SeqFu
SeqFu用于处理和解析来自FASTA / FASTQ文件的信息,支持压缩的输入文件。包括用于交错和解交错FASTQ文件,重命名序列以及计算和打印序列长度统计信息的功能。
SegFu相关使用方法来啦!!!
一、软件安装:
conda install -c conda-forge -c bioconda seqfu
二、软件使用:
1.seqfu interleave
两个双端文件生成一个交错的fastq文件
seqfu ilv -1 file_R1.fq > interleaved.fq #默认情况下读取_R1,会自动读取_R2
2.seqfu deinterleave
交错文件生成两个单独的fastq文件
seqfu dei -o newfile interleaved.fq #输出文件为newfile_R1.fq和newfile_R2.fq
3.seqfu count
用于对 FASTA/FASTQ 文件中的序列进行计数,并且识别单、双端序列。
seqfu count interleaved.fq file1_R1.fq file1_R2.fq -t 4 #-t:多线程
注意:支持多文件输入,但双端序列需要成对。
输出结果:
file1_R1.fq 52921 Paired
interleaved.fq