，但是多数科研者只会使用Excel作图，反复修改也没法达到预期的效果。Graphpad ， Origin和SigmaPlot是科研领常用的三款统计作图软件，他们各有优缺点，经常需要配合使用。今天给大家介绍的是Paragraph的基本使用方法了解gra...原创 2018-10-25 10:30:41 · 16768 阅读 · 0 评论 -
免费Linux系统和生信宝典原创学习教程
生物信息的学习离不开Linux系统，不管自己写命令处理数据，还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能，可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中，多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的，相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷；另外，生信分析用到的工具大都只在Linux下运行，而Linux发行版众多，...原创 2018-09-13 17:12:43 · 910 阅读 · 0 评论 -
文章用图的修改和排版 （一）
微信公众号：http://mp.weixin.qq.com/s/IJNyhinakY0lSXgCN7b9ug author: ct layout: post categories: - Bioinfo tags: - Bioinfo一年一度的教师节到了，首选祝愿各位老师节日快乐。在科研领域，对老师最好的献礼就是就是不辜负老师的教诲，做出好的科研工作，获得有价值的科研成果。成果发表是科原创 2017-09-20 12:00:30 · 949 阅读 · 0 评论 -
KMP字符串比对算法理解
<br />KMP算法<br /><br />一种字符串比对算法，寻找存在于长字符串中的子串，由Knuth、Morris、Pratt三个同时提出来。<br /><br />算法的基本思路是：<br /><br />假设有序列seq(长度为m)和子序列subseq(长度为n)， <br />首先遍历序列seq，找到subseq[0]第一次出现在seq中的位置k；<br /><br />然后顺次比较subseq[j](0<j<n)与seq[i](k<i<m), 即比较以subseq[0]开头原创 2010-08-22 15:33:00 · 919 阅读 · 0 评论