SeqFu

SeqFu

SeqFu用于处理和解析来自FASTA / FASTQ文件的信息，支持压缩的输入文件。包括用于交错和解交错FASTQ文件，重命名序列以及计算和打印序列长度统计信息的功能。

SegFu相关使用方法来啦!!!

一、软件安装：

conda install -c conda-forge -c bioconda seqfu

二、软件使用：

1.seqfu interleave
两个双端文件生成一个交错的fastq文件

seqfu ilv -1 file_R1.fq > interleaved.fq #默认情况下读取_R1,会自动读取_R2

2.seqfu deinterleave
交错文件生成两个单独的fastq文件

 seqfu dei -o newfile interleaved.fq  #输出文件为newfile_R1.fq和newfile_R2.fq

3.seqfu count
用于对 FASTA/FASTQ 文件中的序列进行计数，并且识别单、双端序列。

seqfu count interleaved.fq  file1_R1.fq file1_R2.fq -t 4  #-t：多线程

注意：支持多文件输入，但双端序列需要成对。
输出结果：

file1_R1.fq  52921  Paired
interleaved.fq  105842  SE

输出文本：样本名称、读数和类型（“SE”表示单端，“Paired”表示双端）

4.seqfu stats

统计序列总数、碱基数、平均值、N50、N75、N90 和 AuN

seqfu stats file.fq  -n   #-n：屏幕友好输出

5.seqfu head
打印序列文件的前多少序列

seqfu head file1_R1.fq -n 5 #打印file1_R1.fq文件前5个序列，默认10

6.seqfu grep
1）按名称获取序列

seqfu grep -n Here file.fasta  #提取名称中包含 “Here”

2）DNA 序列中的匹配模式

seqfu grep -o TTTT file.fasta #匹配序列TTTT

7.seqfu derep
FASTA和FASTQ文件的去重复

seqfu derep file.fasta

8.seqfu sort

seqfu sort file.fasta  #按序列大小排序

9.seqfu rc
1）打印序列的反向互补序列

seqfu rc CCTACGGGNGGCWGCAG GGACTACHVGGGTATCTAATCC  #也可以输入文件

输出：

>string_1
CTGCWGCCNCCCGTAGG
>string_2
GGATTAGATACCCBDGTAGTCC

10.seqfu qual
检测 FASTQ 文件的质量，返回可能的编码方式

seqfu qual data/primers/*

输出：

data/primers/16S_R1.fq.gz  7.0  38.0  Sanger;Illumina-1.8;  33.42+/-8.47  249
data/primers/16S_R2.fq.gz  2.0  38.0  Sanger;Illumina-1.8;  31.96+/-9.53  205
data/primers/16Snano_R1.fq.gz  7.0  38.0  Sanger;Illumina-1.8;  33.37+/-8.63  246
data/primers/16Snano_R2.fq.gz  2.0  38.0  Sanger;Illumina-1.8;  32.05+/-9.54  220
data/primers/art_R1.fq.gz  40.0  40.0  Illumina-1.3;Sanger;Illumina-1.5;Solexa;Illumina-1.8;  40.00+/-0.00  95
data/primers/art_R2.fq.gz  40.0  40.0  Illumina-1.3;Sanger;Illumina-1.5;Solexa;Illumina-1.8;  40.00+/-0.00  93

输出文件每一列的含义：
1）文档名称
2）最低质量值
3）最大质量值
4）可能的编码（分号分隔列表）
5）均值，质量值的 StDev
6）最后一个合格位置
7）GC 内容（5 个小数位）如果通过启用 --gc

11.seqfu cat
可以读取混合的 FASTA 和 FASTQ 文件，默认情况下程序将产生混合输出。使用–fasta或–fastq将强制使用特定的输出格式

seqfu cat file.fq  # 可以输入一个或多个fa/fq

END

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