Rtools安装,Bioconductor安装,devtools安装,R包本地安装,Rstudio更换镜像

WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:
已经安装了Rtools,报错。发现R与Rtools匹配在这里插入图片描述


Bioconductor
版本对照:

在这里插入图片描述

报错, unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/src/contrib: 镜像外网无法访问

R包本地安装
https://cran.rstudio.com/src/contrib/BiocManager_1.30.16.tar.gz

1.在这里插入图片描述
2.
在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

code:

install.packages(“C:/Users/Administrator/Desktop/BiocManager_1.30.16.tar.gz”,repos = NULL, type = “source”)

install.packages("C:/Users/Administrator/Desktop/devtools_2.4.2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

ERROR: dependencies ‘usethis’, ‘callr’, ‘cli’, ‘desc’, ‘ellipsis’,
‘fs’, ‘httr’, ‘lifecycle’, ‘memoise’, ‘pkgbuild’, ‘pkgload’,
‘rcmdcheck’, ‘remotes’, ‘rlang’, ‘roxygen2’, ‘rstudioapi’,
‘rversions’, ‘sessioninfo’, ‘testthat’, ‘withr’ are not available for
package ‘devtools’

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

options(repos=“http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)还是失败

Rstudio更换镜像

Tools–>Global options->Package->Change->Ok->Apply->OK

### ggbreak 安装失败解决方案 如果遇到 `ggbreak` 安装失败的情况,可以尝试以下几个方面来解决问题: #### 1. 更新 R 和 RStudio 版本 确保使用的 R 和 RStudio 是最新版本。旧版本可能存在兼容性问题,影响的正常安装。 #### 2. 设置镜像源 有时默认的 CRAN 镜像可能不稳定或速度较慢,可以选择其他更稳定的镜像源进行安装: ```r install.packages("ggbreak", repos="https://cran.rstudio.com/") ``` #### 3. 安装依赖项 某些情况下,`ggbreak` 可能依赖于其他未安装的基础。可以通过以下方式一次性安装所有必要的依赖项: ```r options(install.packages.check.source = "no") install.packages("ggbreak", dependencies=TRUE) ``` #### 4. 清理缓存并重试 清理临时文件夹中的残留数据后再重新执行安装命令可能会有所帮助: ```r tools::package_dependencies("ggbreak", available.packages(), recursive=TRUE) unlink(".libPaths()[[1]]/00LOCK-ggbreak", recursive=TRUE, force=TRUE) install.packages("ggbreak") ``` #### 5. 使用 Bioconductor 或 GitHub 进行安装 当 CRAN 上无法成功下载时,还可以考虑通过 Bioconductor 或者直接从 GitHub 获取最新的开发版来进行安装: ```r if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ggbreak") # 或者使用 devtools安装GitHub上的版本 library(devtools) devtools::install_github('YuLab-SMU/ggbreak') ``` 以上方法能够有效提高 `ggbreak` 的安装成功率[^1]。
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