高通量测序工具bedtools

最新推荐文章于 2025-04-23 22:07:38 发布
转载 最新推荐文章于 2025-04-23 22:07:38 发布 · 687 阅读 · 0

本文介绍了一个优快云博客的内容链接，该博客详细讨论了信息技术领域的某个具体话题，提供了深入的技术见解和实用的代码示例。
https://blog.youkuaiyun.com/qazplm12_3/article/details/79797594
fengleqi
关注
安装bedtools详细步骤和详细介绍bedtools用法
zhengzaifeidelushang的博客
08-05 1096
以下是典型的bedtools用法示例。在任何bedtools命令后使用“-h”选项将报告所有命令行选项的列表。报告两个BED文件中特征之间的碱基重叠。报告 A 中与 B 中没有条目重叠的条目。如“grep -v”从标准输入读取BED A。这在将命令串联在一起时非常有用。例如，查找与LINEs重叠但不与SINEs重叠的基因。找到每个基因最近的ALU。将重复元素的重叠部分合并为单个条目，并返回合并的条目数。将附近的重复元素合并为单个条目，只要它们相互之间的距离不超过1000 bp。
生信软件8 - bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计
LittleComputerRobot的博客
11-19 3305
使用bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP变异位点数量统计
bedtools
dengleize6745的博客
11-23 300
转载于:https://www.cnblogs.com/pxy7896/p/10008211.html
生物信息学软件_高通量测序技术|生信的发展，常用数据格式及分析软件
weixin_39819152的博客
12-03 2058
WeDiscover发起基因检测技术经典书籍共读活动，第一季共读李金明教授的《高通量测序技术》，今天解读第四章前两节关于生物信息学的发展，常用数据存储格式及分析软件。随着高通量测序技术的快速发展，其已由实验室研究逐步应用于临床。高通量测序检测对临床患者的诊断、治疗及预后判断具有重要的指导意义。高通量测序检测流程可分为实验室操作(称为湿实验)和生物信息学分析(称为干实验)。高通量测序技术离...
高通量测序数据统计分析
10-11
包含RNA-seq数据分析、ChIP-seq数据分析、基因组拷贝数变异分析、稀有突变分析等
高通量测序分析工具Bedtools使用介绍
热门推荐
悟道西方
04-03 2万+
http://blog.genesino.com/2018/04/bedtools/ Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，其主要功能如下： bedtools: flexible tools for genome arithmetic and DNA sequence analysis. usage: bedtools <subcommand> [option...
【亲测免费】 BedTools：强大的生物信息学工具箱
gitblog_00084的博客
03-14 1355
是一个非常实用的命令行工具集，用于处理基因组数据，如BED、GFF和VCF文件等。 ## 什么是BedTools？ BedTools是由Matthew Arq Williams开发的一个开源软件包，它提供了丰富的功能，包括比对、合并、统计分析等等，可以帮助研究人员快速处理和分析基因组数据。 ## BedTools可以用来做什么？ BedTools的功能非常强大，下面是一些主要的应用场景： ...
生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装
weixin_43664814的博客
03-15 3472
用于建立 index；基于 BWT 算法，将 reads 比对到参考基因组；最新版本 bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。
精选资源
Savant(高通量测序数据的基因组浏览器).rar
01-22
在高通量测序技术的广泛应用下，生物信息学家和科研人员需要有效的工具来可视化和理解海量的基因组信息。Savant就是这样一款工具，它提供了一个用户友好的界面，使得非编程背景的研究者也能轻松地探索复杂的生物学...
【高通量测序技术】：辣椒染色体倍性检测的遗传学前沿突破
高通量测序技术已经成为遗传学研究不可或缺的工具，特别是在染色体倍性检测和基因组分析方面。本文首先对高通量测序技术进行了概述，随后深入探讨了它在遗传学研究中的应用、优势与挑战。通过分析辣椒染色体倍性检测...
linux ftp下载geo,高通量数据下载还能这样操作?
weixin_33644222的博客
05-05 1108
本文属于转录组入门系列(RAN-seq基础入门传送门 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html)第2部分内容，以一篇Nature文章为例，详细解读如何从NCBI下载高通量测序数据。文章AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat...
DNA甲基化测序分析
大甘的博客
12-13 2264
进一步使用 R 可视化甲基化热图或基因组分布。​​​​​​​。
bedtools提取基因组Exon、Intron、Intergenetic、Promoter、Enhancer、CpG island、5’UTR、3’UTR、repeat基因坐标
m0_46336667的博客
12-15 9361
这些基因中，那些编码蛋白质的序列被称为外显子，而那些没被表达的序列则被称为内含子。5'-UTR：5'-UTR是5'-非翻译区（5' Untranslated Region）的缩写，是成熟mRNA位于编码区上游不被翻译为蛋白质的区域。3'-UTR：3'-UTR是3'-非翻译区（3'-Untranslated Region）的缩写，是成熟mRNA位于编码区下游不被翻译为蛋白质的区域。1.4 起始密码子属于5’UTR+CDS中CDS区域，终止密码子不属于CDS+3’UTR中的CDS区域。3.按照染色体顺序排序。
bedtools使用教程
qq_27390023的博客
06-23 3298
bedtools: a powerful toolset for genome arithmeticbedtools工具是用于广泛的基因组学分析任务的一把利器。最广泛使用的工具能够实现基因组算术：即基因组上的集合理论。例如，bedtools允许人们从广泛使用的基因组文件格式（如BAM、BED、GFF/GTF、VCF）的多个文件中交叉、合并、计数、互补和洗牌基因组区间。虽然每个单独的工具被设计用来做一个相对简单的任务（例如，与两个区间文件相交），但通过在UNIX命令行上结合多个bedtools操作可以进行相当
bedtools coverage 获取每个位置的测序深度
最新发布
生物信息学专栏(BioMooc)
04-23 804
bedtools 获取bam中每个位置的测序深度
生信软件，就是赢家通吃：最佳FASTQ质控软件
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
08-05 1884
生信软件跟 IT 行业的软件或平台一样，有赢家通吃的特点。奇怪的是，在 FASTQ 文件质控领域，却有多款软件都广受欢迎，目前为止并没有谁占据绝对优势。这很奇怪，按道理，有些软件应该早被淘汰了。在生物信息学领域，数据质量控制（Quality Control, QC）是确保实验数据可靠性的重要一步。随着高通量测序技术的发展，质控工具应运而生，帮助研究人员识别和处理数据中的低质量区域及技术误差。本文将...
Bedtools使用
GeekFocus
07-02 486
1 2 3
Linux 安装 bedtools2
YKenan的博客
09-05 5098
Linux 安装 bedtools21. 安装依赖2. 下载资源3. 解压编译4. 测试 1. 安装依赖 yum install gcc-c++ yum install zlib-devel 2. 下载资源 wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz 3. ...
bedtools统计窗口内平均覆盖深度
qq_43417265的博客
05-10 1万+
第一步：准备基因组文件 假如需要划分的窗口的参考基因组为hg19，可参考bedtools说明中的方法远程连接UCSC的数据库，提取相应的染色体和长度 得到的genome.txt：两列分别为染色体名称和对应长度，用tab间隔 第二步：划分窗口 bedtools makewindows -g genome.txt -w 1000 > windows.bed -g genome.txt是要划分的基因组，格式为两列：染色体、染色体长度 -w 1000为窗口大小为1k windows.bed为输出文件，格
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值