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COMSOL仿真学习交流

该程序被设计为具有灵活和可扩展的结构，目的是确保它能跟上分子建模和模拟领域的最新发展，从而在未来继续成为一个有用的工具。

分子动力学模拟在原子尺度上提供了结构动力学的途径，是补充NMR研究的理想工具。经典力场预测困难结构模型动力学的能力正在稳步提高。

许多在实际实验中无法获得的微观细节，而在分子动力学模拟中可以很方便的得到，这种优点使得分子动力学模拟在新材料的研究和开发、预测材料的介观和宏观性质、生物分子结构与功能预测等领域显得十分重要，由此改变了过去理论计算与实验的关系。

文章链接：https://mp.weixin.qq.com/s/ZrskpXWt6yFnPBsH1omZdw高分子相分离的分子动力学模型对于高分子体系，其分子量大，粘度高，松弛时间很长，相分离往往不能达到最终的平衡态。然而相分离本质上是非平衡的，大多数情况下甚至是远离平衡态的。1 前言因为高分子具有长链特性，共混体系即使在分子层次上细微不相容，也可能导致宏观上发生相分离，所以大多数高分子共混体系是不相容的。相分离主要以两种不相同的方式进行：处于相图中亚稳定区域的成核生长，或处于不稳定区域的自发分相

原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/D5eLXvCUAln2NOj2fDw3vg分子对接是最常用的分子模拟工具，用来探究任何有相互作用的生物活性分子之间的相互作用细节。然而对接产生的多个可能的构象到底那个是天然存在的构象？确定了构象，什么作用力，作用位点起到关键作用？确定最佳构象，有两种根据，一是binding pose最多的，一种是打分函数评价最好的。然而这两个如果是一类结合构象（如RMSD<2.0A），那么可以50%（属个人经验，没有根据）以上确定这个结合构象为最

原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/QxSAZSlYF-FjQGFRDt8Heg弹性模量1.定义弹性模量：材料在弹性变形阶段内，正应力和对应的正应变的比值。材料在弹性变形阶段，其应力和应变成正比例关系（即符合胡克定律），其比例系数称为弹性模量。“弹性模量”是描述物质弹性的一个物理量，是一个总称，包括“杨氏模量”、“剪切模量”、“体积模量”等。所以，“弹性模量”和“体积模量”是包含关系。一般地讲，对弹性体施加一个外界作用（称为“应力”）后，弹性体会发生形状的改变（称为“

文章链接：https://mp.weixin.qq.com/s/mOGX4TkZTMfwPSvZO3Narw1.命令简介screen 是 GNU 开发的终端会话管理工具，可以新建和管理多个终端会话，并提供切换、分离、挂载等相应的功能。每个终端会话可以创建 1~10 个窗口，其重要的特点就是终端断开连接后，screen 创建的终端会话中的任务是保存在后台运行的，不会因为终端窗口关闭或者断开连接而终止执行。详细说明参见GNU Screen官方站点。2.命令格式screen [OPTIONS] [

Linux 系统日常巡检脚本，巡检内容包含了，磁盘，内存 cpu 进程 文件更改 用户登录等一系列的操作 直接用就行了。报告以邮件发送到邮箱 在log下生成巡检报告。#!/bin/bash# @Author: HanWei# @Date: 2020-03-16 09:56:57# @Last Modified by: HanWei# @Last Modified time: 2020-03-16 11:06:31# @E-mail: han_wei_95@163.com#!/bin/

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/P7TpjiZhJi1wq4DG8zG9fQcreate_atoms命令用来在晶格阵点上创建原子，或创建一个单独的原子，或创建一些列随机原子。使用语法create_atoms type style args keyword values …create_atoms 1 box create_atoms 3 region regsphere basis 2 3 create_atoms 3 single 0 0 5

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/ZfxsMGccMaWg06MVJOYnlw液体的粘度（ Viscosity 粘滞力）指的是液体阻碍流动的力。换句话说，粘度越小的液体，越容易流动。一些液体诸如水，粘度相对较低而较容易流动；又例如糖浆粘度则较高而不容易流动。影响液体粘度的核心因素，在于液体分子间的作用力（inter-molecular forces）。偶极力（Dipole-Dipole Attractive Forces）在共价化合物中，由共价键（Co

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/JBnxj_8ZUT1XNCJjvuXu_A纯粹的分子力学(Molecular Mechanics, MM)力场是无法模拟化学键断裂的。原因很简单，化学键都是用量子力学/量子化学来定义的，所以化学键断裂只能用量子力学来描述，而非分子力学（原子间相互作用只用牛顿力学来描述）。所以要描述化学键断裂只能用量化计算，气相中的化学反应可以借助势能面的扫描，对于凝聚相(condensed phase)则主要借助Ab initio

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/kMwnIbuiTE-LsXGYQonedQ简单来讲，SDF文件就是一个化学表格文件。文件扩展名：.sd，.sdf。格式类型：化学文件格式SDF是MDL开发的一系列化学数据文件格式之一；它专门用于结构信息。“ SDF”代表结构数据文件，而SDF文件实际上包装了molfile（MDL Molfile）格式。多个化合物由由四个美元符号（$$$$）组成的线分隔。SDF格式的一个功能是它包含关联数据的能力。关联的数据项表示

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/cTsHOJAeGU9IERNG2YPH5g接着 关于VMD相关介绍（一）讲三. 三级结构可视化软件VMD：multiple representationVMD 可以设置多个 representations(简称rep)，也就是将多个显示状态的试试效果叠加在一起。设置第一个 rep:当前处于编辑状态下的 rep 背景色为浅绿色。设置 Drawing Method为NewCartoon，Coloring Met

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/SyZX3UZaqb6aPJQHYdx4rA能够实现蛋白质三维结构可视化的软件非常多。这种专业级的可视化软件不仅能够做出非常漂亮的图片，它还有强大的插件支持各种各样的蛋白质结构分析。下面给大家介绍一个功能强大的免费蛋白质三维结构可视化软件VMD 。VMD 由伊利诺伊大学研发。下载 VMD 需要先注册获得一个账户，之后就可以根据你的操作系统和机器配置选择合适的版本下载了。当然， 如前所述，注册和下载对于非商业用途的

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/wfDoIp7RkXVcx8DpA8D8FwGMX.1 参数概述根据GMX手册预告，所有GMX的程序都有6个标准参数，其中有的是隐藏的（参数太多，吓死人）。此六个参数及其作用罗列如下：-h:在屏幕上打印该GMX程序的帮助信息，并退出程序。就是不使用这个参数，任何GMX程序运行时，都会打印很多信息，包括GMX的软件消息，简短的协议，还有各个参数的输入等。-hidden:打印隐藏的命令参数。-quiet:

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/TPrP1yNSm85xmu6aon8X4g范德华力指分子间作用力，又称范德瓦尔斯力。范德华力的定义是十分模糊的，以至于不同领域给出的答案可能有很大出入，我们国内教材上所说的范德华力大致都是这么说的：“范德华力是一种分子间弱作用力，包括色散力、诱导力、取向力”；而英文维基在此基础上还补充了一条“Pauli交换互斥力”，并且用静电力代替了取向力这个说法。最严谨的范德华力的定义应该要参考IUPAC：https://

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/VcazPnWDNDIOorShWtKWbA本部分大致介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷1、什么是LAMMPS?；LAMMPS是一个经典的分子动力学软件；LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序2、LAMMPS的功能；总体功能；可以串行和并行计算；分布式MPI策略；模拟空间的分解并行机制一、简介1、什么是LAMMPSLAMMPS是一个经典的分子动力学代码，可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。也可以采用

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/TxNl3339R9SE-WrvdxMsug编译/文龙来自俄罗斯多个研究机构的研究人员分别在 AMD 和 Nvidia 的 GPU 加速器上测试了流行的分子动力学建模程序的性能，并进行了比较与分析。在4月19日发表在《国际高性能计算应用杂志》（The International Journal of High Performance Computing Applications）的论文中，研究人员展示了新的开源G

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/3Dxo5t3TW5jAmbdSH6bTJQ蛋白质聚集的分子动力学模拟（ Molecular dynamics simulations of protein aggregation）蛋白质紊乱和聚集在许多神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）的发病机制中起着重要作用。这些疾病中聚集过程的最终产物是高度结构化的淀粉样纤维。因此，合理设计靶向淀粉样蛋白寡聚体形成的药物，就需要全面了解驱动蛋白质聚集的物理化学力。原

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/hUSc3PKw_e1p8ZozWXY9rQ改革开放以来，我国公路建设取得了巨大成就，公路建设理念也发生了深刻变化，已经从畅通、耐久、安全、舒适、节约等基本要求，逐渐注重公路在全寿命周期内对生态环境的低冲击和低影响。在此背景下，公路沥青的生态环保问题引起了道路和环境工作者的共同关注。研究表明，沥青这种复杂有机物，不仅在高温施工时会释放出沥青烟污染大气环境，而且在路面使用阶段的雨水冲刷下，沥青中的一些成分会浸出，引起

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/cCqQxB6HzXdGhe0P1h3ihgfix命令为一组原子施加fix约束。使用语法fix ID group-ID style argsID = fix命令的IDgroup-ID = 该fix命令所作用的原子组的IDstyle = fix类型名（最下有列表）args = 特定类型fix命令所需要的参数使用举例fix 1 all nvefix 3 all nvt temp 300.0 300.0

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/X47tVM6Z2mKe6maA9XTEigregion命令用于定义一个空间几何区域。使用语法region ID style args keyword arg …ID = 待定义区域的IDstyle = delete / block / cone / cylinder / plane / prism / sphere / union / intersectdelete = no argsblock ar

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/4BIOPWJw-pCjCw_v9GGqDAunits命令用来定义模拟过程中使用的单位类型，它决定了所有输入脚本、数据文件和所有输出到屏幕、日志文件以及dump文件中物理量的单位。使用语法units stylestyle可取：lj/real/metal/si/cgs/electron使用举例units metalunits lj使用介绍该命令用来设置模拟中使用的单位类型。它决定了所有输入脚本、数据文

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/TGU_0H2jktEwXIkqCdG3ugvasp计算中用到的三种赝势：模守恒赝势，超软赝势，PAW赝势(按产生顺序)。按方法不同分为USPP（ultrasoft pesudopotential，超软赝势）和PAW（projector augmented wave，投影缀加平面波），两种方法都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。按交换关联函数不同分为LDA（local dens

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/rpLeA1K5A7eTmeguzFHeAQvasp做分子动力学的好处，由于vasp是近些年开发的比较成熟的软件，在做电子scf速度方面有较好的优势。缺点：可选系综太少。尽管如此，对于大多数有关分子动力学的任务还是可以胜任的。主要使用的系综是 NVT 和 NVE。下面我将对主要参数进行介绍！一般做分子动力学的时候都需要较多原子，一般都超过100个。当原子数多的时候，k点实际就需要较少了。有的时候用一个k点就行，不

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/_bHljlb4IUt4rJE1q48W0wuname -a # 查看内核/操作系统/CPU信息的linux系统信息head -n l /etc/issue # 查看操作系统版本cat /proc/cpuinfo #查看CPU信息hostname # 查看计算机名的linux系统信息命令lspci -tv # 列出所有PCI设备lsusb -tv #列出所有USB设备的linux系统信息命令lsmod

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/nQ0MdLmIXHPB8VLSe7CTZQ一、进行模拟的基本步骤以下是进行分子动力学模拟的最基本步骤，来自Gromacs维基。具体的步骤可能会因为模拟目标的不同而存在差异，这里只做基本的概述。十分清楚要什么样的模拟系统性质和现象，明白模拟的目标。选择适当的工具以实现模拟目标。这需要熟知其他研究人员对相似模拟系统的模拟方法等资料，要好好读别人的论文，主要包括：模拟使用的软件，当然还要考虑使用的力场，有时因为

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/a7SKL2Vbqv9MHaFueAg4tQ入门阶段，首先你要知道你想做什么，最好是找个看起来不太难的文章照着把里面的模拟自己重复一遍。因为全原子模拟大都是用一些软件来进行的，因此你首先需要的是学会一些软件的使用，常用的生物分子模拟软件包括：Gromacs、Amber 和 NAMD 等等，材料有关的模拟还有 Lammps 等软件。学这些东西的时候首先主要是要知道模拟的基本流程以及实现的方法，包括怎样搭建模拟的体系、各种

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/sJR1KJxUhjEieBEyxqbhYg尝试所有可能的结合形式，并根据打分函数给每种形式打分排名。对接的过程中会考虑如下因素：形状互补亲疏水性表面电荷分布两种蛋白质-蛋白质分子对接：Rigid Docking 刚性对接–目前可用的大多数软件为刚性对接。Flexible Docking 柔性对接–计算量大，可用软件少，且多为收费软件。蛋白质相互作用常用对接软件ZDOCKGRAMM-X输出值都

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/Mx__MQHIscL1Hqz0sYXdzAGromacs的pdb2gmx命令使用gromacs做分子动力学模拟时，第一个要用到的命令一般都是pdb2gmx。这个命令吧pdb分子文件转化成gromacs独特的gro分子结构文件类型，同时产生分子拓扑文件。Gromacs是典型的GPL软件，每一个命令都有很多命令参数。这对熟悉windows环境的人来说有一点烦，但是如果熟悉了Linux环境，也就慢慢喜欢啦。（建议多使

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/QBwn8UGB1sJ3YHKuVkAfkQ合金体系的创建，主要有两种方法，如下：程序创建data file文件根据合金体系的结构，按着data file的文件格式编程产生相关data file文件，由read_data命令读入即可。可以说，这是一种万能的方法，具体不多说，主要是要了解data file的格式，并且有一定的编程基础。http://lammps.sandia.gov/doc/read_da

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/iAqFt1OVzAgzHdxqF_TORw一、Linux那些事Linux诞生于上世纪90年代，它的诞生离不开两个重要支柱，就是Unix和和GNU Project为核心的自由软件运动。其中Unix与Linux内核有直接血缘关系。赫尔辛基大学学生Linus Torvalds在1991年8月,以1987年Andrew S.Tanenbaum发布的一个用于教学的类Unix系统Minix为蓝本开发了一套新的兼容8038

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/lYRYV4h7PZkWppGxalqc9win 文件描述一个符合牛顿定律的模拟过程，内容大致包含三个部分：构建所模拟的体系，创造一个模拟环境的以及最后输出想得到的数据一、各类文件in ：程序写入log ：写入状态信息（if the switch is used?）screen : 决定结果的是否进行屏幕输出var name : 定义一个变量，name指变量名，可为字母也可为字符串，形式$x / $ {

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/drbwbTbpjgE8Y4dCmM5Eig1.系统的准备：假设有一个PDB文件含有500多个残基并且构成两条链。首先修饰PDB文件：除去remarks, connectivity data 和 HETATM lines的数据(不包括晶体水)，然后增加TER标签在蛋白链间和改变一些氨基酸的名字如：HIS to HIE, HID or HIP；和CYS。tleap -s -f leaprc.ff99SB

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/o5NhZQEeqFCBzCFvYtdY_Q用于能量优化的参数文件 immin.mdpLines starting with ‘;’ ARE COMMENTS; Everything following ‘;’ is also commenttitle = Energy Minimization ; Title of runcpp = /lib/cpp ; Preprocessor

本文来源：“分子动力学”公众号原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/htX-p_gTb6TkdyoGuenjTw1、确定起始构型一个能量较低、结构合理的起始三维构型是进行MD模拟的第一步。生物大分子的起始构型主要来自实验数据，如X射线晶体衍射法或核磁共振波谱法测定的分子结构，或根据已知分子结构通过同源建模得到的结构等。体系中有机小分子的构型也可通过量子化学计算得到。2、选用适当力场和模拟软件选择适当的力场是进行MD模拟的基础。不同的力场具有不同的适用范围和局限性，需要根据

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/SIIKXvEIIH2Pja3Dc44arw使用autodock的小伙伴们，按照这个步骤走一遍基本就会了。而且正式做东西的话，也基本是这个步骤。Autodock的步骤如下：（以4BGY和ex4为例）在4BGY.pdb文件中将水和1分子木糖去除。（可以使用pymol,VMD,viewerlite，DS等软件，将水和木糖去掉，或者直接以文本格式打开pdb文件，删去水和木糖的部分）软件部分(1) 首先确定工作文件夹（

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/zvOJk-4tt7LrTKqZlUuaqA分子动力学是一个交叉学科，需要掌握很多内容，下面大致整理了一些。理论分子动力学：这个是最基础的了，不了解就没法往下走了；力场：任何计算都要用到，所以最好能够熟悉一些常见的力场模型；系综：这个东西可以说很复杂，需要学习统计力学，如果掌握对于计算过程会理解更透彻。基础环境linux：一些基本的命令是必须要学的；bash：如果能编写一些简单的bash程序，会大大提高工

本文来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/lg7tuIcsvG1j53egha70yg问：我在用gromacs计算rmsf时出现了这样一个警告，我的结构也没有跑出水盒子，为什么会这样？有什么解决办法吗？答：你选的这个group刚好在盒子边界上，继续模拟，看它会不会离开边界问：意思是延长模拟时间吗？我这个体系比较大，一天只能运行1ns？是因为我这个水盒子和 pbc 显示不重合的原因吗？是因为这个 cell origin设置的问题吗？这个值我是按照教程