最会设计的科研狗

文章目录一、分子指纹计算二、相似性搜索三、自定义搜索函数一、分子指纹计算本文介绍在windows环境下，使用rdkit函数在postgresql数据库中进行相似性搜索。环境搭建、数据表准备不再赘述，可以参考这篇文章。在上述工作基础上，继续进行指纹计算、建立索引。操作之前先看看在postgresql中支持的指纹函数：layered_fp(mol)：另一种rdkit原创指纹，官方文档的解释是它一种子结构指纹，与rdkit拓扑子图的生成步骤一致，但根据子图生成指纹向量的过程有所不同。在子结构指纹类别中，l

文章目录一、环境搭建二、数据表准备三、结构搜索与查询1.smiles子结构搜索2.smarts子结构搜索3.立体信息的结构搜索4.带取代基的结构搜索一、环境搭建本文以windows为例进行操作和演示。假设都已经安装好了postgresql，下面依次进行用户切换、启动服务端、创建数据库、导入数据、连接数据库、加载插件、函数测试。在windows上安装带rdkit插件的postgresql以及基本操作可以参考这篇文章。在cmd中切换到postgres用户runas /user:postgres cm

文章目录一、环境配置1.windows下的安装与初始化2.用户设置与服务启动二、操作使用1.cmd操作2.python操作一、环境配置PostgreSQL是一个开源、可扩展的关系型数据库，rdkit官网文档里也是以postgresql作为案例进行演示。本文介绍带rdkit插件的postgresql在windows系统上的环境配置，以及在python环境下的基本操作。1.windows下的安装与初始化直接在cmd下使用conda安装C:\Users\Administrator> conda