13、双等位基因标记关联测试及相关分析方法

双等位基因标记关联测试及相关分析方法

在遗传学研究中，双等位基因标记的关联测试是一项重要的工作，它能帮助我们探索基因与疾病之间的联系。下面将通过具体例子和相关方法来详细介绍。

1. 双等位基因标记关联测试的例子

1.1 TNFα - 308与痤疮的研究

痤疮是一种复杂的慢性炎症性疾病，虽然人们认为痤疮易感性可能是遗传的，但支持特定突变的数据有限。肿瘤坏死因子 - α（TNF - α）是与痤疮发病机制相关的促炎细胞因子之一。第308位的多态性，即腺嘌呤（A）被鸟嘌呤（G）取代，与多种慢性炎症性疾病的易感性增加有关。

Baz等人（2008）对113名痤疮患者和114名健康对照者进行了病例对照研究，数据如下表所示：
| 基因型 | GG | GA | AA |
| — | — | — | — |
| 痤疮患者 [n (%)] | 66(58.4) | 43(38.1) | 4(3.5) |
| 对照受试者 [n (%)] | 99(86.8) | 15(13.2) | 0 |
| OR | 1 | 4.30 | - |

共显性的卡方检验值为24.1，自由度为2，p < 6 × 10⁻⁶，具有高度显著性，但第一列的期望单元格计数都很小，约为2。精确检验更可取，不过除非检验的α水平非常小，否则它对观察数据的统计显著性可能影响不大。由于AA基因型数量较少，测试隐性模型不太理想，而测试显性模型将得到与共显性模型非常相似的结果。假设为显性模型，构建2 × 2表，优势比（OR）为4.7。

1.2 D3多巴胺受体与精神分裂症的研究

精神分裂症是一种具有高遗传