hdpai2018的博客

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/sJR1KJxUhjEieBEyxqbhYg尝试所有可能的结合形式，并根据打分函数给每种形式打分排名。对接的过程中会考虑如下因素：形状互补亲疏水性表面电荷分布两种蛋白质-蛋白质分子对接：Rigid Docking 刚性对接–目前可用的大多数软件为刚性对接。Flexible Docking 柔性对接–计算量大，可用软件少，且多为收费软件。蛋白质相互作用常用对接软件ZDOCKGRAMM-X输出值都

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/Wuy8NZNBWbJTNLwNHhw8FwAMBER分子动力学概述以下是使用AMBER包的简单教程，希望对开始学习分子动力学的同学有用处。申明一下，以下教程原版来自网上，是最最基本的教程，同时也非常实用，有非常好的借鉴意义。AMBER分子动力学程序包是加州圣弗兰西斯科大学（University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编的，程序很

人工智能药物研发方法及应用免费线上讲座你正在学习人工智能药物研发方法吗 ？你正在为寻找优质的学习资源而苦恼吗 ？你正在为高额的学费头疼吗 ？那还不快看过来！我们将免费开设人工智能研发方法线上讲座，免费！免费！免费！此次讲座为公益讲座活动，全程免费，不花一分钱，不出家门的线上讲座只需要加入我们即可获得此次讲座机会讲座时间：5月8日19:00—20:30讲座方式：腾讯会议线上直播讲师信息：药物化学专业博士，副教授。主编或参编学术著作和教材3本，承担研究生“药学信息挖掘技术基础”等课程。主要

1.宇宙由什么构成?2.意识的生物学基础是什么?3.为什么人类基因会如此之少?4.遗传变异与人类健康的相关程度如何?5.物理定律能否统一?6.人类寿命到底可以延长多久?7.是什么控制着器官再生?8.皮肤细胞如何成为神经细胞?9.单个体细胞怎样成为整株植物?10.地球内部如何运行?11.地球人类在宇宙中是否独一无二?12.地球生命在何处产生、如何产生?13.什么决定了物种的多样性?14.什么基因的改变造就了独特的人类?15.记忆如何存储和恢复?16.人类合作行为如何发展?17.

1）首先还是分区，在计算机上右键–管理–磁盘管理装Ubuntu分配的硬盘大小最好是(20G以上）不要太小，这里请注意，ubuntu和windows文件系统完全不同，所以我们划好要给ubuntu的分区后，删除卷。到时候，安装好的ubuntu的分区，在windows下是看不到的，但是进入ubuntu是可以访问windows的磁盘的。这才叫双系统的吧，和wubi那种不一样哦。2）准备两个东西EasyBCD软件和iso镜像(我用的easybcd是2.1版，就下载1.7之后版就行，要那种安装版的，不要绿色版)3

1、有机太阳能电池2、超分子材料3、拓扑绝缘体4、金属有机框架5、非对称超级电容器6、相变材料的微胶囊化7、铁基超导体8、纳米魔擦发电机9、石墨烯

SimPowerSystems 库是在Simulink仿真平台进行电力、电力电子建模和仿真的专用模块库。元器件的模型都用框图来表示，该库的基本模块按顺序有八个部分。（1）应用子库。包含“分布式电源库”、“特种电机库”和“柔性交流输电系统库”三个子库。（2）电源子库。能提供交直流电流源电压源，可控电流源可控电压源共7种电源模块。（3）元件子库。提供断路器、线路、变压器、互感器、串并联RLC支路及负荷等29种常见的电气元件模块。具有很好的综合性，只要设置模块参数，就可以得到一系列具有不同性质的元件。（4

学习任务一、基础知识1、Python变量和基本数据类型2、Python高级类型。(List/Tuple/Set/Dict)3、条件判断和循环4、函数5、Python语法(切片，迭代，列表生成器)6、Python文件处理二、进阶1、函数式编程2、模块3、面向对象编程4、常用内建模块(collections，itertools等)三、案列学习-爬虫1、Python中的urllib和urllib22、Python正则表达式3、Python网页文本解析库Beautiful Soup

一、PubMed介绍1、PubMed是一种免费资源，支持搜索和检索生物医学和生命科学文献；PubMed数据库包含超过3000万份生物医学文献的引文和摘要。它不包括全文期刊文章；但是，从其他来源（例如发布者的网站或 PubMed Central（PMC））可以找到全文链接。2、PubMed中的引用主要来自生物医学和健康领域，以及相关学科，例如生命科学，行为科学，化学科学和生物工程。PubMed有助于搜索多个NLM文献资源：3、MEDLINE是PubMed的最大组成部分，主要包括为MEDLINE选择的期刊

1.Keras:Keras是一个高层神经网络API，Keras由纯Python编写而成并基Tensorflow、Theano以及CNTK后端。2.TensorFlow：TensorFlow是一个基于数据流编程（dataflow programming）的符号数学系统，被广泛应用于各类机器学习（machine learning）算法的编程实现，其前身是谷歌的神经网络算法库DistBelief。3.Caffe：Caffe是一个深度学习框架，具有表达力强、速度快和模块化的思想，由伯克利视觉学习中心（BV

你睡着的时候，真的被洗了脑。红色是血液，蓝色是脑脊液。厉害的是从前没有发现过，血液会周期性地大量流出大脑。每当血液大量流出，脑脊液就趁机发动一波攻击。脑脊液进入之后会清除毒素，比如导致阿尔茨海默病的β淀粉样蛋白。而这样的清洗，只有在睡着后才能做到，让人一觉醒来，拥有一个清爽的大脑；没睡着的时候，脑脊液并没有充分的机会趁虚而入。另外，研究人员还发现了脑电活动和清洗过程之间的关系，也就是说脑电波指挥了液体运动。这项成果，登上了Science。作者兴奋地说：离揭示阿尔茨海默病和睡眠之间的联系，又近了一

通过思维导图可快速了解材料科学基础知识。

该版本于2020年7月9日发布。这些发行说明记录了自先前的2020.2版本以来GROMACS中进行的更改，以解决已知问题。它还包含了2019.6版或更早版本中的所有修复程序

密度梯度限制理论–半导体器件仿真一、静电和电荷载流子守恒半导体器件的物理场仿真包括由电场（漂移）和载流子浓度梯度（扩散）驱动的载流子迁移。电场（V/m）由准静态假设下的静电方程式给出：式中， 是介电常数（F/m）， 是电荷密度（C/m3）， 是电势（V）。电荷密度 由空穴、电子、电离的施主和电离的受主浓度（1/m3）（分别为 , , 和 ）给出。式中， 是基本电荷（C）。电子和空穴浓度（ 和 ）受以下连续性方程给出的守恒定律约束：式中， 是时间（秒）； 和 是电子和空穴的电流密度（A

一、在设计工作流程中使用拓扑优化结果拓扑优化是一项有用的功能，它可以找到我们无法合理想到的设计。我们可以基于拓扑优化的结果提出新的设计，然后对其进行进一步的仿真分析。但是，我们该怎么做呢？我们可以用comsol进行二维和三维模拟、剖分网格的几何形状，或者用一个代表拓扑优化结果的导入网格。在 COMSOL 中，我们可以直接使用它们，也可以将其导出到各种 CAD 软件平台。下面，我们首先研究如何创建几何结构，然后再讨论如何跳过创建几何的步骤，直接通过导入和修改网格进行仿真。二、如何在COMSOL中生成拓扑

如何基于光学显微镜图像对材料结构进行仿真分析。一、材料的性能很大程度上取决于其结构。材料微观组织通常包含性质不同的 2 个相或多个相。材料生产的每个环节，都会在材料组织上以孔的形状和体积，夹杂物的取向和大小等形式留下痕迹。因此，定量结构表征对于评估材料的性能及其在实际应用中的性能至关重要。二、什么是合成石墨合成石墨是一种具有高热导电性和优越的化学惰性材料，在惰性气体和高温中具有稳定性，被广泛应用于高温和腐蚀性化学环境。在所有的合成石墨种类中，等静压细晶粒石墨的结构最精细和均质性（各向同性）最好，常用于

个人经验，有以下三点和大家分享。第一，选题的创新是最重要的。基金本子最本质、最重要的就是创新性。日常，大家都是忙忙碌碌，但是否做到勤于思考却不得而知了。只要没有脱离科研一线，平时多看文献，及时跟进当前研究进展，勤于思考，善于琢磨，相信选题会有一定的创新。总之，千万不要让忙碌湮没了思考！第二，基金的写作非常关键。连续几年撰写基金本子，我越来越意识到写作的重要性。能否将自己的想法表达清楚、拔高，逻辑上是否环环相扣，什么内容该写进本子，什么内容不能写……不是面面俱到，而是要恰到好处，真心考验写作功力。比如，这

近日，上海交通大学、上海大学、东华大学、华东政法大学等高校，陆续公布了入选上海首批双学士学位复合型人才培养项目的名单。双学士学位项目如何授予学位证？如何在培养过程中体现“复合型”特点？双学士学位只发放一本学位证书首批上海市普通高等学校双学士学位复合型人才培养项目共24个。从高校已公布的项目看，上海交通大学首推“船舶与海洋工程+数学与应用数学”等7个双学士学位试点项目；东华大学“艺工融合的纺织品设计专业双学士学位复合型人才培养项目”和“环管融合双学士学位创新领导力复合人才培养项目”获批；华东政法大学“

位居榜首的是NATURAL PRODUCT REPORTS和MEDICINAL RESEARCH REVIEWS，影响因子分别为12和9.3，JMC影响因子稳如磐石，仍为6.2，EJMC影响因子涨幅较大，为5.57，即将赶超JMC。前五名的还有EXPERT OPINION ON THERAPEUTIC PATENTS，其影响因子为6.611。ACS Medicinal Chemistry Letters、JOURNAL OF NATURAL PRODUCTS等ACS期刊影响因子较为稳定。.

一、对卷积网络的理解过去几年来，计算机视觉研究主要集中在卷积神经网络（常简称为 ConvNet 或 CNN）上。这些工作已经在广泛的分类和回归任务上实现了新的当前最佳表现。相对而言，尽管这些方法的历史可以追溯到多年前，但对这些系统得到出色结果的方式的理论理解还很滞后。事实上，当前计算机视觉领域的很多成果都是将 CNN 当作黑箱使用，这种做法是有效的，但其有效的原因却非常模糊不清，这严重满足不了科学研究的要求。尤其是这两个可以互补的问题：（1）在被学习的方面（比如卷积核），究竟被学习的是什么？（2）在架构设

一、内存对于计算机而言，最重要一个因素是，要有足够的物理内存 (RAM) 来求解您要处理的最大模型，并且您已正确安装内存。如果没有足够的内存，那么无论您选择什么样的硬件，计算机的运行速度都会明显下降。1、您可以通过求解一些与待求解的最大模型相似但更小的模型来预测内存需求，测试模型包含的物理场与您要在最大模型中求解的相同。监视所用的内存以及自由度，这些信息报告在“求解器日志”中。将曲线拟合为 A x (dof)^N 形式的表达式，其中 A 和 N 是拟合系数，dof 是自由度数，您可以据此预测较大模型的内

钙钛矿并不是专指一种含钙和钛的某种化合物，而是一类具有 ABX3 结构的晶体材料的总称，其中 A 是较大的阳离子，B 是较小的阳离子，X 是阴离子，每个 A 离子被 B 和 X 离子一起构成的八面体所包围。多种离子都可以在一起组合成 ABX3 的结构，比如 BiFeO3、CsPbI3 等。事实上，元素周期表中 90% 的金属元素都可以成为钙钛矿的 A 或 B 离子。当科学家需要一种特别的材料时，研究人员就制造出了大量的有着相同结构但元素组成不同的晶体，通过实验对比，能很快找到表现最佳的材料。如果按照材料组

先说几个科研小白读论文时经常遇到的问题：1、不会检索文献1.1检索文献时，主要是通过关键字搜索。当然也可以通过标题、作者等其他方式检索。如果你检索文献时遇到检索不到文献、或者检索到的文献和自己想要的不相关时，可能原因是：关键字里面含有动词和形容词，关键词最好用名词；或者专业术语的英文表达不准确1.2 从论文的参考文献中下载文献。2、不会筛选出有用的论文3、读英文文献很吃力4、而且读起来很慢5、读完论文找不到重点看论文的正确打开方式，看这里！第一阶段：入门级看论文方法［泛读］该阶段目的：

一、环境科学领域二、环境工程领域三、其他热门期刊

一、光学类二、光学综合类

软体机器人新型的软体机器人: 通过大量刚性连接的关节来实现多个自由度的运动优点: 无限自由度（Infinite DOF）操作灵巧 （dexterous manipulation ）安全性能高(Soft contact)等缺点: 刚度低 （Low stiffness）运动精度低 （ inaccurate motions ）控制复杂（Complex control...

一、Mimics二、3-matic3-matic软件是一款可以把三维医学模型从三角面片模型，转化成NURBS曲面的三维解析模型（Analytical Model），即STL格式转化成CAD格式，之后再导入其它CAD软件进行后续设计或者有限元分析。...

一、生物力学生物力学—力学、生物学、医学结合的一门边缘学科，是力学原理在生物学中的应用，以此来研究生物与力学有关的问题.1、在生物力学中，有限元分析法可根据需要产生各种各样的生物模型，对模型进行实验条件仿真，在不同实验条件下模拟任意部位变形(拉伸、弯曲、扭转等)、从而分析其中的应力应变分布、内部能量变化、极限破坏分析、强度分析、稳定性和疲劳损伤以及寿命的预测等。2、同一个模型在虚拟计算中可反...

一、天线问题的特点1、种类繁多2、可依据频率进行缩放设计3、很难进行标准化模块设计4、特殊边值问题，开放空间5、天线与天线、天线与工作环境之间相互作用6、非线性7、特定约束下的优化设计：尺寸、重量等8、不同的应用场景需求不同的结果：时域、频域、近场、远场二、FEKO1、以矩量法为核心算法的高频电磁仿真软件2、应用于电大尺寸阵列/散射体、有耗半空间电磁问题、细线结构天线、散射体...

电磁场边值问题求解方法1、解析方法：规则，经典问题，13个坐标系下可分离变量2、高频近似算法：PO/GTD/PTD/UTD/ITD/SBR2.1 散射问题：超电大目标定性电磁散射预估2.2 辐射问题：已知电流分布计算某场点处电磁场2.3 超电大距离下定性天线辐射干扰预估2.4 单独使用时无法精确涉及电中及电小2.5 适用于高频频域分析3、数值方法：MOM/FEM/...

流体力学CFD前处理软件-Gambit一、Gambit用户界面1、Gambit用户界面可分为7个部分，分别为：菜单栏、视图、命令面板、命令显示窗、命令解释窗、命令输入 窗和视图控制面板。2、文件栏位于操作界面的上方，其最常用的功能就是File命令下的New、Open、Save、Save as和Export等命令。这些命令的使用和一般的软件一样。Gambit可识别的文件后缀为.dbs，而要将...

自1986年发现铜氧化物高温超导体以来，人们从实验和理论方面对其开展了广泛的研究，取得了许多重大研究成果，但仍未实现对高温超导电性全面、统一的理解，高温超导机理的破解仍被列为二十一世纪凝聚态物理研究的重大挑战之一，人们期待着能在正确理论指导下发现具有更高超导转变温度且更适于应用的超导体。空穴掺杂的铜氧化物超导体具有最高的超导转变温度，是高温超导研究中最受关注的材料，关键是要理解超导态是如何从正常态...

偶氮苯分子作为光致变色分子，在紫外和可见光的照射下，可实现顺式与反式之间的相互转化。利用分子电路在单分子水平研究偶氮苯分子的异构化，不仅能实时观测单个分子对外界刺激的响应，研究其动力学过程，同时也有望实现单分子开关、单分子存储器等应用，实现器件微型化。最近，中国科学院物理研究所/北京凝聚态物理国家研究中心SF10组博士生孟利楠在研究员孟胜和北京大学化学与分子工程学院教授郭雪峰的指导下，与加拿大麦...

计算机辅助药物设计的基本方法21世纪新药研究的热点将集中于先导化合物的发掘与设计，其中使用计算机辅助设计是先导化合物设计的重要方法之一。计算机辅助药物设计是应用量子力学、分子动力学、构效关系等基础理论数据研究药物对酶、受体等的作用的药效模型，从而达到药物设计之目的。计算机辅助药物设计的方法始于1980年代早期。当今，随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展，以及大量与人类疾病相关基因的发现...

计算机辅助药物设计核心技术:虚拟筛选虚拟筛选：进行生物活性筛选之前，利用分子对接软件模拟目标靶点与药物小分子之间的相互作用，降低实验筛选化合物数量，缩短研究周期。虚拟筛选方法可分为：1、基于配体结构的虚拟筛选：基于分子对接的虚拟筛选方法2、基于手提的虚拟筛选：基于药效团模拟的虚拟筛选...

Geology is not real science！”（地质不是科学！）这是美剧《生活大爆炸》的主人公、物理学家谢尔顿说的话。但事实上，物理和地质已经密不可分，相互渗透。就拿钙钛矿来说，它既是凝聚态物理研究的热门，也是地球科学研究者关注的焦点。镁-钙钛矿是地球上含量最多的矿物，而钙钛矿型晶体是如今开发光伏电池最受关注的新型材料。我们都知道，太阳能电池是一种可以直接把光能转化成电能的装置。在...

　漫画：王梓含曾经有人提出过“水桶模型”，认为智力基因与后天环境就像两根水管，同时向人类“大脑桶”里放“智商水”，智商是两者的综合体现。但脑科学研究发现，先天基因应该是水龙头，后天环境才是引出“智慧之水”的水管，后天环境培养对于大脑智力的形成具有决定性作用。现代科学告诉我们，人类的智商由基因和环境因素共同决定。然而，先天遗传和后天培养哪个更具决定性？两者比重各占多少？人类大脑具有强大可塑性。它...

10月25日，中国科学院金属研究所沈阳材料科学国家研究中心先进炭材料研究部科研人员在《自然-通讯》（Nature Communications）上在线发表了题为《垂直结构的硅-石墨烯-锗晶体管》（A vertical silicon-graphene-germanium transistor）的研究论文。科研人员首次制备出以肖特基结作为发射结的垂直结构的硅-石墨烯-锗晶体管，成功将石墨烯基区晶体管...

近日，中国科学院深圳先进技术研究院材料所光子信息与能源材料研究中心在新型高温低压超导材料研究领域获新进展。理论预言指出铍掺杂的甲烷分子在低压下是一种金属并且具有超导电性，基于大量的计算数据揭示了铍掺杂的甲烷分子的超导电性规律。相关成果以Metallization and superconductivity in methane doped by beryllium at low pressure（...