linux系统下，将.fastq文件统一改为.fq文件

#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中，常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#

在 Linux 系统中，你可以使用 rename 命令或者 mv 命令来将文件名中的特定后缀进行修改。以下是两种方法：

方法一. 使用rename命令：

#rename
rename 's/\.fastq$/.fq/' *.fastq

这个命令将把当前目录下所有以 .fastq 结尾的文件的后缀修改为 .fq。

方法二. 使用 mv 命令：

for file in *.fastq; do mv "$file" "${file%.fastq}.fq"; done

详细解释一下这个命令：

1. for file in *.fastq; do ...; done：

   • for file in *.fastq 部分是一个循环结构。它意味着“对于当前目录下所有以.fastq结尾的文件，依次执行下面的操作”。
   • do 表示循环的开始，done 表示循环的结束。

2. mv "$file" "${file%.fastq}.fq"：

   • mv 是移动（或重命名）文件的命令。
   • "$file" 表示当前循环的文件名，由 *.fastq 匹配到的每个文件。
   • "${file%.fastq}.fq" 是一个在 Bash shell 中用于截取字符串的技巧。这部分的意思是：“取出文件名中最右边的.fastq，然后在末尾加上.fq”。${file%.fastq} 表示去掉文件名最右边的.fastq，$ 表示取变量的值。

综合起来，整个命令的作用是，对于当前目录下所有以.fastq结尾的文件，逐一进行如下操作：

• 使用 mv 命令将文件从原来的名字（$file）重命名为去掉 .fastq 后缀的名字（${file%.fastq}.fq）。

这个命令实现了将当前目录下所有 .fastq 后缀的文件批量重命名为 .fq 后缀。这对于文件格式转换或统一后缀非常有用。在理解和使用这些命令时，请确保在操作之前备份文件，以免误操作导致数据丢失。