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转载 boost库安装（更新版）

介绍网址：http://www.linuxfromscratch.org/blfs/view/cvs/general/boost.htmlIntroduction to BoostBoost提供了很多基于C++写的库，它包含了linear algebra, pseudorandom number generation, multithreading, image proce...

2018-01-09 21:00:00 1079

转载可以直接cat 多个fq.gz压缩文件

案例描述：需要将Sample_test1_R1.fastq.gz和Sample_test2_R2.fastq.gz合并为test.fastq.gz操作方法1：先zcat再gzip zcat Sample_test_1.R1.fastq.gz Sample_test_2.R2.fastq.gz | gzip - > test.fastq.gz1操作方法...

2017-09-12 12:02:00 4817

转载组装三代番木瓜基因组——by Serenity Fang

# 估算测序深度、reads数目、N50等值（自写perl程序）：$ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m统计结果如下：# 基因组组装三步走1.Correction 2.Assembly 3.Polish## Step1: canu组装（1.Correction 2...

2017-05-16 20:49:00 464

转载如何创建python虚拟环境

一、使用conda安装virtualenv$ conda install virtualenv二、创建一个名为VE-QUIVER的虚拟环境$ cd; virtualenv -p python2.7 --no-site-packages VE-QUIVER## 这是一个组合命令，代表先回到home（cd；）然后在home下面执行virtualenv...

2017-02-27 18:49:00 210

转载 BOOST库安装

介绍网址：http://www.linuxfromscratch.org/blfs/view/cvs/general/boost.htmlIntroduction to BoostBoost提供了很多基于C++写的库，它包含了linear algebra, pseudorandom number generation, multithreading, image ...

2017-02-27 17:45:00 467

转载 seqtk安装和使用

Installation:Just to cover the 'how to obtain the code' part. You will need to havegitinstalled need to clone theseqtkurl:git clone https://github.com/lh3/seqtk.git then switch to the s...

2017-01-19 13:17:00 2047

转载统计碱基数目、GC含量、read数、最长的read、最短的read及平均read长度

# 用于fasta格式文件的碱基数目和GC含量的统计grep -v '>' input.fa| perl -ne '{$count_A=$count_A+($_=~tr/A//);$count_T=$count_T+($_=~tr/T//);$count_G=$count_G+($_=~tr/G//);$count_C=$count_C+($_=~tr/C//);$count...

2017-01-19 13:14:00 2396

转载 Conda官方下载安装步骤及conda用法详细介绍

Conda简介（本文由www.169it.com搜集整理）Anaconda是一个Python下和Canopy类似的的科学计算环境，但用起来更加方便。自带的包管理器conda也很强大。Python科学计算环境conda的下载Conda官方主页: https://github.com/conda/condaConda官方下载...Conda简介（本文由www.16...

2017-01-17 15:31:00 4405

转载在Linux自己Home下安装python

一、打开python主页:https://www.python.org/downloads/本次安装选择Pthon 2.7.13版本二、下载python安装包：https://www.python.org/downloads/release/python-2713/三、安装$ tar xf Python-2.7.13.tar.xz$ ....

2017-01-17 11:34:00 570

转载三代测序数据分析软件Canu的安装和使用(连载1)

一、Linux服务器安装canu1. 下载canu（版本canu-1.4）首先打开Canu安装包下载网页：https://github.com/marbl/canu/releases 下载Source code并上传到服务器上：2. 解压文件、编译按照一下安装步骤安装即可：3. 设置环境变量安装完成后，添加环境变量:$...

2017-01-13 10:51:00 2356

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