悟道西方

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析...

单细胞测序可以揭示单个细胞的微妙的变化并对细胞进行分型，在经历了动物单细胞的火热后，植物单细胞转录组的春天来了，Science, PC, PP, MP, bioRxiv各一个。本文详细解析了2019年4月，Brad Nelms和Virginia Walbot两位研究人员在Science期刊上通过单细胞转录组测序解释玉米减数分裂的进程。原文题目：Defining the developmental...

原来Rproj还可以这么使用在别人的电子书，你的电子书，都在bookdown中我们讲述了bookdown的应用。里面涉及到一个文件Rproj用于项目管理。本身是一个很简单的文件，里面的内容一般不需要修改，只是放置在每个项目目录下即可。比如我们有个内容如下的ysx.Rproj文件，配置了一些参数，看单词都应该明白这些参数是什么含义。Version: 1.0RestoreWorkspace...

单细胞测序实验方法开发scRNA-seq的新实验方法和操作手册是目前很火的研究领域，而且最近这些年已经发表了一些改进方法。上图可以看出检测的细胞数目以指数形式增加，以下是一份不完全的列表：STRT-seqSmart-seqCEL-seqMARS-seqSCRB-seqSmart-seq2Drop-seqInDrop-seqCEL-seq2...

在别人的电子书，你的电子书，都在bookdown一文中推荐过这一篇教程(https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course)，从2016年一直更新到2018年，是入门单细胞分析的十分适合的文档。为了进一步促进学习，生信宝典申请并组织翻译这篇教程，将在公众号陆续推出。最后会有整合版以网页和PDF格式发布于易生信平台。关于课程采用高通量测序技术获取单细胞水...

title: “reshape2”author: “lld”date: “2018年11月1日”output: html_document一、reshape2 简介reshape2是由Hadley Wickham编写的R包，可以轻松地在宽格式（wide-format）和长格式（long-format）之间转换数据。reshape2R包主要有两个主要的功能：melt和castme...

EXCEL是常用的查看表格的工具，提供了很好的数据筛选、绘图等功能，不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件，让你 5 分钟从小白变大神。但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情，如基因名字的转换。比如gene symbols SEPT2 (Septin 2)、MARCH1 [Membrane-Associated Ring Finger (C3H...

斯德哥尔摩时间10月3日11时45分（北京时间10月3日17时45分），2018年诺贝尔化学奖揭晓。Frances H. Arnoid因研究酶的定向功能改造而分享一半奖金；George P. Smith 和Sir Gregory P. Winter****噬菌体展示技术基于的抗体改进而共享另一半奖金。从1901年至2018年的诺贝尔化学奖历年获奖数据概览见下图所示，绘制方法见：networ...

大多数科研文章都离不开图表，尤其是图，熟悉一些绘图软件，并将图在文章和PPT中展示出来，是科研训练的重要内容。漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分，但是多数科研者只会使用Excel作图，反复修改也没法达到预期的效果。Graphpad ， Origin和SigmaPlot是科研领常用的三款统计作图软件，他们各有优缺点，经常需要配合使用。今天给大家介绍的是Paragraph的基本使用方法了解gra...

之前给大家推荐过教育部首批490门“国家精品在线开放课程”，里面很多跟生物相关的免费经典课程。除了国内这些开放的学习资源外，还有许多国外的免费资源，今天给大家推荐的是 加拿大安大略癌症研究所（Ontario Institute for Cancer Research） 推出的各种生信课程。该机构每年都会举办数场生物信息学研讨会（CBW），并共享其课件与视频，每一份都是沉甸甸的财富，真业内良心！！！...

之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome（https://reactome.org/）， 那些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品，他的主要功能还是作为一个开源的通路数据库，为相关领域的研究者提供直观的可视化生物信息学工具。在一定程度上，可以替代收费的KEGG数据库，而且拓展出很多新的通路。目前该库覆盖了19个物种的通路研究，包括经典的代谢通路、信号转导、基因转录调控...

三阴乳腺癌（TNBC）是乳腺癌的一种侵袭性亚型，常对化疗产生耐药性。而耐药性的产生到底是之前存在的稀有突变细胞受到选择还是新基因突变导致的，仍是一个谜团。为研究该问题，Charissa Kim等人利用混合细胞外显子测序以及单细胞DNA和RNA测序，对新辅助化疗（NAC）期间20名TNBC患者进行跟踪分析。深度外显子组测序结果显示10例病人化疗后原始突变消失，10例病人化疗后突变依然存在。对其中...

海哥，中国科学院遗传与发育生物学研究所，生物信息学博士。在生信宝典出品过多部“傻瓜式”教程。生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达 生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索 生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖...

差异基因鉴定基因表达标准化不同样品的测序量会有差异，最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM)，即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。这种计算方式的缺点是容易受到极高表达且在不同样品中存在差异表达的基因的影响；这些基因的打开或关闭会影响到细胞中总的分子数目，可能导致这些基因标准化之后就不存在表达差异了，而原本没有差异...

开课背景生物信息学说起来很好理解，可是对大部分想学习生信的人来说，操作起来却是有些棘手，无有头绪。生信的研究内容主要包括两个方面：首先，需要生物研究者利用实验收集、整理、储存、获取生物学数据；另一方面，需要依托数理信息科学的技术和方法管理和分析数据。如今工具开发者（IT）和工具应用者（Biologist）的界限越来越模糊，只要您是生信领域的工作者，都需要了解生物信息学分析基本知识。生物学家...

本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。WGCNA基本概念加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集,...

转录组大家都很熟悉了，我们之前也有几篇介绍：转录组分析的正确姿势39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)120分的转录组考题，你能得多少年前开了一期二代转录组线下研讨班，效果挺好，大家学的很扎实，不少朋友又继续参加了后续其它内容的培训课程。在一起学习，一起聊天，互相有些收获；能得到持续的认可，是我们最好的动力。上次转录组培训后，还有不少新朋友希望能...