VCF版本转换

本文介绍如何使用CrossMap.py工具进行VCF文件的基因组坐标转换,从hg38到hg19,涉及软件安装、chain文件应用及具体命令行操作流程。

CrossMap.py vcf /data1/00.softwares/02.common/CrossMap/hg38ToHg19.over.chain.gz /data1/01.projects/GROUP01015/02.analysis_support/01.Kaiumph/cl0001/03.variant_filter/1.exome_panel/L459.exome_panel.vcf /data2/references/Homo_sapiens/hg19.genomic.fa /data1/01.projects/GROUP01015/02.analysis_support/01.Kaiumph/cl0001/03.variant_filter/1.exome_panel/L459.exome_panel.hg19.vcf

pip install CrossMap

http://crossmap.sourceforge.net/#chain-file

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