Kraken2 物种序列比对 注释

kraken基于k-mer精确比对，采用最LCA投票结果快速宏基因组DNA序列进行物种注释。
Kraken2数据库至少包括3个文件

hash.k2d: 物种地图，即所有序列与物种的数据库

opts.k2d: 数据库构建的信息

taxo.k2d: 数据库的分类学信息

以上文件为快速读取，全为二进制文件。
如果仅使用kraken2，除以上三个文件外，其它的文件在空间有限下可以删除。如果要使用bracken时，仍需保留其他文件，用于构建索引等。

标准数据库构建

#下载数据库，先设置存放位置
DBNAME=~/db/kraken2/201127
mkdir -p $DBNAME
#可调线程数据，加速构建过程
kraken2-build --standard --threads 24 --db $DBNAME

标准模式下只下载5种数据库：古菌archaea、细菌bacteria、人类human、载体UniVec_Core、病毒viral

# 下载数据库，先设置存放位置
DBNAME=~/db/kraken2/201201
mkdir -p DBNAME
cd $DBNAME
 
# 下载物种注释，259
kraken2-build --download-taxonomy --threads 24 --db $DBNAME
 
# 下载非默认数据库中的真菌库 1.33G
kraken2-build --download-library fungi --threads 24 --db $DBNAME
 
# 批量下载，非标准数据库
for i in archaea bacteria plasmid viral human fungi plant protozoa nr nt env_nr env_nt UniVec; do
kraken2-build --download-library $i --threads 24 --db $DBNAME
done
 
# 确定的库建索引
kraken2-build --build --threads 24