13、基因关联分析：从理论到实践

基因关联分析：从理论到实践

1. 双等位基因标记关联测试示例

在基因关联分析中，双等位基因标记的关联测试是重要的研究内容。下面通过两个具体例子来详细说明。

1.1 TNFα - 308与痤疮的关联研究

痤疮是一种复杂的慢性炎症性疾病，虽然普遍认为其易感性具有遗传性，但支持特定突变的数据有限。肿瘤坏死因子 - α（TNF - α）是与痤疮发病机制相关的促炎细胞因子之一。在第308位的多态性，即腺嘌呤（A）被鸟嘌呤（G）取代，与多种慢性炎症性疾病的易感性增加有关。

研究人员对113名痤疮患者和114名健康对照者进行了病例对照研究，数据如下表所示：
| Genotype | GG | GA | AA |
| — | — | — | — |
| Acne patients [n (%)] | 66(58.4) | 43(38.1) | 4(3.5) |
| Control subjects [n (%)] | 99(86.8) | 15(13.2) | 0 |
| OR | 1 | 4.30 | -a |

注：a 优势比相对于基线GG组，由于AA基因型的对照组为0，无法计算其优势比；从技术上讲，该优势比为无穷大。

共显性的卡方检验值为24.1，自由度为2，p < 6 × 10⁻⁶，具有高度显著性。但第一列的预期单元格计数较小，约为2，因此精确检验更为可取。由于AA基因型数量较少，不适合进行隐性模型测试，而显性模型测试结果与共显性模型非常相似。假设为显性模型，构建2 × 2表格，优势比OR_D = (47)(99)/(15)(66) = 4.7。

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