Xingze_Li

物种内共线性分析步骤——JCVI安装以及数据下载(一)安装最简单的方法是通过PyPI安装它：1234pip install jcvi#或者安装开发版本pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git或者，如果要手动安装：12git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.gitpip install...

简介WGDI（全基因组重复识别），一种基于 Python 的命令行工具，可让研究人员深入了解递归多倍化并进行跨物种基因组比对分析。官方文档下一篇会选择一个物种的分析结果做示例。安装## 1.使用conda安装conda install -c bioconda wgdi## 2.使用pip安装pip install wgdi## 3.本地安装git clone https://github.com/SunPengChuan/wgdi.gitcd wgdipython set

方法一登陆账号curl 'https://signon.jgi.doe.gov/signon/create' --data-urlencode 'login=*****' --data-urlencode 'password=*****' -c cookies > /dev/null# ****处修改为账号与密码下载所有文件的列表curl 'https://genome.jgi.doe.gov/portal/ext-api/downloads/get-directory?organism

安装git clone https://github.com/tangerzhang/ALLHiCcd ALLHiCchmod +x bin/*chmod +x scripts/* export PATH=/your/path/to/ALLHiC/scripts/:/your/path/to/ALLHiC/bin/:$PATH依赖软件samtools v1.9+bedtoolsmatplotlib v2.0+写在前面ALLHIC官网提供了很详尽的内容，以及完整的pipeline

定义之前的文章中有介绍过，HiC常用的几款软件的原理内容。可以点击链接访问了解一下在这里不做赘述。软件安装3d-DNA$ git clone https://hub.fastgit.org/aidenlab/3d-dna.git$ cd 3d-dna$ chmod 755 run-asm-pipeline.sh$ chmod 755 run-asm-pipeline-post-review.shor#github安装(2021年7月18日-目前的最新版本)$ wget http

目前用于Pacbio HIFI测序数据的组装软件主流上有：FALCON、Hifiasm、Hicanu三款。Hifiasm的使用介绍Hifiasm是用于PacBio Hifi读取的快速单倍型解析的从头汇编程序。它可以在几个小时内组装一个人类基因组，并与加利福尼亚红木基因组（迄今为止测序最复杂的基因组之一）一起工作。Hifiasm可以生产质量最好的组装商的初级/替代组装。它还引入了新的图合并算法，并在给定三重数据的情况下实现了最佳的单倍型解析程序集。软件安装#使用conda安装conda insta

介绍Canu专门组装PacBio或Oxford Nanopore序列。Canu分为三个阶段：校正、修整和装配。校正阶段将提高读取中基数的准确性。微调阶段将微调显示为高质量序列的部分的读取，删除可疑区域，如剩余的SMRTbell适配器。组装阶段将把读取排序为重叠，生成一致序列，并创建备用路径图。输入序列可以是FASTA或FASTQ格式，未压缩或用gzip（.gz）、bzip2（.bz2）或xz（.xz）压缩。请注意，不支持zip文件（.zip）。官方测试数据下载下面包括了pacbio、Nanopore

HIFI技术的简介HiFi reads（High fidelity reads）是Sequel II 三代测序平台推出的兼顾长读长和高准确度的测序序列，一般采用CCS（Circular Consensus Sequencing）模式测序。在这种测序模式下，酶读长一般大于插入片段长度，因此酶会绕着模板进行滚环测序，插入片段会被多次测序。单次测序中造成的随机测序错误，可以通过算法进行自我纠错校正，最终得到高准确度的HiFi reads。要在单次测序中得到更多的HiFi reads往往需要平衡测序的酶读长