java31的专栏

原创 airflow安装及配置使用mysql作为数据库

airflow安装及配置使用mysql作为数据库

原创 bioconda安装记录

1、添加用户adduser sanpasswd sanchmod 644 /etc/sudoersvi /etc/sudoerssan ALL=(ALL) ALL2、获取miniconda3，安装到/home/san/miniconda3su sancd /home/sanmkdir softwarecd softwarewget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Minicond...

原创 centos7防火墙开放端口

1、查看状态。systemctl status iptablessystemctl status firewalld2、查看当前端口开放情况sudo firewall-cmd --list-all3、添加端口sudo firewall-cmd --zone=public --permanent --add-port=8080/tcp4、成功后需要重启服务才能生效sudo sys..

原创 centos7安装mysql5.7

1、wget -i -c http://dev.mysql.com/get/mysql57-community-release-el7-10.noarch.rpm2、yum -y install mysql57-community-release-el7-10.noarch.rpm3、yum -y install mysql-community-server4、systemctl start mysqld.service5、systemctl status mysqld.service查看一

原创 conda更换源，forge、bioconda相关

conda更换源，添加cloud目录下的相关源，bioconda中科大源conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda c...

原创 笔记_分子生物学_基因表达调控

原创 安装circos，安装依赖的perl模块

1、下载，解压wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgztar xzf circos-0.69-6.tgz2、执行./circos -moduleok 1.50 Carpok 0.39 Clonemissing Config::Generalok 3....

原创 windows下更换pip源

在用户路径下建pip目录，在目录下建pip.ini文件，在文件内写源路径。C:\Users\Administrator\pip\pip.ini[global]index-url = http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/[install]trusted-host = mirrors.aliyun.com把python和python\Scri...

原创 braker踩坑记录

1、startAlign.pl的时间与genome.fasta的contig的数量相关，genome.fasta大小为1G，24个cpu的情况下，如果是2000个contigs大约3个小时，后面gmes_petap.pl的时间大约也是3小时。相同的基因组大小，如果contigs为10000个，时间大约是40个小时。如果可能，建议过滤掉太短的contig。seq_tool.py len-fi...

原创 专业投机原理笔记

1、任何市场同时都存在三种价格趋势：短期趋势，它可能持续数天至数个星期；中期趋势，它可能持续数个星期至数个月；长期趋势，它可能持续数个月至数年。在市场中，也就存在三种基本类型的参与者：交易者、投机者与投资者。2、交易者的活动主要集中在盘中交易或短期趋势上。他们买卖股票、债券、商品或任何交易工具，时间框架都在数分钟至数星期之内。投机者专注于中期趋势，他们建立市场头寸，并持有大约数个星期至数个月的时...

原创 pasa_example

#陈老师的样例数据ln -s /opt/00.incipient_data/data_for_genome_assembling/assemblies_of_Malassezia_sympodialis/Malassezia_sympodialis.genome_V01.fasta genome.fasta# 将 RNA-Seq de novo 组装序列和 genome-guided 组...

原创 evm_sample

evidence_modeler.pl --genome genome.fasta \ --weights ./weights.txt \ --gene_predictions gene_predictions.gff3 \ --protein_alignme...

原创 安装pasa

#1.安装依赖软件# installing GMAP#wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2017-11-15.tar.gz -P ~/software/tar zxf /opt/software/gmap-gsnap-2017-11-15.tar.gz cd gmap-2017-11-15./configure...

原创 运行braker

#1.输入数据# genome:# genome.fasta## rnaseq data:# brevis.rna.1.fastq.gz# brevis.rna.2.fastq.gz## homolog.fasta#2.bam文件准备hisat2-build -p 20 genome.fasta brevishisat2 -p ...

原创 blastn执行错误_version `GOMP_4.0' not found

blastn: /public/software/compiler/gnu/4.8.5/lib64/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by blastn)strings /public/software/compiler/gnu/5.5.0/lib64/libgomp.so.1.0.0 | grep GOMPsudo...

原创 安装Orthomcl

1、 Install vmwareworkstationrj12.0.0.64202.1442972430 Sn:ZU5NU-2XWD2-0806Z-WMP5G-NUHV62、 Use ubuntu-16.04.5-desktop-amd64.iso3、 change apt-get source by aliyunsudo mv /etc/apt/s...