bam格式转换为Fastq/Fasta格式

最新推荐文章于 2024-09-25 11:13:38 发布

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#生物信息学 #生物学 #java #r语言

本文介绍了如何使用Samtools, GATK和Bedtools将BAM格式的文件转换为Fastq或Fasta格式，详细阐述了每个工具的步骤，包括read name排序、Fastq转换和文件检查。特别提醒，GATK方法要求无重复read name，而Bedtools可能忽略singleton reads。" 107292714,9886016,ENDNOTE X9 for Mac：插入网页引用指南,"['endnote', '外文文献', '投稿模板', 'word处理']

bam格式转换为Fastq/Fasta格式

Samtools Fastq
GATK SamToFastq
Bedtools bamtofastq

举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam：

samtools view -H D1_D1.sort.bam | tail
@SQ	SN:19	LN:58617616
@SQ	SN:20	LN:64444167
@SQ	SN:21	LN:46709983
@SQ	SN:22	LN:50818468
@SQ	SN:X	LN:156040895
@SQ	SN:Y	LN:57227415
@SQ	SN:MT	LN:16569
@RG	ID:D1_D1_D1	PL:illumina	PU:D1	LB:D1	SM:D1	CN:BGI
@PG	ID:bwa	PN:bwa	VN:0.7.10-r789	CL:/home/lixf/RNA_module_V1.0/Alignment/Alignment_BWA/bin/bwa mem -t 4 -a -R @RG\tID:D1_D1_D1\tPL:illumina\tPU:D1\tLB:D1\tSM:D1\tCN:BGI /data_center_11/Project/wenpp/RNA/01_RY20190826D002_RNAref/prepare/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa /data_center_11/Project/wenpp/RNA/01_RY20190826D002_RNAref/01.deal_reads/process/Filter_SOAPnuke/D1/D1/D1_1.fq.gz /data_center_11/Project/wenpp/RNA/01_RY20190826D002_RNAref/01.deal_reads/process/Filter_SOAPnuke/D1/D1/D1_2.fq.gz
@PG	ID:samtools	PN:samtools	PP:bwa	VN:1.12	CL:samtools view -H D1_D1.sort.bam

从@PG可以看出来比对软件是BWA，这是一个与hg38 toplevel基因组序列比对后产生的，根据染色体上位置进行排序的BAM文件。那么如果我们要与不同的基因组序列进行比对，比如更换基因组序列的版本为hg19，就需要将BAM文件还原成原来的fastq文件，而从上述数据可以看出，原始测序应该是一个双端测序文件，那么我们应该转换后得到的是两个fastq文件。

Samtools Fastq

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