多组学研究文献

ChIP-seq与RNA-seq联手挖掘水稻耐旱因子

水稻基因组数据

#1.水稻MSU版本的数据库(2011年最后一次更新，已经很旧了)
http://rice.uga.edu/

wget -c http://rice.uga.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.con #参考基因组
wget -c http://rice.uga.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.gff3 #注释文件

FASTQC

一般而言RNA-Seq数据在sequence duplication levels 未通过是比较正常的。毕竟一个基因会大量表达，会测到很多遍。
Per Sequence GC Content，统计reads的平均GC含量的分布。红线是实际情况，蓝线是理论分布（正态分布，均值不一定在50%，而是由平均GC含量推断的）。曲线形状的偏差往往是由于文库的污染或是部分reads构成的子集有偏差（overrepresented reads）。偏离理论分布的reads超过15%时，报"WARN"；偏离理论分布的reads超过30%时，报"FAIL"。当红色的线出现双峰，基本肯定是混入了其他物种的DNA序列
一个fastqc参数介绍