Aspera/FTP下载SRA/fastq文件后根据样本信息进行批量重命名

lazymark2

于 2021-07-28 13:50:17 发布

阅读量1k

点赞数

CC 4.0 BY-SA版权

分类专栏：生物信息学文章标签： r语言生物信息学

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/lazymark2/article/details/119177297

这篇博客介绍了如何从NCBI和EBI下载SRA/fastq文件，并根据样本信息使用tsv报告进行批量重命名。以GSE149638为例，通过选择特定列并下载tsv报告，然后利用R语言处理文件名，将其转化为如'HMDM_M0_rep1_SRR11652531_1.fastq.gz'的结构，以便更好地管理和识别样本。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

从NCBI下载：
sra的数据库格式为

/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{
   
   SRR|ERR|DRR}/<first 6 characters of accession>/<accession>/<accession>.sra

for i in `cat accession.txt`;do
x=$(echo $i | cut -b 1-6)
y=$(echo $i | cut -b 1-3)

ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$y/$x/$i/$i.sra .
done

从EBI下载：
EBI的数据格式为

era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/<first

最低0.47元/天解锁文章

200万优质内容无限畅学