Boxplot+geom_signif

最新推荐文章于 2024-08-16 08:23:45 发布

猛码先生

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文章标签： r语言

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/m0_46336667/article/details/132317932

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该篇文章介绍了如何使用R语言中的ggplot2库对数据进行分组（group_list1和group_list2），并结合preprocessCore和gplots包进行boxplot和signif分析，比较Naive和Primed两种情况下的差异，使用wilcox.test进行统计检验。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

data_select$group_list1<-group_list1
data_select$group_list2<-group_list2
colnames(data_select1)<-c('value','group_list1','group_list2')

group_list1为小分组

group_list2为大分组

library(ggplot2)
library('preprocessCore')
library(pheatmap)
library(gplots)
library(ggsignif)

compaired <- list(c('Naive','Primed'))

pp = ggplot(data_select,aes(x =group_list2,y=value,fill=group_list1))+
stat_boxplot(geom = "errorbar",width=0.75,color="black")+
geom_boxplot(size=1,aes(fill=group_list1,color='black'))+
scale_color_manual(values=c("black","black"))+
geom_signif(comparisons = compaired,step_increase = 0.1,map_signif_level = F,test = wilcox.test)+
labs(x=c(""),y="Log2(FPKM+1)"