pumc_2023的博客

TIMER则提供6种免疫细胞（B cells, CD4+ T cells, CD8+ T cells, Neutrphils, Macrophages and Dendritic cells ）的浸润情况。

为了准确评估肿瘤微环境中免疫细胞的构成，我们可以通过很多方法从 RNA-seq 数据中量化肿瘤浸润的免疫细胞。免疫浸润分析的方法大体包括两个思想，一个是 marker gene，还有一个是反卷积思想。

运行GATK报错：GATK jar file not found. Have you run "gatk-register"?conda下载GATK：conda install -c bioconda gatk。解压缩：unzip gatk-4.6.0.0.zip。运行：gatk-register。下载到 WINDOWS 再上传到 LINUX。将 gatk 路径改为绝对路径！

余数就是这个值，，表示到达下一个密码子需要跳过的碱基个数。该编码区第一个密码子的位置，取值。表示该编码框的第一个密码子的第一、二个碱基位于该编码区外；得分，数字，是注释信息可能性的说明，可以是序列相似性比对时的。注释的来源，一般为数据库或者注释的机构，如果未知，则用点“表示该编码框的第一个密码子的第一个碱基位于该编码区外；表示该编码框的第一个密码子第一个碱基位于其。来说，本列指定下一个密码子开始的位置。序列）以及相应的质量评价的文本格式。有效，表示起始编码的位置，有效值为。：序列的编号，一般为。

改变工作目录位置 cd（cd /dir-name1/dir-name2 改变目录位置，至指定的绝对路径；cd ..返回上级目录改变目录位置，至上一级目录下的user目录2. 显示目录文件 ls（list）ls：显示当前目录下文件；ll：显示目录下所有文件的许可权、拥有者、文件大小、修改时间及名称；ll -h：显示文件大小。

比对软件将质控后的fq格式文件与参考基因组进行比对后。

1. CHROMchromosome变异位点所在染色体位置；2. POS（position变异位点相对于参考基因组所在的位置，如果是indel，就是indel第一个碱基位置。3. ID（identifiervariant的 ID。如果 call 出来的 SNP 存在于 dbSNP 数据库是NCBI中专门用于存储物种SNP位点信息的数据库里，就会显示相应的 dbSNP 里的 rs 编号；若没有，则用 ’.’ 表示其为一个新变体。4. REF（）：在这个变异位点处，

conda env list #查看conda创建的所有环境。，创建环境：conda create -n [env_name]，激活环境：conda activate [env_name]开始一个新项目，只需要创建一次环境，但是。