蛋白质-蛋白质相互作用的常用方法及其技术优势

蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）在调控蛋白质动力学和功能特性方面发挥着至关重要的作用。PPIs 的失调与多种疾病密切相关，包括癌症、神经退行性疾病和自身免疫性疾病。因此，深入研究 PPIs 不仅是理解疾病机制的关键，也是开发有效治疗策略的重要基础。

尽管 PPIs 的研究具有重要意义，但该领域的进展受到研究复杂性和对蛋白质及其复合物深入理解的高要求的限制。近年来，基于质谱（MS）的技术已成为研究 PPIs 的有力工具，凭借其卓越的灵敏度和特异性，这些方法能够系统性地解析蛋白质复合物，并在复杂的信号转导网络中揭示相互作用的对应关系。

通过将基于 MS 的蛋白质组学技术与免疫沉淀、交联、有限蛋白水解和热分析等方法相结合，研究者能够更深入地理解信号通路的动力学和调控机制。这些技术的综合应用为 PPIs 的研究提供了前所未有的精确性和系统性。

基于质谱的蛋白质相互作用研究进展

本文将重点介绍四种主要技术的原理、方法、最新进展、应用、优势和局限性，包括亲和纯化质谱（AP-MS）、邻位标记质谱法（PL-MS）、有限蛋白水解耦合质谱法（LiP-MS）和热蛋白质组分析（TPP）。这些技术的详细介绍旨在为相关领域的研究者提供参考，助力 PPIs 研究的进一步突破。

一、亲和纯化质谱法 （AP-MS）

亲和纯化质谱（Affinity Purification Mass Spectrometry, AP-MS）是一种强大的质谱技术，用于发现和分析生物系统中的PPIs。该方法结合了亲和纯化的特异性和质谱的高灵敏度，能够揭示蛋白质复合物的结构组分。AP-MS通过使用抗体或融合标签从复杂的生物材料中分离特定蛋白质或蛋白质复合物，然后利用质谱鉴定与其相互作用的蛋白质。该技术已被广泛应用于分析PPI网络，提供了关于细胞信号传导途径、蛋白质复合物形成以及疾病过程的重要知识。AP-MS的优势在于其能够捕获稳定和瞬时的蛋白质相互作用，提供特定实验条件下蛋白质互作组的全面视图。然而，其局限性包括对亲和标签或抗体的依赖，可能导致非特异性结合或交叉反应，且可能无法识别弱或瞬时的相互作用。