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RSS订阅原创 Linux让程序在后台运行【常用方法】
如果想让程序在后台运行，执行程序的时候，命令的最后面加“&”符号。test.log: 运行的日志，或你的文件的输出内容。test.py: 你需要后台运行的程序。一、nohup命令【常用！: 日志文件追加到文件中。
2024-03-19 16:13:40
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原创 关于样本相关性偏离的判断
1.相关性分析使用的是pearson，偏离我们是看相对偏离的，没有绝对阈值，比如组内样本大部分相关性0.99，一个样本0.95，样本就需要考虑偏离（组间样本相关性也在0.97左右）例如，这个PCA图，绿色框的C2_3样本就属于偏离，而H2的样本整体还是可以聚在一起的，则H2_1样本则不属于偏离。
2024-03-01 10:38:29
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原创 如何在GEO数据库上传原始测序数据RNA-SEQ，学习过程分享！
为了让大家更好的利用公共数据库中的数据，所以需要大家对自己上传的数据进行充分的注释，geo官方给定的了一个metadata spreadsheet (template and examples)，(https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submission/meta/)里面包含了RNA-seq和ChIP-seq数据的模板，可以根据模板填入。待所有数据上传完成并提交之后，会有邮件提醒你的上传是否存在问题，如果无误，就会给定GSE number，表示上传完成。
2024-02-22 17:13:50
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原创 R语言中依据列名删除指定列--打卡第6天
dat[, -grep(“a|c”, names(dat))] ## 删除多列a、c。dat ## 测试数据框。dat[, -grep(“b”, names(dat))] ## 删除单列b。修改文件：1—vim 12.txt。4—shift： wq保存退出。grep实现删除指定列。
2024-02-22 17:13:16
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原创 oncotator对VCF进行注释，生成MAF格式文件
virtualenv可以创建一个虚拟的python环境，在虚拟环境中安装的包，不影响机器已经安装的python包。注释软件oncotator，可以注释VCF文件，并直接生成MAF格式，相当于将VCF格式转换成MAF格式。–/usr/local/python3/bin/virtualenv 为virtualenv的安装位置。
2023-12-20 11:17:10
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原创 如何设置MobaXterm内鼠标右键粘贴的快捷键
3.勾选Paste using right-click，点OK。2.然后点击configuration-terminal，1.打开MobaXterm，点击settings。这样就可以点击你想要选择的文件，进行右键粘贴啦。4.重启，设置完成。
2023-11-16 14:59:06
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原创 R报错：WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download
R报错：WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:
2023-11-15 10:39:53
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原创 R语言学习笔记separate {tidyr},绘制气泡图
separate {tidyr}的功能是使用正则表达式分隔符将字符列分隔成多个列。给定正则表达式或字符位置向量，separate（）将单个字符列转换为多个列。这个功能在生信分析中用到的频率太多了，比如TCGA的基因ID转换中ENSG00000000003.13转换成ENSG00000000003，比如对TCGA样本的ID切割等等。
2023-11-08 10:57:42
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原创 heatmap绘制热图时出现样本列名顺序调换怎么办？
heatmap绘制热图时出现样本列名顺序调换怎么办？今天像往常一样，用R中的 heatmap 包画热图，本来输入是正常的如图，W14_1在左，W14_2, W14_3在右 本来预想的是按照我的表格顺序出图，可出来的图不是这样的但是画出来，竟然是这样的？！ 样本列名顺序不一致啦！ 可以明显看到样本W14_1在中间，W14_2在右, W14_3在中间，妈耶，蒙了，试了好几种方法都是报错，后来我发现原来就是简写的问题。本想这把列去掉就可以，结果生信小白又跳进了坑，哈哈哈哈。此处踩坑三个小时。。。。。。
2021-04-11 20:46:11
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原创 R语言-批量读取数据文件，小白们，赶紧学起来，哈哈哈
1.如果文件是csv格式：##先将当前文件夹下的所有以csv结尾的文件名读进来filelist <- list.files(pattern=".*.csv")##文件个数m<-length(filelist)##按照文件名逐个读入数据，得到数据列表datalist <- lapply(filelist, function(x) read.csv(x,header=F,stringsAsFactors=F))**2.如果文件是txt格式：**##先将当前文件夹下的所有以t
2021-02-01 21:20:18
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空空如也
空空如也
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