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RSS订阅原创 专栏特辑--如何查询Essential Science Indicators （ESI）- 高被引论文--我的文章和高引文章的差距
灵感就是今天终于查询了一下高被引文章，网上对于ESI高被引的查询方法五花八门，很多都是过时的或者极为繁琐的，或者说半天都说不清楚的，现在来总结梳理一下，以备不时之需。这里只讨论高被引文章，不讨论热点（hot）文章。
2025-03-17 23:19:44
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原创 【特别踩坑】windows系统下zerotier客户端，无ui界面，或显示waiting for zerotier system service，或命令行代码无反应，或连接失败
zerotier登录错误/无UI界面/显示连接中
2024-11-12 01:06:05
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原创 专栏二十三：Palantir与cellrank合用推断细胞命运
两个软件联手，Palantir计算命运，cellrank进一步推断。主要适用于无法获得原始单细胞数据时的推断。
2024-10-23 11:26:16
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原创 解决SCopeLoomR包build_loom函数报错Error in if (class(x = dgem) == “dgTMatrix“)
主要出现在利用seurat等方法构建loom文件的时候，报错信息。
2024-10-22 18:50:45
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原创 专栏二十：如何选择你的单细胞亚群的分辨率--ROGUE
ROGUE这是继chooseR后第二个计算单细胞亚群分辨率的内容，其实关于代码的运行很简单，网上已经有不少教程，重复这些就没意思了，这里主要是结合探讨一下这个算法。
2024-10-11 01:20:08
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原创 专栏十九：单细胞大数据时代--用scvi和scanpy分析与整合数据
scvi多数据集，多样本整合。慢更ing，主要是记录自己在分析中的一些困惑。
2024-10-08 22:26:06
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原创 专栏十八：获取差异基因以后对差异基因的选择和利用如gsva基因集评分
这里主要针对的是单细胞测序seurat流程的选择，比如要画出如下的差异基因dotplot，第一步就需要过滤和提取基因。因为在FindAllMarkers函数计算以后，实际上有一些P值和pct值不符合我们要求的，这里简单写一下在FindAllMarkers函数后的常见pipline，包括常规的过滤，以及为后续的TCGA-gsva等方法做准备。
2024-08-22 16:39:32
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原创 服务器账户没有conda权限-NotWritableError: The current user does not have write permissions to a required path
解决conda环境权限不足的问题
2023-12-11 21:37:50
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原创 专栏十三：单细胞将亚群metadata信息返回至大群当中/提取和删除亚群/新增assay/python和R/Seurat和Scanpy
很常见的需求，比如我提出大群中的成纤维细胞，再分群为FIB1 FIB2 FIB3，现在需要把这部分注释信息返回到大群。
2023-12-05 00:44:20
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原创 Seurat找到差异基因后 筛选Top10的基因
通常情况下，我们按照logfc从大到小筛选每个cluster的top10差异基因deg1就是findallmarkers的输出结果，改成自己的就好
2023-05-27 15:40:30
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原创 sub和gsub函数的区别学习
从上面的输出结果可以看出，sub（）和gsub（）的区别在于，前者只替换第一次匹配的字符串，而后者会替换掉所有匹配的字符串。与之相似的还有grep函数，但grep函数返回的是下标位置。
2023-04-09 16:13:45
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原创 by函数的使用
函数用于将data中的数据，按照INDICES里面的内容拆分成若干个小的data。返回值为list，list内有多个个dataframe 这里会同时执行排序函数。
2023-03-30 23:21:29
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原创 专栏四：解析cellphoneDB（V3版本为主）
新版本旧版本cellphonedb的运行，本专栏尽量结合二者（新版本增加了东西，但框架没有变）
2023-03-21 17:32:23
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原创 专栏三：解析spatialCNV的使用
文章Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue发在natur
2023-03-18 15:18:22
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原创 专栏一：单细胞分群后marker基因的表达量展示
总结：AverageExpression()可以直接用于已经经过数据处理（log化）后的data，并且得到基因在某个cluster中的平均表达水平。
2023-03-07 11:47:39
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