Xingze_Li

安装git clone https://github.com/tangerzhang/ALLHiCcd ALLHiCchmod +x bin/*chmod +x scripts/* export PATH=/your/path/to/ALLHiC/scripts/:/your/path/to/ALLHiC/bin/:$PATH依赖软件samtools v1.9+bedtoolsmatplotlib v2.0+写在前面ALLHIC官网提供了很详尽的内容，以及完整的pipeline

定义之前的文章中有介绍过，HiC常用的几款软件的原理内容。可以点击链接访问了解一下在这里不做赘述。软件安装新版本建议使用目前最新的3.0.0版本（需要root权限）安装方法如下：# 创建conda环境conda create -y -n hic-pro python=3.7 pysam bx-python numpy scipy samtools bowtie2 iced# 下载HiC-Pro最新版本wget https://hub.fastgit.org/nservant/HiC

定义之前的文章中有介绍过，HiC常用的几款软件的原理内容。可以点击链接访问了解一下在这里不做赘述。软件安装3d-DNA$ git clone https://hub.fastgit.org/aidenlab/3d-dna.git$ cd 3d-dna$ chmod 755 run-asm-pipeline.sh$ chmod 755 run-asm-pipeline-post-review.shor#github安装(2021年7月18日-目前的最新版本)$ wget http

导语Hi-C是高通量染色体构象捕获（High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C）技术的简称，开发于2009年，最初用于捕获全基因组范围内所有的染色质内和染色质间的空间互作信息，目前已应用于基因表达的空间调控机制研究、构建染色体水平参考基因组、构建单体型图谱等。Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformation Capture, 3C）技术，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染