傻瓜式下载SRA中的fastq双末端源数据

最新推荐文章于 2025-06-14 12:41:42 发布

一碗猪脚粉

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文章标签： linux 生物信息学大数据

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/zhangjunya/article/details/122571404

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在阅读文献过程中，看到很多存储在SRA的数据想要下载，SRA Tools和Aspera用的比较多，但使用上以及下载速度上各有各的看法吧，下面提供一种傻瓜式下载方法，linux系统和windows系统都行，当然linux系统下更稳定一些。
阅读文献中读到了，数据存储在NCBI的PRJNA229517。
在这里插入图片描述
首先，我们去 https://www.ebi.ac.uk/ 搜索PRJNA229517。（为什么不去搜NCBI？我理解就是美国有的，欧洲做了个备份，并且欧洲这边提供了ftp的下载方式，而NCBI上没有找到。）

这里可以看到该项目下的所有fastq文件和SRA文件，点击即可下载，无需安装什么软件，下载速度的话就因人而异。

如果想下载该项目下的所有fastq.gz文件，只需点击TSV处，将表格下载下来，里面带有所有目标文件的下载地址。
在这里插入图片描述
然后用wget -c命令下载即可，如：
wget -c ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR153/004/SRR1534154/SRR1534154_1.fastq.gz ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR153/004/SRR1534154/SRR1534154_2.fastq.gz
这样SRR1534154的双末端测序文件就都下载下来了。
在这个TSV文件基础上修改下，很快可以做成个sh文件，运行即可。
如果你特别喜欢用aspera，里面也提供了aspera的ftp下载地址。
wget -c下载一般还是比较快的，并且-c支持了断点续传。