五星上将潘凤-优快云博客

原创 R语言中获取KEGG信号通路基因列表

在生物信息学分析中，研究人员经常需要获取某个通路的基因列表，但KEGG官网并不支持直接下载与通路相关的基因数据。这段代码正是为了解决这一问题而设计的。通过输入KEGG通路编号和物种信息，代码能够从KEGG数据库中提取通路的基因ID，并利用Ensembl数据库将这些ID映射为通用的基因名称（Gene Symbols）。这一过程自动化且高效，免去了手动查找和整理基因列表的繁琐步骤，非常适合需要快速获取和处理通路基因的研究任务。

2025-01-02 22:10:59 1358 1

原创 R语言进行单细胞转录组GSVA分析

GSVA（基因集变异分析）是一种无监督的方法，用于评估样本中基因集的表达变化，并在单细胞转录组数据分析中特别有用。通过比较不同细胞亚群中基因集的活性差异，GSVA可以揭示细胞功能状态、识别疾病相关的细胞亚群，并预测对药物治疗的反应性。

2024-08-19 19:05:44 2334

原创 R语言中的正则表达式

正则表达式（Regular Expressions，Regex）起源于20世纪40年代的数学和逻辑研究，由斯蒂芬·克莱尼提出的正则集合理论奠定基础。20世纪60年代，Ken Thompson将正则表达式引入计算机科学，特别是在UNIX系统中开发了支持正则表达式的工具。随着时间推移，正则表达式在Perl语言中得到了广泛应用，并被集成到多种编程语言中。POSIX标准化进一步推动了正则表达式的普及与一致性。如今，正则表达式已成为文本处理和数据清理的重要工具，并在现代编程和数据分析中继续发挥关键作用。

2024-08-14 23:13:07 1401

原创 R语言中的cat函数

R语言本身起源于20世纪90年代的统计计算环境，而当时的开发者们受到UNIX编程习惯的深刻影响。在UNIX中，有一个非常常用的命令行工具叫做cat），这个命令用于将文件内容或标准输入连接在一起并输出到标准输出（通常是终端）。R语言的cat函数借用了这个理念，成为了一个用于将对象连接成字符串并输出的工具。与其他输出函数不同，cat的主要作用是将多个元素（如字符串、数值等）按顺序连接成一个连续的字符串，并将其直接输出到控制台、文件或其他连接设备中。cat不会自动换行，除非手动添加换行符。

2024-08-14 13:46:36 1762

原创 R语言中的Reduce函数

`Reduce` 函数在R语言中用于执行“归约”操作，这意味着它将一个操作（通常是一个函数）应用于一系列的元素，以此将这些元素组合成单一的值。这个过程是通过迭代（重复步骤）完成的，每一次迭代都将当前的元素与上一次迭代的结果结合起来。

2024-08-10 00:58:24 416

原创 R语言中的sprintf函数

sprintf 是格式化的字符串打印(string print formatted) 的简称。这个函数名来源于 C 语言，用于将格式化的数据输出保存到字符串中。在多种编程语言中，包括 R 语言，sprintf 都是用来生成按照特定格式排列的字符串，非常适合于创建结构化的输出或处理字符串中的数据格式化。

2024-08-09 09:57:01 623

原创 R语言中的grep函数

grep是“Global Regular Expression Print”的简称。它来源于Unix操作系统的一个经典命令，用于搜索文本文件中与指定正则表达式匹配的行。这个命令的意思是“全局搜索（global search），使用正则表达式（regular expression），并打印（print）匹配的行”。在R语言中，grep函数是一种强大的文本处理工具，用于在字符向量中搜索匹配特定模式的字符串，并返回这些字符串的位置索引或实际的字符串。

2024-08-09 02:33:50 865

原创使用Clipr读取-写入剪贴板

clipr 是一个简单的实用程序，可以读取和写入 Windows、OS X 和类 Unix 系统的系统剪贴板。

2024-07-20 09:56:53 400

原创 PLS-DA在转录组测序中的作用

PLS-DA（偏最小二乘判别分析）、PCA（主成分分析）和LDA（线性判别分析）在数据分析中各具特色，尤其在转录组测序中发挥着不同的作用。旨在通过最大化数据方差来发现数据的主要变异方向，是一种无监督学习方法，不使用类别标签，主要用于数据探索、可视化和降维。则是一种有监督学习方法，利用类别标签来最大化类别间的分离度，适用于分类问题，尤其在类别数较少且数据满足同质性假设的情况下。同样是有监督学习方法，结合数据矩阵和类别矩阵来建立线性模型，既解释数据变异又最大化类别差异，特别适合高维数据和多类别分类分析。

2024-05-26 09:29:36 708

longnian01的博客

原创 R语言中获取KEGG信号通路基因列表

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