Ubuntu22.04安装XcrySDen全过程

一、前言

        XCrySDen是一个晶体和分子结构可视化程序，它具有渲染轮廓、等值面、Wigner-Seitz 单元（也是布里渊区）、费米曲面等附加功能，其特点如下：

        （1）内置元素周期表部件。

        （2）支持以Ball-and-stick、Space-filling、Stick以及Wireframe等方式展示分子和晶体。

        （3）可以展示布里渊区，显示轮廓和色平面和等值面，以矢量方式展示力。

        （4）支持动画。

        （5）支持倒空间分析，比如在布里渊区选择K生成路径、对费米面进行可视化以及X-ray衍射指纹分析。

        目前Xcrydsen支持的分子结构文件格式有：XYZ、PDB、GAUSSIAN Z-Matrix file（需要安装BABEL）以及GAUSSIAN输出文件，支持的晶体文件格式有：XSF、WIEN2k结构文件、PWscf文件、CRYSTAL文件等。除此之外，它还支持将XSF文件格式转换，以及距离、角度以及二面角计算等。具体介绍可以查看官网文档：

XCrySDen - (X-Window) Crystalline Structures andDensitieshttp://www.xcrysden.org/Documentation.html

二、安装Xcrydsen所需第三方依赖

        目前最新版本为1.6.2，如果需要最新版本可以去官网下载对应Linux编译版本，如图所示： 

        在下载之前，需要安装相关第三方依赖：

sudo apt install tk libglu1-mesa libtogl2 libfftw3-3 libxmu6 \
      imagemagick openbabel libgfortran5 -y

        Ctrl+Alt+T打开终端，在终端上输入如下指令：

wget http://www.xcrysden.org/download/xcrysden-1.6.2-linux_x86_64-shared.tar.gz

        下载好后，使用tar指令解压缩tar.gz文件(如果版本对应不上，可以输入xcrydsen后用tab键补全)：

tar -xvzf xcrysden-1.6.2-linux_x86_64-shared.tar.gz

        进入解压文件夹内，输入pwd输出当前所在路径，方便添加环境变量，其中&&为管道符，相当于继续执行后面代码的意思。

cd xcrysden-1.6.2-linux_x86_64-shared && pwd

        添加环境变量，指令如下(注意是双引号""，否则`pwd`会被当成字符看待而不是指令；还有就是应该是>>，而不是>，否则文件会被覆盖，注意以下)：

echo "export PATH=`pwd`:$PATH" >> ~/.bashrc

        最后在终端重新加载.bashrc文件:

source ~/.bashrc

三、常见问题解决

3.1 Couldn't configure togl widget      

        在Ubuntu22.04中，将Wayland 设置成false，通过执行以下指令：

sudo nano /etc/gdm3/custom.conf

        将WaylandEnable=false取消注释，像这样：

WaylandEnable=false

          最后重启gdm3，通过执行下列指令：        

sudo systemctl restart gdm3

3.2 相关依赖错误  

（1）error while loading shared libraries: libfftw3.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory 

sudo apt install libfftw3-3 -y

 （2）error while loading shared libraries: libtk8.6.so: cannot open shared object file: No such file or directory

sudo apt-get install -y libtk8.6

（3）error while loading shared libraries: libTogl.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

sudo apt-get install libtogl2 -y

四、参考链接

 1.xcrysden安装指南 - 知乎

 2.x11 - running xcrysden in wayland - Unix & Linux Stack Exchange