How do I convert GFF file to a GTF file? 怎么把gff文件变成gtf文件

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首先需要 安装cufflink 软件，里面有一个程序gffread

gffread my.gff3 -T -o my.gtf


biolxy
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SEQ 2. 生信工具之GFF和GTF互相转换 (gffread)
weixin_41368414的博客
05-14 7326
简 介GTF(基因转移格式)和GFF(通用特征格式)是生物信息学程序常用的文件格式，用于表示和交换有关各种基因组特征的信息，如基因和转录本的位置和结构。GffRead是开源程序，提供了广泛和有效的解决方案来操作GTF或GFF格式的文件。虽然GffRead可以转换、排序、过滤、转换或聚类基因组功能。许多生物医学研究应用采用管道系统地分析基因组中的基因内容。由于转录组学数据的爆炸式增长...
gff文件_GTF与GFF文件所有操作尽在这里
weixin_39640417的博客
12-18 8537
一、格式介绍(一)gtf文件。GTF 为General Transfer Format缩写，跟 GFF2格式类似。相信大家做转录组分析时候经常会看到Cufflinks或者Stringtie软件对转录组进行定量与组装会时产生一个gtf文件，里面包含的信息如下：每列信息的含义如下：seqname- 序列的ID，可以是染色体的ID也可以是Scaffold或者Contig的ID。source- 产生此文件...
详解GFF转换为GTF文件
庐州月光的博客
09-13 9932
欢迎关注”生信修炼手册”!存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转换两种格式。比如，NCBI 只提供了GFF格式的下载文件，我们需要转换成GTF...
GFF3 TO GTF
xxxxx
02-28 5986
GFF3 TO GTFgff3格式是使用gmap软件得到的。 输入文件gff3的格式如下：chr1A IWGSCv1.0_gmap gene 11740 12074 . + . ID=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1.path1;Name=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1
GFF文件转换成GTF文件的步骤
飘羽的博客
04-24 1万+
1、首先需要安装Cufflinks软件：执行命令： gffread **.gff -T -o **.gtf   例如：gffread test.gff -T -o test.gtf安装Cufflinks的步骤：1. 为了安装Cufflinks，必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。    $ tar jxvf boost_1_53_0....
生信必会格式：GFF和GTF的简介和转换
生信学习
11-13 1万+
GFF和GTF两种格式，算是生物信息学中最基本最常用（见）最重要的数据（信息）存储格式之二了。制表符分隔（ tab-delimited）的文本文件，一般存储基因组注释信息。自1997年以来，这些格式有了很大的发展，尽管现在已有明确的规范，但它们具有很大的灵活性，可以容纳各种各样的信息。生信入门必备，我刚学的时候没有好好记笔记，现在补一下😑。
gfftobed:转换GFF3GTF到BED
04-23
该程序采用GFF3或GTF（基于1）格式的输入基因组注释，并将特定特征转换为6列BED格式（基于0），同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时，此功能很有用。 它还可以在每个...
gff2gtf:用于将 GFF 文件转换为 GTF 的 AWK 脚本
06-10
gff2gtf 用于将 GFF 文件转换为 GTF 的 ... awk -f gff2gtf-strict.awk FILE.gff > FILE.gtf grep -Ev "\sgene\s" FILE.gtf > rsem-ready.gtf 标签： NGS，下一代测序，遗传学，fasta，DNA，RNA，比对，基因组标记。
GTF/GFF文件转换
hs6605015的博客
09-29 4833
GFF 文件 GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。 从Ensembl导出的GFF文件示例： X Ensembl Repeat 2419108 2419128 42 . . hid=trf; hstart=1; hend=21 X Ensembl Repeat 2419108 2419410 2502 - . hid=AluSx; hstart...
怎么判断gff3或者gtf文件中是否存在可变剪切？
hgz2020的博客
11-15 659
gff3 or gtf
gffutils:GFF和GTF文件操作和互转换
05-25
gffutils是一个Python软件包，用于处理和处理通常用于基因组注释的GFF和GTF格式文件。 文件被加载到sqlite3数据库中，与仅使用纯文本方法相比，可以对层次结构特征（例如，基因，转录本和外显子）进行更为复杂的操作。 请参阅文档。
GTF/GFF文件的差异及其相互转换
weixin_30414635的博客
07-25 1076
我们在做生物分析的时候，经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字，甚至连内容都极为相似~那么，他们究竟差在哪里呢？ GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成，这两种文件...
gtf与gff3文件【格式】【转换】
GeekFocus
08-31 1万+
GFF3 官方 General Feature Format Version 3 存储序列结构信息的一种数据格式。序列结构就是一个scaffold或者染色体上面每个位置都是什么序列元件。 GFF每一行代表一个序列元件（以#为开头的注释行除外），一行9列9个属性，必须tab分割，属性为空用“.”代替。 1. seqid - scaffold或者chromosome的名称说明 2. source - 产生一个序列元件的软件的名称或者数据源（数据库名称或者项目名称） 3. type - 序列元件的类型，例如：
GFF/GTF简介及格式转换
weixin_56827666的博客
04-27 6982
最近做转录组的比对时，在建立索引过程中，遇见一个问题，就是我从ncbi下载的序列文件和gtf文件中，染色体命名规则竟然不一样，但序列文件和gff文件染色体命名规则是一样的，具体来说：序列文件和GFF文件中染色体位置以GWHAMMI开头，可是，gff文件又没办法直接和基因组fasta文件搭配使用，只好将 gff文件转gtf文件了。gff和gtf格式都可以储存基因信息，有很多共同点，存储信息侧重点又不一样，最主要的是不同的软件对于文件格式的要求不同，有时候你找不到需要的格式文件时，就得用另一个格式文件进行转换，
gff文件_gff文件转换成gtf文件
weixin_39517400的博客
12-18 797
做测序数据分析的时候经常需要将gff格式的注释文件转换成gtf格式的文件。今天小编就给大家介绍一个工具，gffread来实现这个目的。注意这个工具需要在linux或者mac操作系统上运行。下面是一个gff3格式文件的例子##gff-version 3scaffold625 maker gene 337818 343277 . + . ID=CLUHARG00000005458;Na...
gff转化为gtf
m0_51268845的博客
05-09 474
如果报错：ClobberError: This transaction has incompatible packages duo to a shared path。那么 conda clean --all。
生物信息数据格式：gff,gtf格式
热门推荐
sunchengquan的博客
12-15 1万+
文章目录gff示例gtf示例gff和gtf的区别 gff GFF(General Feature Format)是一种用来描述基因组特征的文件，现在我们所使用的大部分都是第三版（gff3）。 gff文件除gff1以外均由9列数据组成，前8列在gff的3个版本中信息都是相同的，只是名称不同： 第9列attributes的内容存在很大的版本特异性。这9列信息（以gff3为例）分别是： seqid so...
GTF/GFF文件的差异及其相互转换（转载）
人间飞羽
06-07 1046
GTF/GFF文件的差异及其相互转换（转载）
gff3格式转换
xxxxx
11-19 7318
使用gmap软件输出的gff3文件并不能直接用来作为gffcompare的输入文件 故此，需要进行转换，转换也简单就是讲target字段删除即可。#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- __author__ = 'shengwei ma' __author_email__ = 'shengweima@icloud.com'with open('
怎么把gff3文件转换成gtf文件
最新发布
10-15
<think>我们正在处理一个生物信息学领域的问题：将GFF3文件转换为GTF文件。根据提供的引用信息，我们可以整理出以下关键点： 1. **引用[1]和[2]**：介绍了GTF文件（GTF2格式）和GFF3文件的基本格式差异。特别指出GTF文件第9列的格式要求：必须以`gene_id`和`transcript_id`开头，标签与值之间用空格分隔，每个特征后都要有分号（包括最后一个特征）。 2. **引用[3]**：提供了一个配置命令，可能是用于安装某个转换工具（如Cufflinks）的部分步骤。 3. **引用[4]**：展示了一个GFF3文件中的一行示例，其中包含了转换后GTF文件所需的一些属性（如`gene_id`, `transcript_id`等）。 因此，转换的核心在于正确处理第9列（属性列）的格式转换。GFF3和GTF在属性列上的主要区别在于： - GFF3：使用等号（`=`）分隔标签和值，并且用分号（`;`）分隔多个属性，没有要求特定的标签顺序。 - GTF2：要求使用空格分隔标签和值，并且每个属性必须以分号结束（包括最后一个属性）。同时，必须包含`gene_id`和`transcript_id`作为前两个属性。 另外，引用[3]提到了一个配置命令，这暗示了我们可以使用特定的工具（如Cufflinks套件中的工具）进行转换。但引用[3]只是配置步骤，并没有给出具体的转换命令。 实际上，常用的转换工具有： 1. **gffread**（来自Cufflinks套件）：这是一个常用的转换工具，可以将GFF3转换为GTF。 2. **AGAT**（Another Gff Analysis Toolkit）：这是一个功能丰富的工具包，包含多种GFF/GTF处理工具，包括转换。 3. **基因功能注释软件自带的脚本**：例如，Ensembl提供了一些Perl脚本用于格式转换。 基于引用信息，我们重点关注gffread，因为引用[3]提到了Cufflinks的配置。 ### 转换方法 #### 方法1：使用gffread gffread是Cufflinks套件中的一个工具，专门用于处理GFF/GTF文件。安装Cufflinks后即可使用gffread。 **安装Cufflinks**（如果尚未安装）： 在Linux环境下，可以通过conda安装： ```bash conda install -c bioconda cufflinks ``` 或者从源代码安装（如引用[3]所示）： ```bash # 下载cufflinks（假设版本为2.2.1） wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.tar.gz tar -zxvf cufflinks-2.2.1.tar.gz cd cufflinks-2.2.1 ./configure --prefix=/path/to/install --with-boost=/usr/local --with-eigen=/usr/local/include/Eigen make make install ``` **转换命令**： 使用gffread将GFF3转换为GTF： ```bash gffread input.gff3 -T -o output.gtf ``` 其中： - `input.gff3`：输入的GFF3文件。 - `-T`：指定输出GTF格式（默认是GFF格式）。 - `-o output.gtf`：指定输出文件名。 #### 方法2：使用AGAT AGAT（Another Gff Analysis Toolkit）是一个专门用于处理GFF/GTF文件的工具包，功能强大。 **安装AGAT**： 使用conda安装： ```bash conda install -c bioconda agat ``` **转换命令**： ```bash agat_convert_sp_gff2gtf.pl --gff input.gff3 --output output.gtf ``` #### 方法3：使用自定义脚本（适用于简单转换） 如果文件结构相对简单，也可以使用awk等命令行工具进行转换。但要注意属性列的复杂结构，尤其是当属性中有分号或等号时，处理起来可能比较复杂。 以下是一个简单的awk脚本示例，用于将GFF3转换为GTF（注意：仅适用于属性结构简单的情况）： ```bash awk &#39;BEGIN{FS="\t";OFS="\t"} { if ($0 ~ /^#/) { print; next } # 保留注释行 if ($9 != ".") { # 处理属性列：将等号替换为空格，并确保每个属性以分号结尾 split($9, attrs, ";"); new_attr = ""; for (i in attrs) { if (attrs[i] ~ /^ /) { attrs[i] = substr(attrs[i],2); } # 去掉开头空格 split(attrs[i], a, "="); if (length(a)>=2) { key = a[1]; value = a[2]; # 处理值：如果值被引号包围，去掉引号后重新加上引号（因为GTF要求值用引号） if (value ~ /^".*"$/) { # 已经带有引号，直接使用 new_attr = new_attr key " " value "; "; } else { new_attr = new_attr key " \"" value "\"; "; } } } # 去掉末尾空格，并确保最后一个分号后面没有空格（但标准要求每个属性后都要有分号，包括最后一个，所以我们保留分号） $9 = new_attr; } print }&#39; input.gff3 > output.gtf ``` **注意**：这个awk脚本是一个简化版本，实际应用中可能需要根据GFF3文件的具体结构进行调整，特别是当属性值包含等号或分号时。 ### 注意事项 1. 转换后务必检查GTF文件的有效性，尤其是第9列的格式是否正确（必须包含`gene_id`和`transcript_id`，且用空格分隔标签和值，每个属性以分号结束）。 2. 有些GFF3文件可能缺少`transcript_id`或`gene_id`属性，需要根据文件内容进行推断或补充。 3. 使用工具转换时，注意工具的版本，不同版本可能有不同的行为。 ### 总结 推荐使用gffread或AGAT工具进行转换，因为它们能够处理复杂的属性结构，并生成符合GTF2标准的文件。 §§相关问题§§ 1. 如何验证转换后的GTF文件是否正确？ 2. 除了转换格式，gffread还有哪些常用功能？ 3. GFF3文件和GTF文件的主要区别有哪些？ </think>### GFF3文件转换为GTF文件的方法 根据引用内容，GFF3与GTF文件的主要差异在于**第9列属性格式**（详细信息见引用[2][^2]）： - **GFF3**：使用等号分隔标签和值（如 `gene_id="CLUHARG00000005458"`） - **GTF**：使用空格分隔标签和值，且必须以分号结尾（如 `gene_id "CLUHARG00000000054";`） 以下是三种主流转换方法： --- #### 方法1：使用 `gffread` 工具（推荐） **安装与配置**（引用[3][^3]）： ```bash # 下载编译cufflinks（含gffread） ./configure --prefix=/path/to/install --with-boost=/usr/local/ --with-eigen=/usr/local/include/Eigen/ make make install ``` **转换命令**： ```bash gffread input.gff3 -T -o output.gtf ``` > 💡 关键参数：`-T` 指定输出GTF格式 --- #### 方法2：使用AGAT工具包 ```bash # 安装AGAT conda install -c bioconda agat # 转换命令 agat_convert_sp_gff2gtf.pl --gff input.gff3 -o output.gtf ``` --- #### 方法3：脚本手动转换 针对属性列的格式差异（引用[2][^4]），可通过Perl/Python处理： ```python # Python示例核心逻辑 with open("input.gff3") as fin, open("output.gtf", "w") as fout: for line in fin: if line.startswith("#"): continue # 跳过注释行 parts = line.strip().split("\t") if len(parts) < 9: continue # 转换第9列：key=value → key "value"; attrs = [f&#39;{k.strip()} "{v.strip()}";&#39; for item in parts[8].split(";") if "=" in item for k, v in [item.split("=", 1)]] parts[8] = " ".join(attrs) fout.write("\t".join(parts) + "\n") ``` --- ### 关键注意事项 1. **强制字段要求**（引用[2][^2]） - GTF必须有 `gene_id` 和 `transcript_id` 作为前两个属性 - 所有属性以分号结尾（包括最后一个） 2. **典型错误修复** 若转换后缺少必要字段，需预处理GFF3： ```bash # 添加缺失的transcript_id awk &#39;$3=="exon" {split($9,a,";"); $9="gene_id "a[1]"; transcript_id "a[1]"_t;"; print}&#39; input.gff3 > repaired.gff3 ``` 3. **验证工具** 使用 `gtf_validator` 检查输出文件： ```bash gtf_validator output.gtf ``` > 📌 提示：优先推荐 `gffread`，它可自动处理大多数格式兼容性问题（如CDS/exon特征转换）[^1][^4]。 ---
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