gff3格式转换

本文介绍了如何将gmap生成的gff3文件转换为适合gffcompare工具使用的格式,主要操作是移除gff3文件中的target字段。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

使用gmap软件输出的gff3文件并不能直接用来作为gffcompare的输入文件
故此,需要进行转换,转换也简单就是讲target字段删除即可。


#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*- 
__author__ = 'shengwei ma'
__author_email__ = 'shengweima@icloud.com'

with open('LYL_5A.gff3', 'r') as f:
    for line in f:
        line1 = line.strip().split('\t')
        if line1[2] == 'gene'
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值