3、高通量检测设计与小鼠基因组中可变剪接对跨膜蛋白的影响

高通量检测设计与小鼠基因组中可变剪接对跨膜蛋白的影响

高通量检测设计相关内容

在高通量检测设计用于单克隆外显子分析方面，有两个关键要素需要计算：一是要使用的寡核苷酸探针集合，二是将这些探针组合到杂交实验中。我们的方法允许系统地选择冗余探针，以限制假阴性结果的发生率。成本估算显示，开展实现新检测所需的实验室工作很有前景，这需要凭经验优化寡核苷酸的特异性以及单克隆凝胶承受大量洗涤的能力。

有两个理论问题需要进一步探索。其一，需要进行全长基因预测。全长基因对于准确设计探针集是必要的，因为转录本中意外的序列可能导致与探针的假阳性匹配。准确预测非翻译区（UTR）的外显子结构仍然是一个悬而未决的问题，这意味着我们不太可能为许多UTR外显子设计探针。不过，如果将UTR视为“禁止”序列，虽然不对其本身进行探测，但会限制编码外显子的独特探针集，我们的设计可以容忍一定程度的过度预测。我们计划使用计算（过度）预测，特别是对5’ UTR的预测，并结合来自例如NCBI RefSeq项目的表达序列标签（EST）证据来估计UTR边界。

其二，更普遍的问题是假阳性结果。目前我们的设计尚未解决由于不完全杂交导致的假阳性结果问题。为了控制假阳性率，我们计划通过估计探针的解链温度$T_m$来更准确地预测探针的结合亲和力。我们对独特性和冲突的定义可以直接扩展，以禁止那些结合亲和力过高以及与序列完全匹配的探针。这些扩展，再结合现有的减少假阴性结果的措施，将大大提高我们检测对实际杂交变化的稳健性。

小鼠基因组中可变剪接对跨膜蛋白的影响

可变剪接是哺乳动物信使核糖核酸（mRNA）多样性的主要来源，但关于其对蛋白质功能的下游影响仍有许多问题。我们评估了基因结构和剪接变异对蛋白质中信号