11、遗传连锁与关联分析基础

遗传连锁与关联分析基础

遗传连锁分析简介

在遗传连锁分析中，我们的目标是确定基因座之间的连锁关系。这里先介绍直接计数法这一简单的连锁分析方法。

直接计数法步骤

直接计数法包含三个步骤：
1. 识别亲子对 ：找出双亲为双杂合子的亲子对。若孩子有两个双杂合子双亲，由于孟德尔第一定律，双亲的传递是独立的，该孩子会被包含在两对亲子对中。有效样本量是传递次数，而非后代数量。
2. 推断单倍型传递类型 ：根据双亲观察到的单倍型，推断哪些单倍型作为非重组型传递，哪些作为重组型传递。用 (r) 表示产生重组型传递的杂合子亲子对数量，(s) 表示产生非重组型传递的杂合子亲子对数量，信息减数分裂的总数定义为 (n = r + s)。
3. 计算似然值和相关统计量 ：因为所有从亲代到子代的传递是独立的，似然值与观察数据的二项概率成正比，即 (Pr(r|n) = \binom{n}{r} \theta^r (1 - \theta)^{n - r})。(\theta) 的估计值为 (\hat{\theta} = r / n)，无连锁的零假设可以通过自由度为 1 的 (\chi^2) 检验来测试，公式为 (\chi_1^2 = \frac{(r - s)^2}{n})，这在非统计文献中常被称为 McNemar 检验，实际上它是二项参数等于 1/2 的零假设的 Pearson (\chi^2) 检验。

以下是不同亲代双倍型对应的传递单倍型及传递概率表：
| 亲代双倍型 | 传递单倍型 ab | 传递单倍型 aB | 传递单倍型 Ab