使用hicanu组装hifi基因组的方法介绍

介绍

Canu专门组装PacBio或Oxford Nanopore序列。Canu分为三个阶段：校正、修整和装配。校正阶段将提高读取中基数的准确性。微调阶段将微调显示为高质量序列的部分的读取，删除可疑区域，如剩余的SMRTbell适配器。组装阶段将把读取排序为重叠，生成一致序列，并创建备用路径图。
输入序列可以是FASTA或FASTQ格式，未压缩或用gzip（.gz）、bzip2（.bz2）或xz（.xz）压缩。请注意，不支持zip文件（.zip）。

官方测试数据下载

下面包括了pacbio、Nanopore以及Pacbio HIFI的测试数据集

#Pacific Biosciences released P6-C4 chemistry reads for Escherichia coli K12. 
curl -L -o pacbio.fastq http://gembox.cbcb.umd.edu/mhap/raw/ecoli_p6_25x.filtered.fastq

#Oxford Nanopore样本数据(Escherichia coli K12)
curl -L -o oxford.fasta http://nanopore.s3.climb.ac.uk/MAP006-PCR-1_2D_pass.fasta

#PacBio测序的大肠杆菌K12 HiFi数据集
curl -L -o ecoli.fastq https://sra-pub-src-1.s3.amazonaws.com/SRR10971019/m54316_180808_005743.fastq.1

canu \
 -p asm -d ecoli_hifi \
 genomeSize=4.8m \
 -pacbio-hifi ecoli.fastq

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