CMake

CMake是一款跨平台的编译工具,它通过简单的语法描述所有平台的编译过程,并生成各种makefile或project文件。本文介绍了CMake的基本概念及其与传统make系统的不同之处,并提供了使用CMake编译JRTBLIB的具体步骤。

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        CMake是一个跨平台的安装(编译)工具,可以用简单的语句来描述所有平台的安装(编译过程)。他能够输出各种各样的makefile或者project文件,能测试编译器所支持的C++特性,类似UNIX下的automake。只是 CMake 的组态档取名为 CmakeLists.txt。Cmake 并不直接建构出最终的软件,而是产生标准的建构档(如 Unix 的 Makefile 或 Windows Visual C++ 的 projects/workspaces),然后再依一般的建构方式使用。这使得熟悉某个集成开发环境(IDE)的开发者可以用标准的方式建构他的软件,这种可以使用各平台的原生建构系统的能力是 CMake 和 SCons 等其他类似系统的区别之处。
        CMake 可以编译源代码、制作程式库、产生适配器(wrapper)、还可以用任意的顺序建构执行档。CMake 支持 in-place 建构(二进档和源代码在同一个目录树中)和 out-of-place 建构(二进档在别的目录里),因此可以很容易从同一个源代码目录树中建构出多个二进档。CMake 也支持静态与动态程式库的建构。
“CMake”这个名字是“cross platform make”的缩写。虽然名字中含有“make”,但是CMake和Unix上常见的“make”系统是分开的,而且更为高阶。

例:

以编译JRTBLIB为例,编译环境为XP,VC2005,JRTPLIB3.9.1,JRTPLIB后来的版本都不直接提供VC工程,需要使用CMake(下载地址为为:http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html),首先安装CMake,打开cmake-gui.exe,如下图:

点击右下角的"Configure“,选择“Visual Studio 8 2005”,再点“Finish”,再点“Generate“即可。

内容概要:本文详细介绍了扫描单分子定位显微镜(scanSMLM)技术及其在三维超分辨体积成像中的应用。scanSMLM通过电调透镜(ETL)实现快速轴向扫描,结合4f检测系统将不同焦平面的荧光信号聚焦到固定成像面,从而实现快速、大视场的三维超分辨成像。文章不仅涵盖了系统硬件的设计与实现,还提供了详细的软件代码实现,包括ETL控制、3D样本模拟、体积扫描、单分子定位、3D重建和分子聚类分析等功能。此外,文章还比较了循环扫描与常规扫描模式,展示了前者在光漂白效应上的优势,并通过荧光珠校准、肌动蛋白丝、线粒体网络和流感A病毒血凝素(HA)蛋白聚类的三维成像实验,验证了系统的性能和应用潜力。最后,文章深入探讨了HA蛋白聚类与病毒感染的关系,模拟了24小时内HA聚类的动态变化,提供了从分子到细胞尺度的多尺度分析能力。 适合人群:具备生物学、物理学或工程学背景,对超分辨显微成像技术感兴趣的科研人员,尤其是从事细胞生物学、病毒学或光学成像研究的科学家和技术人员。 使用场景及目标:①理解和掌握scanSMLM技术的工作原理及其在三维超分辨成像中的应用;②学习如何通过Python代码实现完整的scanSMLM系统,包括硬件控制、图像采集、3D重建和数据分析;③应用于单分子水平研究细胞内结构和动态过程,如病毒入侵机制、蛋白质聚类等。 其他说明:本文提供的代码不仅实现了scanSMLM系统的完整工作流程,还涵盖了多种超分辨成像技术的模拟和比较,如STED、GSDIM等。此外,文章还强调了系统在硬件改动小、成像速度快等方面的优势,为研究人员提供了从理论到实践的全面指导。
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