RDKit|使用MolDraw2DCairo模块绘制分子

一、绘制png：MolDraw2DCairo

先导入所要用到的库和MolDraw2DCairo模块。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import Image

• 首先，创建一个Cairo drawer：Chem.Draw.rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(arg1, arg2)，同Chem.Draw.MolDraw2DCairo(arg1, arg2)
  arg1和arg2分别是绘制图像的长和宽
• 接着，准备待绘制的分子：PrepareMolForDrawing(mol, kekulize=True ,addChiralHs=True, wedgeBonds=True, forceCoords=False)
  为了画出更好看的分子，需要进行一些预处理。可以处理的选项有：计算凯库勒式、手性中心补氢、手性中心添加楔形键、生成2D坐标
• 开始绘制：DrawMolecule()
• 结束绘制：FinishDrawing()
• 输出结果：WriteDrawingText(file_name)

>>> mol = Chem.MolFromSmiles('[H][C@](C)(O)F')
>>> d = rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(400, 200)
>>> tmp = rdMolDraw2D.PrepareMolForDrawing(mol)
>>> d.DrawMolecule(mol)
>>> d.FinishDrawing()
>>> d.WriteDrawingText('data/rdMolDraw2D_1.png')
>>> Image(filename = 'data/rdMolDraw2D_1.png', width=250)

二、绘制svg：MolDraw2DSVG

• 首先，创建一个svg drawer：Chem.Draw.rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(arg1, arg2)，同Chem.Draw.MolDraw2DSVG(arg1, arg2)
  arg1和arg2分别是绘制图像的长和宽
• 接着，准备并绘制分子，两个步骤合二为一：PrepareAndDrawMolecule(drawer, mol, …)
• 结束绘制：FinishDrawing()
• 获取结果：GetDrawingText(file_name)

>>> mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1')
>>> d = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(150, 150)
>>> rdMolDraw2D.PrepareAndDrawMolecule(d, mol)
>>> d.FinishDrawing()
>>> svg = d.GetDrawingText()
>>> with open('data/rdMolDraw2D_2.svg', 'w') as f:
>>>     f.write(svg)

三、绘制png设置(svg设置类似)

• 实例化一个参数器：do = rdMolDraw2D.MolDrawOptions()
• 将分子键的宽度设置为4：do.bondLineWidth = 4
• 将分子键的长度设置为30：do.fixedBondLength = 30
• 将分子顺时针旋转30度：do.rotate = 30
• 修改原子标签：do.atomLabels[2] = ‘OH group’
• 应用设置：SetDrawOptions(do)

>>> m = Chem.MolFromSmiles('[H][C@](C)(O)F')
>>> d = rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(150, 150)
>>> do = rdMolDraw2D.MolDrawOptions()
>>> do.bondLineWidth = 4
>>> do.fixedBondLength = 30
>>> do.rotate = 30
>>> do.atomLabels[2] = 'OH group'
>>> d.SetDrawOptions(do)
>>> rdMolDraw2D.PrepareAndDrawMolecule(d, m)
>>> d.FinishDrawing()
>>> d.WriteDrawingText('data/rdMolDraw2D_3.png')
>>> Image(filename='data/rdMolDraw2D_3.png', width=250)

本文参考自rdkit官方文档和一段项目代码。

代码及源文件在这里。