blastn执行错误_version `GOMP_4.0' not found

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本文介绍了解决GCC4.8.5中libgomp.so.1不包含GOMP4.0版本的问题，通过替换为GCC5.5.0中的libgomp.so.1实现兼容，确保了blastn等依赖该版本的软件正常运行。

gcc4.8.5的libgomp.so.1不包含GOMP4.0，链接gcc5.5.0里的即可。

#执行blastn提示gcc4.8.5不包含GOMP4.0版本
blastn: /public/software/compiler/gnu/4.8.5/lib64/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by blastn)
#查看gcc5.5.0，发现包含GOMP4.0
strings /public/software/compiler/gnu/5.5.0/lib64/libgomp.so.1.0.0 | grep GOMP
#更改软连接
sudo rm /public/software/compiler/gnu/4.8.5/lib64/libgomp.so.1
ln -s /public/software/compiler/gnu/5.5.0/lib64/libgomp.so.1.0.0 /public/software/compiler/gnu/4.8.5/lib64/libgomp.so.1
BLASTN参数研究记之max_hsps
weixin_34413357的博客
07-31 1847
BLASTN参数研究记之max_hsps 最近频繁使用到BLASTN，BLASTN有很多参数。有一些显而易见的参数，例如： -query -out -outfmt -db 也有一些参数不那么常用，今天主要研究研究这些不常用的参数。 1. 准备数据 主要用的数据有： BLASTN索引文件 Query序列 假定这些文件都放置在当前文件...
blastn使用说明书
01-31
blastn使用说明书
Linux笔记(2)——导入python库报错“libgomp.so.1: version `GOMP_4.0‘ not found“
CS PhD Candidate.
05-22 3647
导入pytorch报错"libgomp.so.1: version `GOMP_4.0’ not found"
anaconda2/bin/../lib/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found 问题的解决办法
liangyanghui的博客
11-08 5145
在Linux下用Qt运行C++程序的时候出现了以下问题： ImportError: /usr/progtools/anaconda2/bin/../lib/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libsoxr.so.0) 据说原因是anaconda2的gcc4与系统的g
libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found 解决办法
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03-23 7723
最近安装xgboost，关于libstdc++.so.6的问题可以通过下载需要的版本进行ln替换即可，完了可能会遇到一下问题：libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found 解决方法应该是拿gcc中对应的文件也替换，或者下面这个命令也很有效conda install -y gcc
ERROR: libgomp.so.1: version `GOMP_4.0‘ not found报错解决
fish_chuncick的博客
11-30 4825
报错信息： /home/xxxxx/anaconda3/envs/py362/lib/python3.6/ site-packages/torch/lib/../../../../libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by /home/xxxxx/anaconda3/envs/py362/ lib/python3.6/site-packages/torch/lib/libtorch_cpu.so) 查找原因： GCC版本过低，根据w
“libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found” || “libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found”错误
牧野的博客
10-26 9069
类似问题还有 'ImportError ../lib/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.7' not found (required by xxx)'、       'ImportError ../lib/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by xxx)'等。这种报错情况一般出...
cd /Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/ ls *_blastn.out.unique | awk -F '_' '{print $2}' > /Analysis_B/20220326_JNILI/010_blastn_virus/blastn_virus.list for j in `cat /Analysis_B/20220326_JNILI/010_blastn_virus/blastn_virus.list` do echo ${j} grep -i "virus" /Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/JN_${j}_blastn.out.unique > JN_${j}_blastout_rename.txt cat *.txt > output.txt done;这段代码是什么意思
05-30
这段代码的作用是在指定的文件夹（/Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/）下，找到所有以"_blastn.out.unique"结尾的文件，提取文件名中第二个下划线后面的字符串作为变量j的值，并将j的值输出。然后在007_blastn...
SampleID=JN_1901 Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/ Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa #### 003 #### cd ${Blast_out} blastn -query ${Diamond_file_in} -db "/home/Reference_database/NCBI_db_nt/" -out ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out -num_threads 12 -outfmt 6 qseqid qlen saccver salltitles slen pident length qcovs bitscore evalue staxids -evalue 1e-5 awk -F$'/t' '!seen[$1]++' ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out > ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique帮我解释一下这段代码
05-30
- blastn -query ${Diamond_file_in} -db "/home/Reference_database/NCBI_db_nt/" -out ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out -num_threads 12 -outfmt 6 qseqid qlen saccver salltitles slen pident length qcovs ...
BlastToSam:将 BLASTN 查询结果转换为 SAM 格式的工具
06-03
用于将 BLASTN 查询结果转换为 SAM 格式的工具。 BLASTN 支持的输出格式目前仅限于默认 (-outfmt 0) 和 Xml (-outfmt 5)。 此工具符合 SAM 文件格式规范 v1.4 ( ) 并通过 picard 1.124 ValidateSamFile 验证。 Jar ...
anaconda libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found 解决办法
12-27 6223
pytorch no kernel image is available for execution on the device /home/caocao/anaconda3/compiler_compat/ld: cannot find -lpthread /home/caocao/anaconda3/compiler_compat/ld: cannot find -lc collect2: ...
version `GOMP_4.0' not found, torch7
northeastsqure的专栏
10-21 7059
I spent so much time in solving : th run, but can't require 'torch' use ldd   ~/torch/install/lib/lua/5.1/libtorch.so, then  /home/silva/torch/install/lib/lua/5.1/libtorch.so: libgomp.so.1: version
/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by
weixin_42661713的博客
07-15 4043
问题： 步骤一：strings /home/gaoning/anaconda2/envs/pytorch3/lib/libstdc++.so.6 | grep CXXABI #查看gcc的。。。有没有内个1.3.8# 发现没有，复制，动态链接， find /home/gaoning/anaconda2/envs/pytorch3 -name "libstdc++.so.*" 下面两行是新添...
lib/python3.7/site-packages/torch/lib/../../../../libgomp.so.1: version `GOMP_4.0‘ not found (requir
carolynlmk的博客
07-21 1697
之前程序可以正常运行，装了anaconda，matlab后，再次运行出现了这个问题，我感觉是安装matlab影响的，因为matlab安装后打不开，报了错类似error-9， 9.75，查到解决方法就是把lib什么so删了，再替换，再建立软连接，当时matlab的问题没解决，我也就没管。 全程是根据这个网页走的：https://www.programmersought.com/article/6837543847/ 先运行 strings /home/用户名..lib/python3.7/site-p..
libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found 或者libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found 错误解决
Baimoc
06-25 984
报错 /root/miniconda3/envs/chipseq/lib/R/bin/exec/R: /root/miniconda3/envs/chipseq/lib/R/bin/exec/../../lib/../../libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by /root/miniconda3/envs/chipseq/li...
关于ubuntu14中libgomp.so.1:version 'GOMP_4.0' not fount问题的解决方案
ibless的博客
12-13 2235
首先看问题： 如果你是在安装/运行PyTorch时遇到的这个问题，如果不是的话，可以尝试用一下我的这个解决方案。 首先，看一下系统中 gcc的版本，本人电脑中gcc版本为4.8.1，操作系统为ubuntu14.0。那么出现这个问题的原因可能是你的OS中真的不存在GOMP_4.0，此时可以尝试升级一下gcc。在我的电脑中，使用如下指令就可以解决上述问题： sudo add-apt-rep...
libgomp.so.1:version 'GOMP_4.0' not fount 问题的解决方案
weixin_37697675的博客
04-19 1396
问题：用g-darknet的时候，make执行后，编译没有报错，但是执行 ./darknet的时候报libgomp.so.1:version 'GOMP_4.0' not fount 解决的方式：查看GCC版本，因为是几个人用的服务器，有个同学用了GCC-5，修改makeFile的gcc为gcc-4.8， 结果：编译OK，执行OK ...
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database
qq_35255905的博客
06-06 4991
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database 在本地使用blast确实比较麻烦，需要两个步骤 建库 比对 这里，根据官网提供的信息，建库又需要两个步骤； 产生masking data 产生真正的BLAST数据库 1.建库 1.1 创建mask information files. 创建mask informations files有方式，大同小异，在"建库"上的链接可以查询。这里讲一种方法。使用dus
ubuntu20安装pcl和libtorch遇到`GOMP_4.5’ 版本问题
最新发布
nanfangyuwenle的博客
01-05 898
將系統路徑下的 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1.0.0 拷貝到 libtorch/lib 路径下替换 libgomp-75eea7e8.so.1 文件。参考链接：https://blog.csdn.net/weixin_40907135/article/details/126401251。
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