RNA-seq分析流程 以水稻胚乳为例

#/home/wentao/1 #原始数据存储地址

 1 原始数据质控

#对原始数据进行质控
Fastqc -t 12 -o ../raw_qc
#切换到raw_qc目录下，
muiltiqc./
#整合所有qc结果

 2 trim_galore去接头，过滤低质量reads

ls|grep 1.fq.gz > gz1
ls|grep 2.fq.gz > gz2 #分别获得gz1和gz2文件
Cat gz1 | cut -d’_’ -f 1 >0
Paste 0 gz1 gz2 > raw.config
mkdir -p /home/wentao/clean

cat raw.config| while read id;
do echo $id
arr=($id)
fq1=${arr[1]}
fq2=${arr[2]}
trim_galore -q 25 --cores 24 --phred33 --length 36 --stringency 3 --paired -o ../clean $fq1 $fq2
done

  3 清洗后数据质控

cd /home/wentao/clean
Fastqc -t 12 -o ../cleanqc
#切换到clean_qc目录下
multiqc ./  
#整合所有qc结果

4 构建基因组索引 并使用hisat2

mkdir -p