Centos下安装freesurfer、fsl、matlab

freesurfer：

freesurfer好安装，只需要下载官网源码包，如freesurfer5.3.tar.gz

下载至本地，解压：

tar zxvf freesurfer5.3.tar.gz -C /software/freesurfer5.3

其中，-C选项能够设置解压路径

然后只需要在本地用户的.bashrc下设置freesurfer变量即可：

gedit ~/.bashrc：

export FREESURFER_HOME=/software/freesurfer5.3
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export PATH=/software/freesurfer5.3/bin:$PATH

fsl：

ubuntu下安装见官网

Centos系统下安装过程：

网络正常时，直接运行fslinstaller.py文件：

./fslinstaller.py或者python fslinstaller.py

网络不好时，需要在一台网络好的机器上下载源码包：（我就遇到过这种情况）

./fslinstaller.py -o

安装好后，在.bashrc下添加：

export PATH=/mnt/sys/Programs/fsl/bin:$PATH
export FSLDIR=/mnt/sys/Programs/fsl
source $FSLDIR/etc/fslconf/fsl.sh

matlab：

安装包里有安装脚本，运行即可，然后按照下载里面的激活步骤进行激活。

运行时，可能会出现libXpm.so.6等相关依赖库缺失，这时，就需要手动安装，或yum install libXpm*等相关命令。