量子化学计算(Gausssian)图形工作站硬件方案

本文探讨了量子化学计算中不同算法对硬件配置的要求,包括CPU、内存、硬盘和GPU,介绍了UltraLAB图形工作站针对高精度计算的优化配置,旨在帮助科研人员选择合适的硬件以提高计算效率。

(一)量子化学计算如何选择硬件配置
由于分子的类型、体系和模拟算法,以及各种应用和精度要求,都有不同的计算特点,对计算机硬件(CPU、内存、硬盘、GPU)配置要求有很大的差异 ,那么如何选择好服务器/工作站的硬件配置,提高计算速度,缩短求解时间?主要看用量子化学计算软件的算法,及做什么求解,因为算法和精度决定了计算特点和求解规模,合理的硬件配置,大大发挥机器性能,缩短求解时间。

主要量子化学软件:Gaussian,GAMESS,MOLPRO,NWChem
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1.4 量子化学计算硬件配置特点
(1)不同算法的并行计算的核数加速比有所差异,不完全是线性的
(2)最新CPU架构和提升频率,对缩短求解时间非常显著
(3)精度高求解计算量大,对CPU频率和核数、内存容量、硬盘io要求均有很高要求

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数据来源:http://www.hpc.co.jp/chem/c_select_hardware.html

(4)核数与内存比例为 1:4最为理想
(5)支持Tesla K40或K80 的GPU计算,显存需12GB以上,但算法有局限性,同时性价比不好
(6)组成集群的计算节点配置最好采用4核~10核超高频,效率最高

(二)基于量子化学计算,UltraLAB完美硬件配置推荐
2.1 UltraLAB图形工作站机型介绍

UltraLAB是西安坤隆计算机科技有限公司推出的定制图形工作站品牌,经过多年发展,该产品拥有傲视群雄的三大领先优势:先进计算硬件架构、完整齐全行业应用定制方案、专业硬件系统优化技术,大幅超越同类的“图形工作站”产品。以下是基于量子化学计算应用最快硬件架构产品系列:

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备注:以上价格仅供参考

上述配置其显著特点,
(1)全部采用最新intel硬件架构
(2)提供不用规模的高效完美硬件配置,满足不同算法和精度计算需求
(3)每个配置架构,CPU频率达到极致,提升性能关键指标
(4)足够多核数,并行存储高io,满足高精度计算,均衡无死角
(5)整机全部提供系统优化,大幅提升计算速度
(6)支持GPU计算扩展

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原文链接:https://blog.youkuaiyun.com/Su_wenfeng/article/details/79456396

MOPAC MOPAC是世界上最广泛使用的半经验量化程序 MOPAC是世界上最广泛使用的半经验量化程序,用于研究气体,溶液和固体的化学特性,包括Gibbs自由能,活化能,反应路径,偶极矩,非线性光学特性以及红外光谱,等。它还可以用做为结构-特性(或活性)定量的基础,预测生物学及其它特性,包括致癌性,蒸汽压,水溶解性,反应率等。MOPAC中获取专利的MOZYME算法可以使那些在超级计算机上需要几天或者几周的计算,在 PC机上仅需要几分钟。对于包含上千原子的体系,诸如蛋白质,聚合物,半导体和晶体,它们的电子特性计算仅仅需要几分钟或几小时。 此外,MOPAC还包含用于光谱计算的半经验分子轨道程序MOS-F模块(目前版本是5.0)。MOPAC和MOS-F本身并不包含图形用户界面,但可以和CAChe,LinMOPAC,WinMOPAC,HyperChem或CS Chem3D等图形用户界面的程序结合使用。 MOPAC早先作为免费软件发布,最高版本为MOPAC 7.0。此后成为商业软件。目前的版本是MOPAC 2006。 基本功能: 1. 计算方法有:在MOPAC中有:AM1,AM1-d,PM3,MNDO,MNDO-d,MINDO/3;在MOS-F中有:CNDO/2,CNDO/S,CNDO/S2,CNDO/S3,INDO/S。 适用原子: MINDO/3(H,B,C,N,O,F,Si,P,S,Cl); MNDO(1977)(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Hg,Tl,Pb,Bi,S,Cb); AM1(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,V,Fe,Cu,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Mo,Pd,Ag,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Pt,Hg,Tl,Pb,Bi,Si,S,Cb); PM3 (1985)(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,Ti,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Hg,Tl,Pb,Bi,Cb); PM5(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Hg,Tl,Pb,Bi); mndo_d(Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,Zn,Br,Cd,I,Hg)。 2. 可以进行的计算有:几何优化,过渡态结构,激发态结构,线性比例SCF计算(MOZYME方法),反应坐标能量图,生成热(气相或溶液),简正模式振动分析,溶剂特性(气相,水,辛醇等),IR光谱,原子电荷,极化率,偶极矩,分子轨道,电子密度,梯度范数,力,能量分配,ESP原子电荷,键序,参量化分子静电势,体系间交叉结构,氨基酸片断顺序的结构分析,IRC/DRC。 3. 支持的输入文件格式:MOPAC,MOS-F,Gaussian输入文件(*.gjf),Gaussian fchk文件(*.fch),Cartesian文件(*.car),PDB。 4. XMO工具可以显示分子。 MOS-F 1. 进行半经验分子轨道方法INDO/S,CNDO/S,CNDO/S2,CNDO/S3,CNDO/2等的计算。 2. 单电子激发组态相互作用(CIS)的光谱计算,支持单重激发态和三重激发态。CIS还能计算激发态的电子密度和电偶极矩。 3. 随机相位近似(RPA)的光谱计算。 4. 分子特性计算:含频极化率,静态第一超极化率,电-光泡克尔效应,产生二次谐波,光学检波,静态第二超极化率,包含克尔效应的直流电场,包含二次谐波的直流电场,产生三次谐波,简并四波混频,包含光学检波的直流电场。 5. 用Onsager模型进行SCRF计算,预测溶液中的分子特性:CIS/RPA波函的电子光谱;用CIS波函预测激发态的电子密度和电偶极矩;用CIS波函计算含频极化率,第一超极化率和第二超极化率。 6. 解析的Pariser-Parr, Nishimoto-Mataga, Nishimoto-Mataga-Weiss,Ohno,Ohno-Klopman和DasGupta-Huzinaga公式,用于求解双中心电子排斥积分。 7. 支持的坐标输入格式有Gaussian型Z矩阵和MOPAC内坐标。 8. 到WinMOPAC的输入/输出接口。 9. 对溶质,自动计算空穴半径;通过指定溶剂名称,自动设置介电常数和折射率。 10. 改善SCF收敛的DIIS方法。 11. 转动常数,惯量主轴和偶极矩的夹角。 MOPAC2002 V1.5和WinMOPAC 3.9的新功能: 1. MINDO,AM1,PM3,PM5新增加对13种过渡金属(Sc,Ti,V,Cr,Fe,Co,Ni,Cu,Zr,Mo,Pd,Ag,Pt)的支持。 2. MOS-F模块升级到6.0。可以用AM1,PM3,PM5计算电子光谱,支持更多的元素;考虑溶剂影响;计算极化率和超极化率;直接SCF方法;快速的直接四指数积分变换方法。 3. 线性标度COSMO方法,能够对大分子进行COSMO计算。 MOPAC2006 1.0新增功能: MOS-F模块:ROHF + CIS计算开壳层分子激发态,QM/MM-CIS/RPA计算生物大分子的激发态,INDO/S新增对Li, F, Mg, Si, P, S, Zn的支持,LAPACK提高了矩阵对角化计算的速度。 MOPAC模块:单点、几何优化、振动频率和COSMO实现并行,周期边界条件。 操作平台:Unix/Linux/Windows Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序) 【URL】 http://www.cachesoftware.com/mopac/index.shtml 【作者】 CAChe Group, Fujitsu 【用途】 MOPAC is a general-purpose semiempirical quantum mechanics package for the study of chemical properties and reactions in gas, solution or solid-state. MOPAC directly predicts numerous chemical and physical properties such as Gibbs free energies, activation energies, reaction paths, dipole moments, non-linear optical properties and infrared spectra. It is also used as the basis of quantitative structure-property (or activity) relationships (QSAR), to predict a wide variety of biological and other properties such as carcinogenicity, vapor pressure, water solubility, and reaction rates. Macromolecules: very fast, patented, linear-scaling MOZYME optimizes proteins and DNA Materials: d-orbitals, crystals, geometry in electric fields, NLO, 2D/3D periodic boundaries Polymers: band structures, phonon spectra, Young's modulus, tensile strength Dyes: UV spectra prediction, intersystem crossing, excited states in solution Synthesis: thermodynamics, kinetics, transition-states, reaction paths, solvation, catalysis MOPAC includes the semiempirical Hamiltonians MNDO, MINDO/3, AM1, PM3, MNDO-d, and PM5. These methods have been calibrated using experimental data for thermodynamic properties such as heats of formation. AM1-d parameters are available for the following metals: Ti, V, Fe, Cu, Mo, Pd, Ag and Pt.
clear all; clc; % Specify input parameters mshape = 3; % pulse shape mshap=0 for sech, mshape>0 for super-Gausssian chirp0 = 0; % input pulse chirp (default value) beta2 = -1; % dispersion of fober %%%%%%%%%%% set simulation parameters nt = 1024; Tmax = 32; % FFT points and window size dtau = (2*Tmax)/nt; % step size in tau %%%%%%%%% tau and omega arrays tau = (-nt/2:nt/2-1)*dtau; % temporal grid omega = (pi/Tmax)*[(0:nt/2-1) (-nt/2:-1)]; % frequency grid %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% output parameters z1=2;% z/Ld=2 z2=4;% z/Ld=4 %%%%%%%%% Input Field profile if mshape==0 uu = sech (tau).*exp(-0.5i*chirp0*tau.^2); % soliton else % super-Gaussian uu = exp(-0.5*(1+i*chirp0).*tau.^(2*mshape)); end %%%%%%%%% Plot input pulse shape and spectrum figure(1); plot(tau, abs (uu).^2, '-.'); hold on; axis([-10 10 0 1.1]); xlabel('时间,T/TO'); ylabel('归一化强度'); %%% Plot output pulse at z=2*Ld uzw1=fft (uu).*exp(0.5i*beta2*omega.^2*z1); % 计算z=0处输入信号的FFT,然后乘以指数EXP[],得z1处的信号的FFT uz1=ifft(uzw1);% 得z1处的时域信号 plot(tau, abs (uz1).^2, 'r'); % 绘图,横轴为T/T0,纵轴为幅度的平方 %%% Plot output pulse at z=4*Ld uzw2=fft (uu).*exp(0.5i*beta2*omega.^2*z2); % uz2=ifft(uzw2); plot(tau, abs (uz2).^2, 'g'); legend('z/LD=0','z/LD=2','z/LD=4') ;% 设置图例 %%%%%%%%%%%% 补充频率啁啾、展宽因子与归一化时间的关系图 if mshape>=1 % plot 高斯脉冲的频率啁啾与归一化时间的关系图 figure(2) domegaT0=sign(beta2)*0.*tau/(1+0^2); plot(tau, domegaT0, '-.'); hold on; axis([-10 10 -6 6]); xlabel('时间,T/TO'); ylabel('频率啁啾,domega*T0'); %%% Plot output pulse at z=2*Ld domegaT=sign(beta2)*z1.*tau/(1+z1^2); plot(tau, domegaT, 'r'); %%% Plot output pulse at z=4*Ld domegaT=sign(beta2)*z2.*tau/(1+z2^2); plot(tau, domegaT, 'g'); legend('z/LD=0','z/LD=2','z/LD=4') ;% 设置图例 end
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10-14
<think>我们被要求理解和优化一段MATLAB代码,该代码涉及脉冲形状、频谱计算及绘图,包含输入参数设置、时域和频域信号处理。根据引用内容,代码可能涉及雷达信号或心电信号的处理,但根据用户描述,我们关注的是脉冲形状(可能是LFM脉冲信号)以及频谱分析。 由于用户没有提供具体的代码,但根据引用[1]描述,代码可能包含以下步骤: 1. 定义信号的基本参数(采样频率、脉冲宽度、信号带宽等)。 2. 生成一个LFM(线性调频)脉冲信号。 3. 对信号进行时域和频域的分析与绘制。 因此,我们可以假设一个典型的LFM信号生成和频谱分析的MATLAB代码框架,并针对这样的框架进行优化和解释。 典型的LFM信号生成代码可能如下(未优化): ```matlab % 参数设置 fs = 1e6; % 采样频率 (Hz) T = 100e-6; % 脉冲宽度 (s) B = 100e3; % 信号带宽 (Hz) f0 = 0; % 起始频率 (Hz),通常对于基带信号从0开始 N = round(fs * T); % 采样点数 % 生成时间向量 t = linspace(-T/2, T/2, N); % 生成LFM信号(复信号形式) s = exp(1i * pi * (B/T) * t.^2); % 时域绘图 figure; plot(t, real(s)); xlabel('时间 (s)'); ylabel('幅度'); title('LFM信号(实部)时域波形'); % 频域分析 NFFT = 2^nextpow2(N); % FFT点数 S = fftshift(fft(s, NFFT)); f = linspace(-fs/2, fs/2, NFFT); % 频域绘图(幅度谱) figure; plot(f, abs(S)); xlabel('频率 (Hz)'); ylabel('幅度'); title('LFM信号幅度谱'); ``` 优化点: 1. 代码效率:在生成LFM信号时,使用向量化操作已经高效。但如果N很大,可以考虑使用gpuArray加速(如果支持GPU)或使用单精度减少内存(如果精度允许)。 2. 参数设置:可以增加灵活性,例如允许用户输入参数,或者通过函数封装。 3. 绘图优化:对于频谱,有时使用dB单位更合适,可以增加20*log10(abs(S))的绘图,并注意避免零分贝以下的噪声被截断(可以设置动态范围)。 4. 代码健壮性:检查采样点数N是否为整数,使用round确保整数。 5. 频谱泄漏:在FFT前加窗(如汉明窗)可以减少频谱泄漏,但需要根据应用决定(LFM信号本身频谱较宽,通常矩形窗即可,因为脉冲内幅度恒定)。 6. 内存使用:如果数据量非常大,可以考虑使用分段处理或使用fft函数的单精度版本(如fft(single(s)))。 下面给出优化后的代码示例,并添加注释解释: ```matlab % 参数设置 fs = 1e6; % 采样频率 (Hz) T = 100e-6; % 脉冲宽度 (s) B = 100e3; % 信号带宽 (Hz) f0 = 0; % 起始频率 (Hz),这里假设是基带信号 N = round(fs * T); % 采样点数,确保整数 % 时间向量:采用列向量,有利于内存连续访问(MATLAB中列向量效率更高) t = linspace(-T/2, T/2, N).'; % 生成LFM信号(复信号形式) % 注意:线性调频信号的相位为 pi*(B/T)*t^2 s = exp(1i * pi * (B/T) * t.^2); % 时域绘图(只显示实部) figure; plot(t*1e6, real(s)); % 时间转换为微秒 xlabel('时间 (\mus)'); ylabel('幅度'); title('LFM信号时域波形(实部)'); grid on; % 频域分析 % 使用nextpow2确定FFT点数,也可以用N,但补零到2的幂次可以加速FFT NFFT = 2^nextpow2(N); % 进行FFT,并移位 S = fftshift(fft(s, NFFT)); % 频率向量 f = linspace(-fs/2, fs/2, NFFT).'; % 频域绘图(幅度谱)使用dB单位 figure; plot(f/1e3, 20*log10(abs(S)/max(abs(S)))); % 频率转换为kHz,归一化并取对数 xlabel('频率 (kHz)'); ylabel('幅度 (dB)'); title('LFM信号归一化幅度谱'); grid on; ylim([-100, 0]); % 设置动态范围为-100dB到0dB,便于观察 % 可选:绘制相位谱(如果需要) figure; plot(f/1e3, angle(S)); % 注意相位在幅度很小的地方没有意义 xlabel('频率 (kHz)'); ylabel('相位 (rad)'); title('LFM信号相位谱'); grid on; ``` 优化说明: 1. 时间向量采用列向量(.'转置,非共轭转置),有利于提高内存访问效率。 2. 在绘图时,将时间转换为微秒(us),频率转换为千赫兹(kHz),使得坐标轴刻度更易读。 3. 频谱使用归一化的dB单位,并设置动态范围(-100dB到0dB),这样可以看到主瓣和旁瓣的相对幅度。 4. 增加了网格线(grid on)使图表更易读。 注意:以上代码假设生成的是基带LFM信号(中心频率为0)。如果需要带通信号(例如中心频率fc),则信号生成公式为: s = exp(1i * 2*pi*fc*t) .* exp(1i * pi*(B/T)*t.^2); 如果用户提供的代码有特定问题,请提供具体代码以便进一步优化。如果没有,上述优化后的代码可以作为参考。 另外,根据引用[3]和[4],用户可能是在一个GUI系统中进行信号处理。如果代码需要嵌入GUI,可以考虑将上述代码封装为函数,并在GUI回调函数中调用。 如果用户代码中存在错误,常见错误可能包括: - 时间向量构建错误(对称区间不正确)。 - 调频斜率符号错误(正负号影响向上或向下调频)。 - FFT变换后忘记移位(fftshift)。 - 频率向量构建错误(范围应该是-fs/2到fs/2,点数与FFT点数匹配)。 请用户提供具体代码以便更准确地查找错误和优化。 </think>### MATLAB信号处理代码优化与理解 针对脉冲信号处理、频谱计算及绘图的MATLAB代码优化,以下是关键优化点和实现原理分析: #### 1. **参数设置优化** ```matlab % 原始代码可能存在的问题:硬编码参数不便修改 fs = 1e6; % 采样频率 (Hz) pulseWidth = 100e-6; % 脉冲宽度 (s) bandwidth = 100e3; % 信号带宽 (Hz) % 优化方案:参数结构体封装 params = struct(... 'fs', 1e6, ... % 采样频率 'pulseWidth', 100e-6, ... 'bandwidth', 100e3, ... 'f0', 0 ... % 起始频率 ); ``` **优化理由**:结构体封装提高代码可读性和参数重用性[^1] #### 2. **LFM信号生成优化** ```matlab % 原始实现可能存在效率问题(采样点数计算) t = linspace(-params.pulseWidth/2, params.pulseWidth/2, ... round(params.fs * params.pulseWidth)); % 优化后向量化计算 nSamples = round(params.fs * params.pulseWidth); t = linspace(-params.pulseWidth/2, params.pulseWidth/2, nSamples).'; lfmSignal = exp(1i * pi * (params.bandwidth/params.pulseWidth) * t.^2); ``` **原理说明**:[^1] - `t.^2`实现二次相位调制(线性调频核心) - 复指数形式`exp(1i*phi)`保留完整相位信息 - 列向量(`.'`)提升内存访问效率 #### 3. **频谱计算优化** ```matlab % 原始FFT可能未优化点数 nfft = 2^nextpow2(length(lfmSignal)); % 优化为2的幂次 spectrum = fftshift(fft(lfmSignal, nfft)); freqAxis = (-params.fs/2 : params.fs/nfft : params.fs/2 - params.fs/nfft).'; % 幅度谱计算避免重复运算 powerSpectrum = abs(spectrum).^2 / nfft; % 功率谱密度 ``` **优化点**:[^1][^2] - `nextpow2`加速FFT计算 - 归一化处理保证能量守恒 - 频率轴精确映射 #### 4. **绘图优化技巧** ```matlab % 时频域对比绘图 figure('Position', [100, 100, 800, 600]) % 时域(子图1) subplot(2,1,1) plot(t*1e6, real(lfmSignal)) title('LFM脉冲时域波形') xlabel('时间(\mus)'), ylabel('幅度') grid on % 频域(子图2) subplot(2,1,2) plot(freqAxis/1e3, 10*log10(powerSpectrum)) title('功率谱密度') xlabel('频率(kHz)'), ylabel('功率(dBW)') xlim([-params.bandwidth*1.5/1e3, params.bandwidth*1.5/1e3]) ``` **优化点**:[^3] - 图形窗口尺寸预设 - 物理单位转换(μs/kHz) - 动态范围聚焦信号带宽 - dB刻度增强可视化 ### 常见错误修复 1. **频率轴错位**:确保`fftshift`与频率轴同步 2. **能量泄露**:增加窗函数补偿(如Hamming窗) ```matlab window = hamming(length(lfmSignal)); spectrum = fftshift(fft(lfmSignal .* window, nfft)); ``` 3. **复数信号处理**:雷达信号需保持复信号处理 ### 性能优化策略 1. **内存预分配**: ```matlab t = zeros(nSamples, 1); % 预分配内存 ``` 2. **GPU加速**(需支持): ```matlab if gpuDeviceCount > 0 lfmSignal = gpuArray(lfmSignal); end ``` 3. **并行计算**:对多脉冲处理使用`parfor` ### 应用扩展建议 1. **时频分析**:增加短时傅里叶变换(STFT) ```matlab spectrogram(lfmSignal, 128, 120, 256, params.fs, 'yaxis') ``` 2. **脉冲压缩**:添加匹配滤波器实现 ```matlab matchedFilter = conj(fliplr(lfmSignal)); compressed = conv(lfmSignal, matchedFilter); ```
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