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RSS订阅原创 将每行放在一行输出，并且带双引号和,
ll /media/xiaonan/14T4/xiaohong/stats_TE/TE_stat/*sum.stat|awk -F "Zm-" '{print $2}'|awk -F "TE" '{print $1}'|tr -d '.'|sed 's/.*/"&"/' | paste -sd, -|cat
2025-01-21 16:17:25
102
原创 将shell的运算结果作为中间文件传递给另一个shell
grep -f <(less /media/spl/14T4/huj/natural_mutant_analysis/top_100.txt|awk -F "," '{print $1","}'|sed '1d'|less) /media/spl/14T4/huj/natural_mutant_analysis/hhj_gene_using_arabidopsis.annot.csv
2024-11-25 11:08:09
115
原创 查看python安装包的安装路径
/home/zhangshan/anaconda3/envs/*/lib/*/site-packages/requests
2024-11-20 14:47:23
112
原创 shell从第10行开始输出
grep 28824938 abc.snp_mis9_maf5.vcf|tr "\t" "\n"|awk -F ":" '{print $1}'|sed -n '10,$p'|sort|uniq -c
2024-11-04 09:08:11
107
原创 python中如何实现R中savehistory()的功能
在当前目录会出现.Rhistory文件，这里面的代码会包含很多之前python的脚本，需要选取最后n行。
2024-10-29 14:41:58
125
原创 每行加引号
grep NM_179830.1 /media/songxh/14T4/annotation_blast/data/arabidopsis/blast/target_result|cut -f 2|sed 's#model#TU#g'|awk '{print "\""$1"\""}'|tr '\n' ','|cat
2024-10-23 16:36:54
147
原创 python 传递参数
f = open(sys.argv[1],'r')f1 = open(sys.argv[2],'w')f2 = open(sys.argv[3],'r')
2024-10-08 15:17:41
104
原创 重叠区间的求和
储存所有exon位置信息。# 储存所有exon位置信息。# 计算多个外显子长度。# 计算多个外显子长度。# 信息保存在字典里。# 打开测试 gtf 文件。# 取并集(删除重复元素)# 读取注释类型文件。
2024-07-18 20:29:43
484
原创 shell sort 对第一列按照字母排序，对第5列科学计数升序
sort -k 1,1 -k 5,5g target_result|less -SN
2024-07-10 14:42:06
171
原创 awk 匹配多个元素
awk -F "\t" '$2 ~ /^(overlap_uORF|uORF|super_uORF)$/' SRR123_PREFIX_translating_ORFs.tsv|cut -f 2|sort|uniq -c
2024-07-10 11:07:19
166
1原创 Error in utils::browseURL(appUrl) : ‘browser‘必需为非空字符串
options(browser="firefox")
2024-01-24 21:29:42
652
原创 apply 按行处理
myNormalize <- function(target){(target-mean(target))/sd(target)}scale_data <- apply(count_RNA_table,1,myNormalize)
2023-12-27 19:10:29
378
原创 Can‘t locate BioPerl.pm in @INC (you may need to install the BioPerl module)
进入一个新的环境，然后conda install -c bioconda perl-bioperl。
2023-12-22 21:27:26
560
原创 undefined symbol: PyUnicodeUCS2_FromStringAndSize
用python2.7安装bx-python的时候，报了这个错误undefined symbol: PyUnicodeUCS2_FromStringAndSize。我是用pip install 安装的。现在换为conda install -c bioconda bx-python，就可以了。
2023-07-20 08:45:02
432
原创 彩色图片转化为灰白图片
from PIL import Imageimage = Image.open("he_roi_small.png")bw_image = image.convert("L")bw_image.save("imwrite_pic.png")
2023-07-10 15:07:46
72
原创 玉米GO分析在线网站
All GO enrichment were performed using shinyGO V0.61 (http://bio-informatics.sdstate.edu/go/) with an FDA of 0.05.
2023-06-25 11:21:17
151
空空如也
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