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3原创 振动后的原子坐标
位移后的坐标=原坐标+正则矢量*位移幅度位移幅度就是gaussview中的ManualDisplacement，相当于是一个系数，-1到1之间。正则矢量是输出文件中每个振动下位移矩阵，表明了某个振动模式下每个原子的位移方向。感谢Sobereva老师解答...
2021-08-18 10:35:35
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原创 如何用python和shell做理论计算
心血来潮想写一篇帖子，一来是想总结下最近的收获，二来也想分享给各位。初识python是因为课题组需求，对具有不同尺度和构型的富勒烯进行半经验的结构优化。前处理（也就是生成输入文件）及后处理（提取能量及排序）主要使用open方法去读写文件，另外就是需要学习正则表达式，利用的是re库的findall方法，以便准确找到输出文件中的能量；中间的计算过程是在linux操作系统下进行的，使用的是shell语言，调用Gaussian。比起python，shell语言更容易上手，很少的代码量就能执行很复杂的功能，
2021-06-04 10:26:53
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空空如也
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