常见LINUX基本操作

1. 改变工作目录位置   cd（change directory）

cd  /dir-name1/dir-name2       改变目录位置，至指定的绝对路径；

cd  ..         返回上级目录

cd  ../user    改变目录位置，至上一级目录下的user目录

2. 显示目录文件 ls（list）

ls：显示当前目录下文件；

ll：显示目录下所有文件的许可权、拥有者、文件大小、修改时间及名称；

ll -h：显示文件大小。

ls -l显示的详细信息中：

drwxr-xr-x      10个字符，第一个表示文件类型。剩下的9个分成3组，表示文件权限。

前三个表示此文件的属主对文件的权限

中间三个表示此文件属主所在的组对文件的权限

最后三个表示其他用户对文件的权限

rwx怎么解析：r代表可读，w代表可写，x代表可执行

rwx：可读，可写，可执行；r-x: 可读，不可写，可执行；r--: 可读，不可写，不可执行。

3. 新建目录 mkdir（make directory）

mkdir   dir1　　　新建一个名字为dir1的目录

4. 删除目录/文件 rm（remove directory）

rm  dir1      删除空目录dir1；

rm  -r  dir1     删除目录dir1及其下所有文件及子目录

rm  -rf dir1    不管是否空目录，统统删除，而且不给出提示,使用时要小心。

rm     file     删除名字为file的文件

5. 复制文件 cp（copy）

cp   file1  dir1              将file1复制到目录dir1

6. 查看文件

（1）less：less    file     查看file (按q键退出)，enter或xiang'xia'jian'tou；

（2）cat：一次性显示文件所有内容，文件过大慎用；

（3）head：head file   默认显示前十行； head -5 file  显示前5行；

（4）tail：tail file   默认显示后十行；tail -5 file  显示后5行。

7. 移动或更改目录 mv（move）

mv  file1  file2       将文件file1，更名为file2

mv  file1  dir1        将文件file1，移到目录dir1

mv  dir1   dir2       将目录dir1，更名为dir2

8. 编辑文件vi/vim

打开一个新文件 file，写入文件内容并退出

（1）打开文件：vim file

（2）单击 i，从一般模式进入编辑模式，左下角显示 “-- INSERT --”

（3）输入文件内容

（4）单击 Esc 退出编辑模式

（5）退出文件：w只保存不退出；wq保存并退出文件；q! 不保存并强制退出文件；wq！强制保存并退出文件。

vi的高级使用

* 查找：在命令模式下，输入/xxx，就可以查找到xxx

* 快速切换行：在命令模式下，输入:num，就可以快速切换到num行

* 设置显示行号：在命令模式下，输入:set nu，就可以显示行号

设置永久显示行号，需要修改vi的配置文件。打开vi的配置文件~/.vimrc，在其中输入set nu即可。

* 行删除：命令模式下，先将光标移动到要删除的行，然后输入dd；如果要删除连续多行，譬如要删除连续的3行，使用3dd。

* 行复制粘贴：复制：命令模式下，nyy；粘贴：命令模式下，p

细节，复制时要把光标放在多行的第一行，粘贴时实际粘贴到当前光标所在行的下一行。

9. 文本搜索 grep（globally search a regular expression and print）：搜索文本并把匹配的行打印出来。

grep “ABC” file   把 file 文件中含有ABC的行打印出来

grep –v “ABC” file    反向选择，把file文件中不含有ABC的行打印出来

10. 以列为单位切取序列 cut

cut  -d  ‘_’  -f  2  file > file1  #以_为分割，截取file文件第二列到file1文件。

11. 文本替换 sed

搜索目标字符并替换成指定字符：sed ‘s/目标字符/指定字符/g’ file

删除文件指定内容：

(1) sed (-i) '10d' filename   #删除第10行

-i（（in-place editing）：该选项启用在位编辑。默认情况下，sed 只显示输出，使用 -i 选项，它修改实际文件，但是不在显示其中显示；

(2) sed  '/apple/d' filename    #删除含有apple的行

注意：shell 脚本运行时，只有双引号才能成功运行sed命令；如果源字符串或替换后字符串中包含 /，会执行出错，sed分隔符需使用“|”。

12. 对文本进行排序 sort

默认是按第一列排序，按“文字”类型（ASCⅡ）来排序

-t 分隔符 ：指定排序时使用的分隔符；

-k : 指定需要排序的列；

-n : 按照数值大小进行排序；

sort  -t  ":"  –k 2 -n file1    #“:” 为分隔，第二列的数据来排序，按数值大小排序

13. 过滤重复项 uniq

uniq file1    *-i  : 忽略大小写字符的不同

-c	统计行出现的次数
-d	只显示重复的行并且去重
-u	只显示唯一的行
-i	忽略字母大小写

14. 管道符 |

cut –f 1 test.txt |sort |uniq   #先截取第一列，按文本排序，然后去除重复项

15. awk进行行的筛选

awk ‘$1 == 5’  file  输出第一列是5的行

awk ‘$2==“gene”’ file 输出第2列是gene的行

16. 命令top——查看cpu、内存   

17. 命令pwd——查看当前路径    pwd（print work directory，打印工作目录）

18. 命令tar——打包、解包rar 

tar -cvf archive.tar file1 file2 directory #将文件1和2压缩archive.tar到文件

tar -xvf archive.tar   #解压缩文件

• -c: 创建新的归档文件
• -v: 显示详细输出，列出被添加到归档中的文件
• -f: 指定归档文件的名称
• -x: 解压归档文件

19. 命令gunzip

gunzip example.txt.gz

20. 命令man——查看某个命令的帮助   

man ls 显示ls命令的帮助内容 

ls  --help #help命令查看ls

21. 命令free/df——查看内存和swap分区使用情况   

df -h #查看剩余内存

22. wget

wget  -p  [绝对路径]  [链接]       #下载软件到指定位置       

解压缩命令+文件名

加到环境变量才可使用：echo “$PATH=  “$PATH >> ~./bashrc，sorce ~./bashrc

其他常见操作：

ls -l /path/to/directory | wc -l  #查看目录下文件数量

find -type d -empty -exec rm -rf {} \   #删除当前目录下所有空文件夹

bash runQD.sh &    #后台提交任务

jobs -l   #查看当前账户运行任务

kill -9 [任务号]    #终止并删除当前任务

ctrl + C：结束当前运行

ps -aux|grep "STAR"    #查看任务进程

less -S GRCH37.gtf | column -t | less -S  #列对齐查看gtf文件