1、蛋白质 - 蛋白质相互作用数据管理与分析全解析

蛋白质 - 蛋白质相互作用数据管理与分析全解析

在生物学和医学领域，理解复杂系统的行为是一个重要的研究方向。近年来，一种趋势是通过研究复杂系统的基本组成部分以及它们之间的关系来揭示其行为。例如，对于细胞等复杂生物系统的研究，可以通过研究其基本成分（如蛋白质）以及它们之间的相互作用（即蛋白质相互作用）来实现。

1. 蛋白质 - 蛋白质相互作用数据的研究背景

Interactomics（相互作用组学）是组学领域的一门新兴学科，它研究的是相互作用组，即生物体中生物分子之间发生的所有相互作用的集合。在这个多学科的场景中，湿实验室实验用于产生数据，然后使用计算方法对这些数据进行计算机模拟分析，以解释生物系统的行为。

对于蛋白质相互作用的分析，主要有以下四个任务：
- 实验测定以产生蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）数据。
- PPI 数据的表示、存储、查询和分析。
- 用于分析蛋白质 - 蛋白质相互作用网络（PINs）的生物信息学方法。
- 描述 PINs 的数学模型。

数据在相互作用组学中的流动可以概括为：湿实验室技术用于产生数据，这些数据存储在不同的数据库中。然后使用图对数据进行建模，通常将生物体的所有相互作用合并成一个综合的蛋白质相互作用网络，以图的形式表示。最后，计算方法对这些图进行挖掘，产生具有生物学意义的知识。

2. 蛋白质 - 蛋白质相互作用数据的生成与管理

2.1 实验方法

积累蛋白质相互作用数据以构建综合网络是一个迭代过程，需要进行许多不同的实验。每个实验可能揭示二元或多元相互作用，因此完整的研究需要规划一组实验。每个确定的相互作用在真实生物体