悟道西方

单细胞分析经常用到Seurat包，整个分析过程中的中间结果都在一个Seurat对象中存储。常需要从里面提取对应数据进行后续分析，有时会用$，有时会用@，怎么选择呢？str函数是我们的好帮手，清晰展示对象层级结构和索引方式，如下，对应名字前出现@则用@索引（比如pbmc@assays）,有则用则用则用索引(如pbmc@assays$RNA)。>str(pbmc)Formal class ...

之前的培训有老师提出要做SOM分析，最后卡在code plot只能出segment plot却出不来line plot。查了下，没看到解决方案。今天看了下源码，设置了一个参数，得到趋势图。也顺便学习了SOM分析的整个过程，整理下来，以备以后用到。更多聚类相关见：基因共表达聚类分析和可视化聚类分析factoextra获取pheatmap聚类后和标准化后的结果SOM分析基本理论SOM (S...

作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。生信宝典对代码进行了系统测试和解释。严涛老师的绘图教程还有：ggplot2学习笔记之图形排列R包ggseqlogo |绘制序列分析图ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)简介R-Ladies是一个世界性的促进R语言社区性别多样性的组织，本文分析了这个组织的粉丝成员分布信息。...

摘要RNA测序（RNA-seq）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展，RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究，比如单细胞基因表达、RNA翻译（translatome）和RNA结构组（structurome结构组学）。新的有意思的应用，如空间转录组学（spatialomics）也在积极...

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。严涛老师的绘图教程还有：gganimate |诺奖文章里面的动图布局教程来了！！ggplot2学习笔记之图形排列R包ggseqlogo |置换序列分析图ggplot2高效实用指南（可视化脚本，工具，套路，配色）简介ggridges。主要包用来绘制山峦图产品尤其的英文针对时间或者空间分布****可视...

一文看懂PCA主成分分析中介绍了PCA分析的原理和分析的意义(基本简介如下，更多见博客)，今天就用数据来实际操练一下。（注意：用了这么多年的PCA可视化竟然是错的！！！）在公众号后台回复**“P****CA实战”**，获取测试数据。一、PCA应用# 加载需要用到的R包library(psych)library(reshape2)library(ggplot2)library(fac...

原文章来源链接：https://brucezhaor.github.io/blog/2016/06/13/excel2ggplot/原文章作者：BruceZhaoR(RStats, interested in Statistics Models, Machine/Deep Learning, Data visualization, High Performance Computing ...)...

gganimate |让你的图动起来！这是ggplot中十分可爱的一个扩增包，目的只有一个，就是让你的图动起来！就是酱紫！gganimate扩展了GGPLOT2实现的图形语法，包括动画描述。它通过提供一系列新的语法类来实现这一点，这些类可以添加到绘图对象中，以便自定义它应该如何随时间变化。下面是他的参数：transition_*()定义了数据应该如何展开以及它与时间的关系。view_*(...

本文启发于上周开的单细胞转录组课程，本次课程由资深单细胞算法研究者戴老师主讲，深入浅出，各部分分析原理从理论到应用层面解释透彻，最新流程，最新代码，绝对值得学习。课程尚未结束，我就迫不及待向一位未能安排出时间参加此课程的老友及时安利了视频课。言归正传，介绍培训课程的一张幻灯片：很多PCA可视化结果都是不合适的。PCA或PCoA是常用的降维工具，之前有几篇文章介绍PCA的原理和可视化。一文...

斯坦福大学Satija lab的 Seurat v3.1 guidline于近日更新啦！其中包括许多个性化的模块，其中我个人比较感兴趣的是Cell-Cycle Scoring and Regression模块,因为在条件干预的情况下，部分细胞处于非稳定状态下，如增殖类细胞出现由于细胞周期相关基因的不同导致细胞聚类发生一定的偏移。其实在许多已经发表的文献中，我们也可以看到由于细胞周期不同...

2019年9月13，往年这个时候的大学，‘学习’气氛正灼，考研人月下抱书疾行，披星奔赴自习室。而农历八月十五与平时不同的是，会收到学院给的冬瓜馅（划掉）果仁馅月饼，聊以寄思。今日又逢仲秋时分，人的地点或状态在变，不变的始终是中秋月夜的这份月饼。而就在近日，国产C919干线客机第四架测试机，编号B-001E从中国商飞试飞中心东营基地起飞，在完成导航LOC全向性科目试飞过程中，用国航独有的浪漫给大众...

原来Rproj还可以这么使用在别人的电子书，你的电子书，都在bookdown中我们讲述了bookdown的应用。里面涉及到一个文件Rproj用于项目管理。本身是一个很简单的文件，里面的内容一般不需要修改，只是放置在每个项目目录下即可。比如我们有个内容如下的ysx.Rproj文件，配置了一些参数，看单词都应该明白这些参数是什么含义。Version: 1.0RestoreWorkspace...

GEO是当今最大、最全的公共基因数据资源库，包括基因的表达、突变、修饰等信息，涵盖几乎所有的疾病，且单个实验检测样品数目较多，是我们分析、学习的很好资源。实验设计原始文章对14个溃疡性结肠炎病人 (Ulcerative colitis, UC)和15个克罗恩病病人 (Crohn’s disease, CD)的发炎组织和未发炎组织活检采样，用Affy芯片检测基因表达谱，研究发炎组织和未发炎组织的...

一文看懂PCA主成分分析中介绍了PCA分析的原理和分析的意义(基本简介如下，更多见博客)，今天就用数据来实际操练一下。在生信宝典公众号后台回复**“PCA实战”**，获取测试数据。一、PCA应用# 加载需要用到的R包library(psych)library(reshape2)library(ggplot2)library(factoextra)1. 数据初始化# 基因表达数据...