运行braker

最新推荐文章于 2025-07-25 15:15:59 发布

原创

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CC 4.0 BY-SA版权

#1.输入数据

#    genome:
#    genome.fasta
#
#    rnaseq data:
#    name.rna.1.fastq.gz
#    name.rna.2.fastq.gz
#
#    homolog.fasta

#2.bam文件准备

hisat2-build -p 20 genome.fasta name
hisat2 -p 24 -x name-1 name.rna.1.fastq.gz -2 name.rna.2.fastq.gz -S name.rna.sam
samtools sort --threads 24 -m 4G -o name.rna.sort.bam name.rna.sam
samtools index name.rna.sort.bam

#3.braker.pl，得到augustus.hints.gtf

braker.pl --species=name --genome=genome.fasta --bam=name.rna.sort.bam --prot_seq=homolog.fasta --cores 24 --prg=gth --gth2traingenes --etpmode --softmasking

#4.格式处理

perl -e 'while (<>) { if (m/\tCDS\t/) { print; s/\tCDS\t/\texon\t/; print; } elsif (m/\ttranscript\t/) { next; } elsif (m/^#/) { next; } elsif (m/\tgene\t/) { next; } elsif (m/\tintron\t/) { next; } else { print; } }