TCGA的样本命名规则

最新推荐文章于 2025-01-07 12:03:31 发布
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【TCGA】命名方式
写代码的犄角旮瘩
09-06 858
Vial，把样原始本分成了若干份，每份也都有编号。Tissue Source Site，样本机构来源。Portion，用于具体的测序。Participant，项目参与者。Sample，样本组织来源类型。Project，项目名称。就是这张WSI的病人编号。，对照组为20-29。
tcga样本编号_TCGA样本命名详解
weixin_39853863的博客
01-14 1485
在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据：TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样本名实际上只保留到前四个元素(以”-“分割)，例如TCGA-A6-6650-01。所以实际上上示3个样...
生信学习——TGCA数据库的命名原则
weixin_44871977的博客
06-28 1499
在TGCA数据库中一个患者至多对应两个样本，但在原始选区的时候，一共是有多个样本可以选取的，从这多个样本中选取阴性（癌旁组织）和阳性（癌组织）最好的那个，当然，如果只有阳性或阴性的话，那么至多只有1个样本。如： TGCA-A6-6650-01A-11R-1174-07 TGCA-A6-6650-01A-11R-A278-07 TGCA-A6-6650-01B-02R-A277-07 一般我们只能看到前4组数字，即TGCA-A6-6650-01A，也就是另外2个样本被舍弃了，舍弃原则： TGCA-Projec
TCGA样本命名详解
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06-29 5万+
在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据： TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07 TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07 TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07 大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样本名实际上只保留到前四个元素（以”-“分割），例如TCGA-A6-6650-01。所以...
TCGA数据分析避坑指南 - 资深生信人的经验总结
最新发布
mutouyuaichi的博客
01-07 3372
TCGA数据库作为癌症研究的核心数据来源，提供了大量的多维度癌症数据，支持从基因组学、转录组学到临床数据的全面分析。通过TCGA数据库，研究人员能够有效地进行差异表达分析、预后分析以及其他癌症相关的生物学研究。致力于现学现用，打破无效的R数据分析学习模式：通过实践导向的教学方法，帮助学员迅速掌握R语言在生物信息学中的应用。致力于掌握学习方法，在实战中进行演练，提升思维逻辑和解决实际分析问题的能力：通过真实案例的分析，培养学员的独立思考和问题解决能力。价格实惠，内容到位。
tcga样本编号_通过TCGA样本名获取分组信息
weixin_39855843的博客
12-20 4711
TCGA 样本名构成以TCGA-OR-A5J1-01A-11R-A29W-13为例，按照“-”分割为7个不同部分。TCGA是项目名称“The Cancer Genome Atlas”简写，又称为癌症数据库。OR 是组织来源编码，如OR就表示来源于University of Michigan Adrenocortical carcinoma(肾上腺皮质癌项目).A5J1 参与者编号01 判...
TCGA样本编号
weixin_43865392的博客
11-29 1万+
TCGA常用的样本编号为：TCGA - 06 - 0681 - 11A - 41R - A36H - 07 最为重要的是标黄的两处。 第一处为样本类型，前面的数字1-9为肿瘤，10-29为正常或癌旁样本。字母代表质量，A为佳，B次之。 第二处为处理样本时的PCR编板号，即为去除batch effect时的batch依据。 ...
tcga样本编号_TCGA数据库样本命名原则
weixin_29466397的博客
01-14 1893
在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据：TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样本名实际上只保留到前四个元素(以”-“分割)，例如TCGA-A6-6650-01。所以实际上上示3个样...
TCGA样本barcode命名规则
04-26
TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据集中的样本barcode命名规则包含了许多有用信息。其命名规则如下： - 第1-4个字符：TCGA的缩写，...因此，TCGA样本barcode的命名规则可以提供丰富的信息，方便进行数据分析和研究。
tcga样本编号_数据挖掘专题 | 一文搞懂TCGA数据整理
weixin_39556702的博客
01-14 4034
原标题：数据挖掘专题 | 一文搞懂TCGA数据整理本文经授权转载自生信控我们已经通过前两期数据下载(一)和数据下载(二)介绍了TCGA数据下载方法，并最终得到每个样本一个独立文件夹形式的数据，整理成表达矩阵的格式将是后续分析的前提，对TCGA数据的整理主要有2个操作：1、将样本名替换成类似 TCGA-AA-A02J-01A 的格式；2、多样本表达值合并；关于TCGA样本命名，详见https://w...
tcga标本命名_开放式标本简化了生物标本数据的管理
cumo3681的博客
06-09 546
tcga标本命名 获得高质量的人类生物标本（例如血液，唾液，血浆，DNA和RNA）对于增进对疾病的了解以及先进的分子技术，临床试验研究，个性化医学研究和临床实践至关重要。 生物库在此方面起着至关重要的作用，它可以收集，处理，存储和跟踪各种各样的生物样本。 但是，如果没有高质量的基于标准的临床和病理注释，这些标本将无用。 注释的类型和范围因研究重点，疾病和地理位置而异，因生物库而异。 什么...
TCGA数据库
bioprogrammer
09-03 1万+
1 TCGA Code Table 1.1 Data Levels Level Number Definition 1 Raw data 2 Normalized data 3 Aggregated data 4 Regions of Interest data 0 No Level 1.2 Portion / Analyte Codes Code De...
医学图像处理之GDC数据库
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医学图像处理之GDC数据库
解决R语言读取数据自动置换符号问题，例如把TCGA样本中的-读取为·
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在使用R语言read.csv()函数读取csv文件时，会自动把TCGA样本中的替换为，为后续数据处理带来不便。解决方法：在函数中添加。
TCGA 编码格式解读 | 怎么区分是不是肿瘤样品？
生物信息学专栏(BioMooc)
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"-"分割符的第四位。
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03-27 7762
参数默认为FALSE，下载GDC Data Portal(hg38）。这里小编的建议是，下载转录组层面的数据使用hg38，下载DNA层面的数据使用hg19，因为比如做SNP分析的时候很多数据库没有hg38版本的数据，都是hg19的。并不是所有数据都可以下载。测序数据分为四层：level1、level2、level3、level4，其中level3和level4都是开放下载的，level1是最原始的数据，level2是做了进一步处理的，这些数据一般是不开放的，需要申请才能下载。但现在已经更新了，只有。
TCGA癌症中英文及缩写名称对应表
永远想不起来更新的博客
04-26 3万+
最近一直在做生物信息有关的数据库，需要到TCGA上下载数据，就把TCGA和SangerBox上可以看到的癌症型的中英文以及缩写全部查找翻译对应列了出来，可能不太口语化或者专业，就简单理解吧。如下： 缩写 英文名称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urotheli...
The cancer genome atlas(TCGA)
Mr番茄蛋的博客
06-29 9988
The cancer genome atlas(TCGA)数据库储存20多种癌症的基因组数据，作为生信喵少不了要下载上面的数据来分析。写篇文章介绍一下，也加深自己的印象。 TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据，包括突变，拷贝数变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化数据等 这些数据可分为三个级别： level-1: 原始的测序数据（fasta,fastq等） level-2:比对好的b...
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