sciII思路总结

20190718

CopywriteR

• mappability：人类基因组有8%未组装(hg19)。重复序列与参考序列比对时存在mappability的问题。重复导致的unmappable区域不仅是实现100%测序的障碍，而且由于它们倾向于导致基因组的不稳定性，使人们对参考基因组的概念产生了怀疑。即使是最简单的串联重复序列在参考基因组中也会被低估，显示出高水平的copy number variation，影响相关基因表达，并引入异染色质，使附近基因沉默。CNVs分型是许多NGS应用于人类复杂疾病研究、取证、疾病标记的目标，但是人们应该记住参考基因组重复区域的不确定性也是容易发生CNV的。
• GC-contentnormalization provides smooth profiles that can be further segmented and analyzed in order to predict CNAs.
  从技术上讲，目的序列的PCR效率以及探针与目的序列的结合都与序列的GC含量有关。特别是在没有正常样本的情况下，这是一个问题。技术问题可以通过测试成对的正常采样来解决，但我们仍然看到拷贝数效应显示出与gc含量的关系。细胞周期中的复制时间似乎与gc含量有关。由于肿瘤组织的复制周期比正常组织快，这些效应可以在CNA profile中看到。gc含量比复制时间更容易获得，这就是通常使用gc含量标准化的原因。
• For the CopywriteR function, controls are specified as those samples that will be used to identify wh